武太后的这一措施不久就遭到了一部分朝臣的竭力反对。御史许有功、杜景俭，尚书省补遗陈子昂等人相继上奏，他们认为武后大开告密之门，任用酷吏的结果导致了先帝法律的名存实亡。 武太后对于这些言词锋利，直言犯上的奏折似乎并不在意，她下令将许有功等人贬往外地，而对他们遭受贬谪的原因未加任何说明。 在上官婉儿看来，武太后皇在任用了索元礼、来俊臣等人后，全国上下似乎都被卷入了一场恐怖之中，她从上朝时官员们的脸色中可以清晰地看到这一点，连日来朝廷的混乱局面使她目眩神迷。不过，武皇看上去倒是春风扑面，踌躇满志，自从冯小宝入宫以来，太后素来忧郁的脸上再度容光焕发，而她的心思似乎也越来越让人难以琢磨了。 酷吏和铜匦成了武太后肃清政敌、匡正舆论的杀手锏，原来要费尽周折才能实现一二的治国之策，全都在一瞬间实现了。 从魏晋开始兴盛起来的门阀制度，一直到唐朝都没有太大的改变，不仅限制了人才的开掘，而且滋生出无数积弊。武太后一反门阀，大举贤才，在科举中，她将眼光放在有才华的平民身上，大力提倡平民举仕，并且开创了殿试先河，名列前茅的贡生最后要直接通过她的面试，才能获得名次。这种自下而上，逐级科考的方式，在她之后一直沿用了一千多年。 酷吏政策的直接结果是告密之风盛行。武太后专门置狱于丽景门，以清理谋反案为由，将政敌一一肃清。

武太后在洛阳拆毁了乾元殿，下令由薛怀义建造明堂。武承嗣为了制造舆论，造了一块写着“圣母临人，永昌帝业”的“瑞石”，以象征武太后荣登九五之尊乃是上天之意。武太后借这个机会，封山神，封水神，加尊号，封王孙，为实现自己的政治抱负做好了一切准备。 终于，李家宗室成员们再也忍受不住了，他们知道，武太后下手将他们除灭，似乎只是一个时间问题。唐室王公之间彼此密书往来，谣言四起，除了在“如欲活命，勿来京都”一项上达成了一致意见之外，似乎也没有什么更好的应急办法。 起兵征讨的信号是由韩王元嘉之子、通州刺史黄国公首先发出的。他伪造了睿宗的玺书，内容是“朕被幽禁，尔等宜各发兵救我……” 李贞之子琅琊王李冲情急躁，鲁莽，他立即致函各王迅速进兵京都，自己则带领刚刚招募来的五千兵勇率先攻打济州。 当琅琊王冲起兵的消息传到神都洛阳，武太后并未张皇失措。她命张光辅为督军节度，率领十万大军西出洛阳，平叛诸王之乱。 平息这次叛乱仅用了二十天就大获全胜，叛将一个被手下效忠朝廷的部将所杀，另一个自尽身亡。武太后借这个机会穷寇亦追，将宗室中与叛乱有关的人一律严惩。经过这些面对面的较量，宗室成员们再也不敢小觑这位女性了，朝臣们也越来越敬佩眼前的这位执政者，朝廷内外，人心思定。 讨武之乱在这么短的时间内即被平灭，也出乎武皇的预料。这次事变中泄露出来的某种信号使武后兴奋不已，李唐王朝看来的确气数已尽，尽管叛军打出了匡复唐室的旗号，但天下臣民竟无人响应，它使武皇清晰地看到了人心的向背。 在叛乱之前蠢蠢欲动，在发轫之际左顾右盼，力求自保的诸王宗室未能逃脱厄运，韩王元嘉、鲁王灵等人被押回东都，在秋官侍郎周兴的逼令下，相继自杀。

十二月二十五日，武皇在洛阳南效的“圣图泉”畔举行了盛大的拜洛典礼。在破晓的晨光中，洛水徐徐东流，武皇峨冠博带，迎风而立，向着冥冥之中洛神拜谢祈祷。几乎在拜洛大典举行的同时，一场更大规模的杀戮也在迅速进行之中： 霍王元轨、纪王慎在流放途中被杀； 东莞公融及江都王绪被斩于曹市； 济州刺史薜顗、其弟薛绪被杀后，尸体暴晒示众； 常乐公主在狱中饮鸩自尽…… 明堂建好了，武太后将它命名为“万象神宫”。她身着皇帝冕服在明堂布政，接受百官们的朝贺。 武后的威望已与在世时的高宗一样，令万众仰止。此时有人劝她称帝，武后拒绝了，她认为还不到时候。从徐敬业起兵反叛这件事当中，武后深知“名不正而言不顺”之累，她要从一个看家的，逐步变成一个真正的当家人。任用酷吏，就是为了加速实现这种改变。 载初元年七月，在明堂潜心修行的十位高僧联名向武太后进献了一部《大云无相经》，据《大云经》所载，武太后作为当今圣母，实为净光天女下凡转世，当王天下。武太后即刻将《大云经》颁行全国各寺院，并饬令在洛阳和长安修建大云寺，为收藏佛教经典之用。《大云经》的注疏者，云宣和尚等九人均被赐紫红袈裟，位袭三品县公。 九月，长安人傅艺游率九百人长途跋涉来到洛阳，在洛阳宫门外恳请武后登基，傅艺游向武太后奏道：“李唐运数殆危，改唐为周势所必然，当今太后为千古一人，光风霁月，上应天意，下合民情，理当即速登基……”武太后深为感动，她虽然照例谦谢不受，但还是将傅艺游封为鸾台侍郎。