独立营分成两股军队，李化成带领的一队假扮国民党，唐运龙带领的一队则声东击西，策应李化成的特别行动小组，协助其顺利突破敌人封锁线。李化成到达国民党军驻扎地后，在医务兵营帐中并未发现奎宁，但得知娄富贵家中有治疗疟疾的特效药奎宁。红军在驻扎地拿走了医药箱和食物，随后炸了此处离去。

李化成的特别行动小组假扮国民党人士，再次突破县保安团封锁，堂而皇之来到县里。还张贴了“革命红旗永不倒”的字条。陈天佑跑来慰问娄富贵等一帮地主，一帮地主热情的恭维着陈天佑，表明了想要大干一场的意愿。大家一块吃菜喝酒，宾主各欢。饭罢，陈天佑带着队伍离去，地主们又贿赂了冯秃子，望他在夏收时多多出力。

李化成带着队伍赶到娄府，处决了娄富贵，找到了奎宁。其他地主看着娄富贵被杀的场面，都是瑟瑟发抖。吕臻病情恶化，为了不让李化成看见自己重病的样子，她留下一封诀别信，独自离开独立营。李化成等人带着奎宁回到营地，生病的战士获救。大头欣喜若狂的拿着奎宁奔向汪小小，汪小小露出笑容。而李化成也同样狂喜的来到吕臻住所，却发现吕臻出走，疯狂寻找后，终于在一处山洞里找到昏迷不醒的吕臻。李化成将她带回营地，悉心照料。

李化成很担心吕臻出事，边握着她的手哭，边诉说着自己的真情。他告诉昏迷的吕臻，自己美好的明天就是革命胜利后，他揽着她，去苏维埃政府领结婚证。他保证自己种的地是全村最好的，他们再生几个小孩，这就是他美好的明天。他哭着请求吕臻一定要醒过来。

胡嫂告别溪兜嫂，准备去月流向闽西南军政委员会汇报游击区的情况。驼背被冯秃子威胁后叛变，将溪兜嫂伪造证据一事告诉了冯秃子。冯秃子向情报科长告密，揭发溪兜嫂的共产党员身份，情报科长将溪兜嫂逮捕。溪兜嫂误以为此事是陈天佑所为，大骂着他是叛徒。事后，陈天佑来找了冯秃子，大骂他找死抢自己的功劳，冯秃子不甘心的认错，陈天佑威胁他之后离开。冯秃子又来到胡嫂住处，发现胡嫂已经离开。

吕臻病愈，拿出离开营地时在国民党军据点捡到的一张报纸，告知大家半个月前红军主力已经到达陕北吴起镇。李化成提议趁国民党军士气低落，利用昼伏夜出的战术把何明仁的数万军队拖垮在金丰大山里。独立营于深夜时分对敌军的薄弱据点实施侵扰。

夏季攻势这张网眼看被撕破，而国民党的先头部队也失利，让国民党军直接损失了一个连。何明仁有一个不详的预感，党国的现在从未像这样风雨飘摇，他不敢往下想。正当此时，何明仁得知溪兜嫂掌握游击队的接头暗号、时间及营地位置等信息，立即亲自审问溪兜嫂。驼背正在审讯室，向溪兜嫂认错，求她说出接头暗号，这时接到消息，要把溪兜嫂押进山，接受何明仁的亲自审问。

陈天佑派冯秃子经由下都据点给何明仁部队运送物资，冯秃子得知护送全程都很安全后，欣然答应；另一边，李化成命林木根、王兴旺等去往下都据点“接应物资”，林木根一听要和冯秃子斗争，立即表示这个任务谁也不要跟自己争。

冯秃子为了“污蔑”陈天佑诈降，杀掉了几个跟随进山的保安团成员。还发出“活捉林木根赏50大洋，拿到林木根尸首赏30大洋”的告示。王兴旺等人故意绑了林木根来见冯秃子，林木根被带进帐篷，冯秃子看见他后狂笑起来，既得意又猖狂。他正发狠话要把林木根阉了，再把他的肉一刀一刀割下，突然，外面共军的枪声响起，游击队互相配合，冯秃子被林木根亲手处决。

参谋长汇报下都据点被劫的消息，目的是为了一批物资。参谋长表示这说明山区里还有大批游击军。何明仁再次来审讯了溪兜嫂，何明仁以全国上下呼吁国共两党再次合作、联合抗日为由，诱骗溪兜嫂将国民党谈判代表带去独立营营地。溪兜嫂受骗上当，带领几个“代表”到达营地后，何明仁派出的大批后续部队沿着“代表”留下的路标赶来。溪兜嫂得知受骗上当，一把挣开押她的红军，快速跑往营地报信，被国民党军枪杀。独立营悲愤不已，将溪兜嫂葬了，向她致敬。

