灵犬逃至车顶，复兴社的追兵也追到车顶。这时，顾明杰与叶琳琳也共用一车准备追上火车，而秦川先其一步，追上火车，一跃跳上车顶营救灵犬，随后，察觉顾明杰快要追上火车了，秦川为了不让他们怀疑，让灵犬假装搏斗。而火车准备驶过桥时，顾明杰和叶琳琳的汽车眼看没有路再追赶过去，叶琳琳一个着急，便向着灵犬开枪，不料击中秦川。秦川中枪，在火车驶过桥时，落入江水之中。

秦川落入江中后，生不见人，死也不见尸。众人因秦川的失踪而陷入了一遍悲伤之中，夏岚经受着失夫之痛，而叶琳琳也因自责而离开南京。夏岚内心坚信着，自己深爱的秦川还没死，欧阳澈见夏岚如此悲伤，让她先休息，暂时不要工作。

转眼，五年过去，夏岚每天都思念着秦川。在这段时间里，侵华日军占领了上海，日军在上海成立了特务组织——梅机关。

一天夜里，一群在码头做搬运工的难民们起哄闹事。是因为知道自己要搬运的军火是属于一位为日本人做事的飞轮帮掌控人古老板的，这些军火，是帮日本人运来打自己中国人的。国家兴亡，匹夫有责，搬运工们不愿吃卖国饭，故闹起上来。日军的浅仓大佐掏枪杀一儆百，并警告搬运工们，谁不怕死的可以出来。

这时，一位被难民们喊作杆子哥的人站了出来，用利落的行动夺过浅仓大佐的枪，反手便指着浅仓大佐，威胁古老板和浅仓大佐身边的武藤须贺，要求放过难民们。这位杆子哥，就是五年前中枪失踪的秦川。

在双方僵持之时，秦川说这批军火已被人盯上，已被安装定时炸弹，几秒后便爆炸。果然不出所料，军火爆炸了，武藤须贺责怪古老板的时候，浅仓也质疑为什么秦川知道这事，秦川说他只是无意中发现。正当双方一阵唇枪舌剑时，成为机关长的星野千里出现，秦川打算反抗，却因以寡敌众而被打晕。

秦川清醒后，发现自己被捆绑拘禁起来。星野打算从秦川口中套出今晚发生的爆炸，并打算问出为什么本该失踪或死去的秦川为什么会出现码头，却不料秦川失忆了，只有三年的记忆。

在秦川失踪前，夏岚怀上了秦川的骨肉，现在夏岚的儿子已是一名机灵可爱的小男孩子。夏岚带着儿子到上海，与现在正在上海做探长的沈若寒碰头，并到沈家里吃个便饭。吃饭时，沈母说要安排沈若寒相亲，然而，沈若寒却无意此事。因这些年来，代替秦川照顾夏岚的日子，已经让沈若寒对夏岚心有所系。

夏岚此次到上海，原来是组织的安排。夏岚与欧阳澈碰了头，谈论了工作安排，也闲话了旧事。

早前在码头发生的日军军火一事，原是复兴社田海涛所为。曹三白为此对田海涛有所嘉奖，也为了安全，让田海涛暂时撤离上海，避开梅机关的追查。

另一边厢，古老板也受到浅仓大佐半命令半威胁，要求他动用帮派在上海的势力，找出军统躲藏的地方。

田海涛在闲时到了一家青楼打算与朝思暮想的j女小粉蝶共度良宵。田海涛对粉蝶说起，要暂时离开上海，并给了一笔钱粉蝶，在闲聊时粉蝶告诉田海涛，她全家都被日本人所杀，也非常痛恨日本人。田海涛醉上心头，田海涛直肠直肚的性格，一时为粉蝶的遭遇感到气愤，便掏出一支手枪给粉蝶，让她不要怕日本人。此时，粉蝶窥探到田海涛军统的徽章。

