解放大军进驻济南，昔日的警察局已变成了公安局，李云飞成了公安局治安科的科长。有人到公安局举报，在玉和堂药店发现了国民党特务的行踪。马洪国立马带人前去搜查，李云龙凭借过人耳功，迅速逃跑，马洪国带人一路追捕，逃到了山间的小土山上，马洪国将土山包围，李云龙自知无处可逃，于是将自己"吊死"在枯树之上。当马洪国发现李云龙时，发现李云龙已经没了脉搏，将他送到了医院的太平间。

云飞得知云龙吊死后，忙前往医院太平间确认，谁想，云龙早已逃之夭夭。马洪国不解，云飞告诉他云龙是用了闭气功蒙骗了公安。

云龙逃到荒野，不想毒瘾再犯，为了搞到大烟他杀害了一位老中医。云龙频频作案，引起了上级领导的高度重视，对云飞等公安局战士做了重要指示：一不能逼案犯流窜到外地，二要生擒活捉，三要在开国大典前破案。

另一方面，云飞和白凝都去劝云馨还俗，希望在二人结婚的时候得到云馨的祝福，云馨却将二人统统拒绝。尚市长得知云馨放不下心结的事情，也来找云馨，告诉她一人向隅众人为之不欢的道理，云馨有所感悟，决定给大家一个交代。

云龙被公安局的战士逼得走投无路，只得回到秋红的住处，秋红虽然接纳了他，却也劝他自首。云龙不愿自首，这时屋外响起了警报声，原来是公安战士在周围巡防。

云龙如惊弓之鸟，心里越来越慌，假意告诉秋红只要和他再做一天夫妻，他便会去自首，秋红满心欢喜地答应了，谁想第二天，做过夫妻，抽过大烟的云龙又再次反水，不愿去自首。秋红没有办法，决定杀了云龙后再自杀。秋红举起剪刀正要动手，却被云龙发现，云龙挥掌将秋红打死。

得到刘妈报信的云飞赶来，却发现房间里只剩下秋红的尸体，云龙早已逃之夭夭。李云龙化妆成了老人，躲在客来回客栈，躲避公安的抓捕。不料他的踪迹被李云馨发现，二人一场激战，李云馨渐占上风，云龙被打得奄奄一息。眼见云龙就要被云馨勒死，李云龙却再此使诈，趁云馨不备一脚将她踢晕在地。就在云龙要置云馨于死地的危难关头，白凝赶来救下云馨，并在云龙扔下手雷后紧紧抱住了云馨，替云馨挡住了手雷的弹片。

白凝被送往医院，伤势十分严重，医生尽了很大的努力仍也没能将白凝救活。此时，云馨跑来用惊人掌力将白凝救活。

云龙偷盗尚市长的住宅，却发现尚市长家竟是一贫如洗。云龙毒瘾发作，实在搞不到毒品，便来到了刚刚改作药铺的烟馆。在吸食大烟后，他将想要抓捕他的伙计二噶打死。

公安局布防的包围圈越来越小，铁嘴霸王也参与到治安联防的队伍中，发动群众四处搜捕，飞贼李云龙无处遁形。无奈之下，云龙只得留信给云飞，要与他做生死了断，云飞在普照寺找到了云龙，二人以门里的规矩做生死了断。二人一路追逐打到了重型机械厂，几番恶战之下，云龙渐渐落了下风。

从航车到冷却池，重型机械厂内云飞和云龙几番番缠斗，最终云飞使出堂畿大师传授的推碑手，将云龙制服。匆匆赶来的云馨要手刃云龙，却被云飞制止，说云龙应该得到百姓的审判。

云飞跑到医院看望白凝，告诉了白凝已将云龙擒获的好消息，并告诉白凝云馨已经还俗，等白凝出院二人便可以成亲了。

云龙被带回了公安局监狱，云飞不但给云龙大烟抽，还和云龙铐在一起，为他疗伤，云龙向云飞认罪，得知云飞一直念着同门之情并不怪罪于他。云龙伤愈，云飞要对云龙进行最后的审讯，在审讯过程中，云龙得知共产党已经查清师傅并非自己所杀，还了自己的清白，云龙决定认罪画押。得知在公审大会后将被枪决时云龙后悔莫及。

出于同门之谊，李云馨来到监狱看望云龙，云龙向云馨吐露真情，说这辈子爱过的女人只有师姐云馨一个。云馨见云龙对自己犯下的罪行真心忏悔，便去求云飞宽恕云龙，但云飞说，现在云龙已经罪大恶极，没有人能救得了他了。

云龙被人民政府处决，结束了其亦正亦邪的一生。他的坟前，云飞与云馨相对无言。重新回到书场的铁嘴霸王说起了新燕子李三的故事，由衷地感慨道：人民政府威力大，得民心者得天下。