王兴旺带人侦查得知，国民党有一个团的队伍，且有多项重兵器。李化成下令摘除“代表”留下的旧路标，刻上新路标，将敌人困在深山里。并充分运用游击战术，在夜晚敌人休息的时候袭击敌人，为溪兜嫂报仇。

国民党一个团被小小的独立营打得抱头鼠窜，这让何明仁很愤怒。多次战败，让何明仁不由慨叹毛泽东是一个军事奇才，感叹共产党对信仰的坚守、游击战术的伟大和古田会议决议的重要作用。何明仁来到空无一人的独立营营地，看到营地上埋葬的红军战士的坟墓，叫着“这是一只什么样的队伍”，恼羞成怒，晕倒在地。至此，国民党军夏季攻势草草收场。

寒冬来临，何明仁大病初愈，全国上下对国共两党团结一致、停止内战、联合抗日的呼声越来越高涨。但蒋介石仍然坚持“攘外必先安内”的政策，随后发生了震惊全国的“西安事变”。何明仁接到卫司令电话，得知蒋介石已经和共产党签署了停止内战、联合抗日的六项协议，但仍坚持在停战命令正式下达前继续对红军游击队进行“围剿”。何明仁忿忿不平，他深知就此放过共军将贻害无穷。激动表示，只要一天不下达命令，就一天不能放松围剿，决不能让红旗在他的眼皮子下继续飘扬。

闽西南军政委员会根据党中央“联蒋抗日”的新方针向全区游击队发布命令，命令区内游击队停止对国民党军的进攻。独立营成员们不明白为什么要联蒋抗日，这样对不起他们逝去的英魂。李化成无表情告诉大家，命令就是命令。大家纷纷叫着想不通，李化成斥责大家想不通也得想得通，他们是执行革命任务的政治集团，是党的枪杆子，必须服从党的命令。大家渐渐无声。吕臻宣读工作计划，重申共党性质，宣布增补严家财为独立营营部成员。

共军执行命令，但国民党军并未放松对游击区的严密封锁，正值雪天，独立营饥寒交迫，再次陷入绝境。陈天佑以土豪劣绅犒劳前线国民党军战士的名义准备了一批物资，交给了司务长庄善仁去办。庄善仁和王兴旺暗中通消息，保安团的大部分成员已经被他们策动，天要变回来了。

在深山里生存日久，红军一个个都像野人一般，留着长头发长胡子。唐运龙将自己的入党申请书拿给喜喜看，喜喜从他的入党申请书中看到了他的心路历程，申请做他的入党介绍人，唐运龙高兴答应。大家伙聚在火堆前，畅想着新中国成立的那一天，家家居者有其屋，少有所学，老有所养，家家幸福美满。李化成告诉大家，国共决定正式停战，可以光明正大下山领物资，他们明天就下山。

驼背被陈天佑叫过来，陈天佑告诉他溪兜嫂进山第二天被打死之事，驼背不由痛哭，感到自己是作孽。陈天佑给驼背安排了一个保安团的差事。庄善仁带着被拉拢进游击队的保安团团丁和先前招进保安团的驼背一起送进山去。

李化成带人堂而皇之来到国军营地，表示已经停战，他是来商量事儿的。国军营长看到李化成等人的尊容，不由感慨是帮野人。李化成和国党营长宋科杰商量让借个道运点吃喝，李化成软硬兼施，先说起国共两党的同脉同源，后又威胁称他们红军是光脚的。宋科杰终于答应让他们借道。二连顺利接到物资，庄善仁归队，驼背认罪，保安团团丁纷纷表示愿意加入红军队伍。

独立营接应回程再次经过国民党军据点时，国民党军上校接到上峰命令，要利用最后时机坚决消灭红军。双方发生激战，李化成肩胛骨中弹，包括孙大成、唐运龙在内的19名红军战士牺牲，驼背与国民党军同归于尽。危急关头，陈天佑带领被策反的保安团及时赶到，化解危机。与此同时，闽北、闽东、闽中地区的地方武装、游击队也对企图继续坚持内战的国民党军发动了一场大规模的战役，迫使国民党军回到谈判桌前，共商抗日大计。苏乔民带领李化成、陈天佑与何明仁谈判。在国共两党摒弃前嫌、共同抗日的大背景下，独立营被改编为国民革命军陆军新编第四军第二支队第一团，并被授予闽西模范团的军旗，踏上了北上抗日的征程……