这时候，飞龙帮的风爷正按照古老板的指示到处在上海查探军统的消息。查至青楼，遇到老相好小粉蝶，粉蝶为不敢隐瞒，把田海涛在青楼的事告诉了风爷。风爷把消息传至浅仓大佐处，浅仓大佐带上人马，把田海涛捉了起来。田海涛被囚禁在日军梅机关的监牢里被严刑逼供，受尽折磨。

星野千里依旧不相信秦川失忆的事，星野向秦川说了一些往事，无奈秦川还是坚称想不起来，星野感到气愤便用测谎仪替秦川测谎。机器显示出来表明秦川在撒谎，星野气上心头，不停质问秦川为何撒谎，秦川没有回答，只是说自己失去了很多事，想求星野了结他性命，结束这一切，让他不再痛苦。星野再问秦川是否要继续要军统卖命，秦川说他不再为任何人卖命，只想一个人静静地活下去。星野看见现在的秦川这么脆弱，便放下了戒心和脾气，劝秦川与他合作，并承诺保全秦川性命。

星野察觉浅仓有烦心事，问及原因，浅仓说，既然测到秦川说谎，为什么不一枪毙其性命。星野笑话浅仓脑子笨，留秦川性命的原因是，秦川是个可以利用的人，他熟悉军统的一切，如果好好利用，将会对自己有很大作用。

机缘巧合之下，田海涛和秦川共同囚禁在同一个梅机关的监仓里。两人谈及往事，秦川表达了一些对复兴社的不满。这时，有批人马杀进监牢要救出田海涛，田海涛表示要带上秦川，是自己人。二人在一轮枪林弹雨之中，坐车脱险。到达安全的地方，田海涛邀秦川一同回复兴社，然而秦川以道不同不相为谋作理由，拒绝了田的好意。田海涛见秦川拒绝，便以枪威胁秦川，说他当年是复兴社的人，而现在只要还活着，就是军统的人，军统需要他这样的人才。

秦川以不凡的身手夺过枪，坚持不再受军统控制，并开枪打了田海涛。这时浅仓出现，把秦川带至星野处。原来刚这一出，是星野用田海涛试探秦川的，而田海涛，也已经投靠日本。

秦川和星野千里、田海涛一同与特工总部的胡先生和胡太太会面。胡太太认出秦川，说当年给秦川做过煤，并且聊了一些旧事。星野在聊天时，不忘说起曹三白坏话，然后似是故意地说起曹三白与胡太太的表亲关系。胡太太立刻与曹三白划清界线，并表示了胡先生与自己的忠心。

聊着聊着，也说到了当年南京火车站的事。星野说多谢那时还是复兴社的秦川，念在了二人的师徒关系从而放掉了自己。田海涛听了，知道了当年是秦川放掉日军的，表示对秦川的佩服。

而秦川与星野一行在与胡先生会面的地方，被沈若寒看见了，沈若寒告诉夏岚，说看见了一个很像秦川的人。夏岚当作秦川是死了的，但是因为沈若寒的话仍然抱有希望，无奈到了他们会面的地方，秦川已经上车了。苦命鸳鸯再次擦肩而过。

而刚才饭局上的一出，星野是故意告诉其他人的，目的为了让大家认为当年是秦川帮他脱的身，这样可以令秦川在其他人眼中对国家的忠诚度大打折扣，也断了秦川后路。

星野任命秦川为情报二课课长，并交待秦川第一项任务，而当秦川在任务中与人周旋之时，星野出现。原来又是一个试验秦川的局。

而星野千里的妹妹美和也是星野的一名得力助手，星野根据从美和那里得来的情报，得知重庆政府正要与美国空军的陈纳德谈判筹备建立中国空军的事，星野故此安排秦川杀掉陈纳德的谈判代表麦克严，并嫁祸到军统头上。

秦川收到任务后回到住处，不料遭到军统的人埋伏，最后被带到曹三白面前。多年不见，曹三白假惺惺与秦川寒暄几句，便提出目的，希望秦川成为军统潜伏在梅机关的间谍。