一个月之后的一天，武太后突然传令，当日的早朝改在太极宫正殿乾元殿举行。这道谕旨看来是某种重大事件即将发生的明显征兆，一时间惊动了满朝文武。当文武百官在黎明晦暗的光线下走向乾元殿时，他们不安地注意到，大殿内外增设了御林军士卒，他们披甲执剑而立，表情肃穆。 像往常一样，中宗皇帝跟在武皇身后来到乾元殿，也许是他尚未从睡梦中完全醒来，他对于早朝仪式改在正殿举行以及殿内的紧张气氛并不在意。中宗皇帝正想登上御座，中书令裴炎从一旁突然闪了出来，伸手挡住了他的去路。中宗显还来不及诧异，两名身材高大的御林军士兵已经上来，抓住了中宗的肩膀。 裴炎宣读了武后的诏书，即日起废天子为庐陵王。第二天，武后降旨将庐陵王贬往均州，半个月后又将其流放房州。 根据高宗的遗嘱，凡朝廷政事皆由武太后处置。 为了防止出现内乱，武太后立相王李旦为帝，是为睿宗。 令武太后心里别扭的是，李旦对自己即位做皇帝的事情并没显出多么兴奋，只是平平淡淡地接受。看得出来他根本就不想做这个皇帝。他对母亲表示，所有的朝政仍旧听母亲的，他自己不准备做什么。这让武太后深感失望。李旦进而提出请母亲称制天下，自己宁愿只做个普通的王。武后在失望之余成全了儿子，贬他为皇嗣，自己临朝称制。 为防生变，武太后派大臣前往巴州监视废太子李贤。不久，就传来李贤自杀的消息。武太后大为震惊，她最不愿发生的事情终于发生了。这是件让她有苦难言的事情。她知道是谁在背地里逼死了自己的二儿子，而使她永远背上了逼杀亲子的千古骂名。 这时武太后顾不上洗清自己，因为丈夫还停柩在堂。她命令将丈夫的灵柩由洛阳运往长安下葬，自己紧密观察着朝廷内外的一切动静。

随着睿宗旦被废为皇嗣，武太后正式在洛阳紫帐称制。她代天子颁发诏书，更改年号和皇旗的颜色，将东都洛阳改名为“神都”，将洛阳宫改称“太初宫”。并将衙门以官职的名称再度进行更改。 武太后现在已经六十多岁了，但她看上去依然眉如新月，肌若冰雪。她在分封武氏亲族的同时，将大唐王室门阀一一贬往外地。她现在可以有条不紊地进行此事，而不需要察看任何人的眼色。 武太后看中了上官仪的孙女，才名甚高的上官婉儿，想用她陪伴自己左右，助辅政的一臂之力。但群臣皆奏不可，理由是婉儿乃上官仪之孙女，其祖为武太后所杀，疑其挟仇带怨，恐武太后有不虞之危。 武太后命召婉儿上殿，令她观朝臣奏表，让她知无不言，言无不尽。婉儿娓娓道来，言中其弊，简洁明快。武太后又令其即席著文，修改奏表。婉儿立于武太后之侧，文不加点，一挥而就。武太后令众臣过目，群臣莫不叹服其才能。 武太后笑言，从即刻起，婉儿就立于朕躬之右，以理国事。事后，武太后问婉儿是否真会挟仇带怨。婉儿从容以对：臣虽为罪臣上官仪之孙，但知陛下杀我祖非因仇而因罪，那是因为法度，我若因此恨陛下，则是置天下法度于不顾，再者，陛下非一己之身，陛下乃天下人的陛下，我不能因私仇而背天下人之心。武太后对上官婉儿更加信任。 武太后治下的大唐帝国似乎出现了吉祥和瑞的征兆。全国各地报来的祥瑞绿章被刻在青藤纸上不断送达宫廷，这些绿章的内容读来饶有趣味，比如，河南刺史的一道绿章声称，在河南丰县有人发现了一颗九穗灵芝；在山西文水县一群白鹊栖息在县城外的合欢树林中三日不去，最使武太后感兴趣的还是嵩阳县令樊文献上的一枚赤心瑞石。这些绿章既是天降祥瑞的吉兆，又是民心归附的重要信号。但在武太后心里，总是时时涌起一种不祥之感。

果然，仅仅几天以后，徐敬业以匡复为名在杨州起兵，起兵之前，还请当时著名的诗人骆宾王写了《为徐敬业讨武氏檄》。这篇文采横溢的文章很快传遍了全国。文中将武太后骂了个狗血喷头。武太后让上官婉儿给她念了这篇文章，面色沉静。看完后她平静地对婉儿说，这是个人才，这样的人才没有被发现和起用，是宰相的失职。朝臣们都被武太后的大气所折服。 武太后并没有急于发兵平叛，她认为这次叛乱的根源正在朝中，先绝根，后斩蔓才是上策。 武太后将中书令裴炎召到内宫的英贤殿，与他商量平息叛乱一事。早在中宗被废之时，武太后即对裴炎大失所望。尤其是当武承嗣请求准许建立武氏七庙以追尊武氏宗族时，裴炎表示了强烈的反对。他以不容置疑的口吻说自古以来，尊崇内戚往往导致国破家败，汉朝的吕后即是一例。裴炎将自己与吕后相提并论，在武太后的心中留下了难以除去的刺痛。尤其是一想到太子贤的自杀，武太后心里在更中怒不可遏。她毫不犹豫地将宰相裴炎斩于都亭。朝臣们不禁感到奇怪，武太后这才说出谜底，当年怂恿李贤谋为不轨，之后又暗使人逼李贤自杀的，都是这个裴炎。人们这才明白武太后有多强的忍耐力。 之后，武太后命令李孝逸发兵讨伐徐敬业，徐敬业造反很快就被平息了，而武太后并没显出多么欣喜，她对朝臣们说，和我又失去了一个儿子比起来，这一切都太微不足道了。 武太后下令，凡有上堂诉冤者，御史一律不得搁置，要马上处理。另外，她隆重地颁行《求贤制》，允许天下有德有才之人向朝廷自举。然后亲自写下文章，普赐臣僚，让朝臣知道什么是为臣之道。