张清向琼英求婚,表白心迹,甘愿留在山上,二人定下海誓山盟。张顺和解珍解宝兄弟假扮难民也混进了山寨,张清写好书信,让张顺偷偷溜出山寨带给宋江,约好次日婚礼时里应外合拿下山寨。
叶清发现了送信的张顺,告知琼英。琼英不动声色,稳住张清等人,把解家兄弟用酒灌醉抓住。转天婚礼上,琼英发难,告诉张清自己已经知道他的阴谋,早就在山上做好埋伏,等着梁山军钻进圈套。
张清不顾危难,苦劝琼英投降,琼英却仍旧做困兽之斗,想要和宋军决一死战。宋军大兵压境,攻破了山寨,琼英见大势已去,也终于明白了张清的苦心,束手投降。战后,宋江为张清和琼英补办了没有完成的婚礼。
梁山大军继续南下,终于攻下网师园,收复苏州,王英、扈三娘战死。然而蔡京高俅不给他喘息的机会,急命催促梁山军继续攻打杭州。
杭州易守难攻,梁山众将发愁,宋江力排众议,执意要与方腊见面和谈,并派李逵和燕青去送信。蔡京得知此事,又在徽宗面前进谗言,宿太尉据理力争,徽宗最终答应静观其变。
宋江苦于方腊不肯相见,想要派人再去传话。吴用献计,想让送信人带上火药,潜到城门口安放炸药,若劝降不成,便炸开城门,攻入杭州。但此行凶险,稍有偏差就会丧命,水性好的将领们都争抢着去,最后宋江钦点张顺,张顺欣然领命而去。
张顺爬上杭州城外的涌金门,喊着自己是来送信的,却中了庞万春的埋伏,万箭齐发,张顺中箭落水。宋江下令炮轰涌金门,火烧水淹,终于攻破杭州。
杭州城内,梁山将领灵堂上,摆满了一具具尸体,血迹未干,童贯前来犒军,明知宋江等人悲痛欲绝,仍要他们欣赏皇帝赏赐的鼓乐,宋江只有默默忍受。
梁山军攻陷方腊的皇宫,方腊早已逃走。阮氏兄弟穿上方腊的龙袍,扮做皇帝和方腊,做游戏将假方腊拉出来斩首,宋江卢俊义发现,将他们斥责了一顿,责令脱去龙袍,让他们继续追击,寻找方腊的踪迹。
阮氏兄弟追上方腊残部,一番血战,阮小七受伤,方腊逃脱,阮小二让两个弟弟回营报信,自己寻着方腊的踪迹继续追踪,沿途好留下记号,给后面的援军。阮小五放心不下,又返回来,兄弟二人一起与方腊残部血战,寡不敌众,口唱山歌,双双阵亡。与此同时,张清夫妇也在战乱中战死。
阮小七回到大营,却得到两位哥哥全部战死的消息。吴用让小七护送哥哥们的灵柩回乡,从此隐居不要回来,希望能够为阮家抱住一脉香烟,小七不肯,述说当日石碣村七人聚义的缘由,表示宁肯战死绝不退缩。
方腊带着残部路遇菜园子张青孙二娘夫妇,又是一场混战,张青和孙二娘奋力将方腊残部剿灭,双双战死,但方腊却又命大逃脱。
谁知前面还有武松拦住去路,二人交手,武松一只胳膊被兵器刺中,插入柱子,他忍痛砍掉自己的手臂,追上方腊,以一只手臂将方腊擒住。方腊起义军自此才全部被剿灭殆尽。
宋江探访囚牢中的方腊,方腊赠给宋江自己的一条红头巾,他敬佩宋江是一名英雄,满怀惺惺相惜之意,而宋江却唾弃他造反作乱祸害黎民,方腊告诫宋江警惕J臣,而宋江不为所动,话不投机,宋江拂袖离去。
童贯视差前线,要将方腊部下的兵将们全部斩首,宋江苦苦求情,说明那些都是被迫为贼的良民,童贯不允,告诉他一日为贼,终身不改,宋江似是听出了一些弦外之音。
徽宗听闻方腊叛军被平定,召宋江率领梁山军回京接受封赏。
鲁智深在六和寺中听见潮信,这才明白当年五台山文殊院智真长老留给自己的八字之含义,遂含笑而逝。宋江等人前来寺中看望鲁智深,只见到他的尸体,和他留下的一首偈语,众人悲痛,宋江难过病倒。
武松向宋江辞行,愿意留在寺内修行,请他抹去请功名单上自己的名字。宋江心里不舍,却不愿强人所难,希望武松日后能得善终。武松从此再也没离开六和寺,直到八十岁善终。