星野美和刚经历了丧兄之痛，对秦川恨之入骨。于是便到慈济医院，挟持夏岚和秦川的儿子阿灿。在一番惊险的追捕与逃脱后，夏岚和阿灿还是被星野美和捉了起来。夏岚被打了麻z药而睡着了，在睡着的时候，星野美和给阿灿喂食了一些食物哄小孩子高兴。夏岚醒来后，趁美和不注意偷偷带着阿灿逃跑。

欧阳澈收到秦川与夏岚危险的消息，与两夫妻里应外合。并且在夏岚住处外截住了沈若寒，简略地告诉了沈一些真相，于是欧阳、欧阳的手下刘二还有沈若寒，加入了拯救秦川一家的队伍中。夏岚带着阿灿坐上秦川、沈若寒、欧阳等人开来车逃离慈济医院。在共党的秘密据点安顿好秦川一家后，知道真相的沈若寒与秦川终于冰释前嫌。

但是事情并未因此结束。残忍恶毒的星野美和在夏岚睡着的时给阿灿喂食的那些食物，里面有日军研发的细菌武器。阿灿中病毒后的症状开始明显，夏岚意识到事情的严重性，把自己与阿灿隔离开来。而欧阳为了病毒不扩散开去，联络了共党的一位病毒专家同志，前来上海进行救援。

这个消息被星野美和知道了，贯彻她杀错一千，也不放过一个的做事方法，把当天所有前来上海的男性都抓了起来。

早前星野千里身亡那天，顾明杰中枪后，被秦川和叶琳琳带走养伤，经过一段时间已经好转，而这时顾明杰继续劝说叶琳琳跟他回重庆，但是对秦川痴心一片的叶琳琳不愿就此丢下秦川，于是逼得顾明杰向重庆政府上报了当天秦川借军统之手炸毁梅机关实验室一事，并申请了彻查秦川的指示。叶琳琳被顾明杰逼得无可奈何，要顾明杰答应她的条件，说可以跟顾明杰回重庆，但是一旦回了重庆，自己也会向重庆政府坦白自己已经倒戈了秦川的事，到时自己被军统抓捕起来，顾明杰一样得不到她。

秦川和欧阳澈等人，为了救下被日军抓捕的共党细菌专家杨明远，决定去日军运输囚犯的路上劫人。当地下党组织一行与押送囚犯的日军正面交锋时，发现日军的车上一个囚犯都没有，这才知道中了星野美和的计。在双方进行激烈的搏火时，欧阳澈不小心腿上中了一枪。深知自己已经行动不便，可能成了团队的累赘，于是欧阳澈毅然挺身而出，拿着机关枪边开火边向日军走去，惹起日军火力的集中，从而让秦川他们可以顺利逃脱。

面对欧阳澈的牺牲，秦川下定决心要继续任务，不能让欧阳澈的牺牲白白浪费掉。在与夏岚匆匆一别后，便依依不舍离开了身染病毒的夏岚和阿灿，前去继续执行营救杨明远的任务。这个任务，秦川也需要一个帮手。这时在不久前加入了共产党的沈若寒自告奋勇地说要帮助秦川。

秦川和沈若寒两兄弟重拾昔日一起战斗的岁月。两人去到囚押犯人的地方，假装时中国难民，想要饭吃于是投靠日军。日军也正好缺苦力，于是两人顺利以苦工的身份进入该集中营。两人在集中营里，遇到了沈若寒曾经被伪政府陷害入狱时认识的朋友。该同志也是一位共产党员，于是三人在集中营里互相交换情报。他们得知，集中营里日军经常对中国人进行非人的对待，甚至举行角斗，让两个中国人互相打斗，赢的一方可以活着，输的一方只能被打死，而日军则看着中国人为求活命不惜伤害同胞来取乐。

秦川和沈若寒也围观了一场角斗，这时发现一个人，很像杨明远。而这位人士被日军点名上了角斗场，为了保障杨明远的安危，秦川打算自己上场做他的对手，故意输掉让杨明远活命。正当秦川准备举手参战时，沈若寒阻止了他，并自己毅然决定要上场，保了秦川，也保了杨明远。

沈若寒与杨明远打斗时，借位悄悄向杨明远说了情况，并叮嘱他一定要活下去，然后故意输掉比赛。赢了的杨明远顺利离开了角斗场，脱离了危险，但是沈若寒却在秦川面前，被日军残忍杀死了。

被沈若寒自我牺牲而救下的杨明远，因自责和害怕不敢向秦川承认自己的身份。但是秦川对党的忠诚，还有价值观感化了杨明远，杨明远决定振作起来，继续投身于革命事业，拯救国家。

秦川带着杨明远博士在郊外逃跑时与地下党碰头，不料这时星野美和也追踪至此，于是又是一场激烈的相互搏火。但是由于武器和人数上的劣势，秦川为了让杨明远等人能顺利逃脱，把敌军注意力都引到自己身上，当他把枪里的子弹打完后，便以淡然自若的姿态弃械投降。

这时，叶琳琳委托顾明杰查梅机关的细菌武器实验室所在地，也有了回复。叶琳琳按照地点，前往该处，打算为夏岚母子偷青霉素解毒，当是为秦川帮上一点忙。在潜入藏有青霉素室，见日军的细菌武器研发专家菊田博士在实验室里面。叶琳琳要挟菊田给她拿出青霉素，而菊田就范后，趁叶琳琳不为意的时候，按响了警报，日军听见警报后，便往实验室冲去。叶琳琳拿走青霉素，杀死了菊田博士之后逃跑。

星野美和见菊田博士被杀死，日军的细菌战可能受到影响，于是气上心头。秦川被星野美和捉到实验室，星野美和为了气秦川，故意在秦川面前打破青霉素，并威胁秦川，要他帮忙污染水源，然病菌扩散。秦川见青霉素被美和越扔越少，于是心生一计，假装妥协，这时，秦川趁军日为他松绑时，以敏捷的身手，抽起敌人腰间的刀，连带杀死两人。美和拔枪，与秦川在实验室进行一场恶战，但是最后以身手和智慧，还是秦川更胜一筹，于是毒妇星野美和如愿死在秦川手下。这时梅机关的手下闻声赶来，也被秦川杀死。

秦川虽然逃脱，但是青霉素已毁，正当秦川绝望的时候，叶琳琳带着一批青霉素，交给了秦川。叶琳琳向秦川坦露自己心迹，让秦川好好爱家人，并祝福秦川，最后留下一封信给秦川，便不辞而别。

秦川带着青霉素回到家里，但是青霉素的剂量只够一个人使用。

两天后，阿灿因受到适当的治疗，回复健康，但是夏岚为了阿灿，把青霉素的剂量都给了自己儿子，正危在旦夕。这时，传来了日本投降的喜讯，在这段让人喜悦的消息中，夏岚释然地离开这个世界。秦川悲喜交集，拥住身体还温热的妻子，在丧妻的悲伤中，迎接了新中国的美好篇章。（大结局）