狄仁杰已认罪，狱中对他看管日渐松懈。狄仁杰交给索元礼一件棉袍，说天气已暖，望能将此袍交与家人，拆去棉絮。索元礼不以为然，令人将棉袍送至狄公家中。狄公之子感到其中一定有事，将棉袍拆开，果见内里写一呈武后的密书。 狄公之子长跪于大明宫前，要求面见武皇。武皇召见了他。长子将狄仁杰带出大狱的棉袍呈了上来。那棉袍里上，写满了狄仁杰的密奏。武皇看后，立召狄仁杰来见他。 狄仁杰终于出了大牢，来到武皇面前。武皇怒问狄仁杰为什么要谋反，狄仁杰直言，认罪只是权宜之计，如果没有暂时的屈服，就没有活着得见天颜的这一天。他告诉武皇，酷吏政策应该收场了，不然的话，大周天下就不再是盛世了。 武皇听从了狄仁杰的劝告，开始严惩酷吏。这年秋天，武皇在批准了大臣李敬则“废除酷刑，恢复常法”的奏请之后，索元礼即以酷刑逼供被控，交与大理寺审讯，不久即被杀于狱中。现已居仆射之职的周兴看来亦难逃厄运，他的死颇具戏剧性。负责审讯周兴的官员恰好是他的故交来俊臣。一天晚上，来俊臣派人将周兴请到自己家中，饮酒闲谈之余，来俊臣面露难色，对周兴说道：“兄弟有一件难办的案子，还请仆射指点。我几乎用遍了《罗织经》中的刑法，犯人却死活不肯招供，不知如何是好？”周兴指了指桌上的一只酒瓮，对来俊臣说：“这有何难？你不妨将犯人放在一个大瓮里，四周堆上木柴，大火烘烤之下，不怕他不开口。”来俊臣笑道：“这个办法倒也不错。” 他旋即命人抬来一只大瓮，对周兴说：“现在请兄长进去吧……” 这就是著名的“请君入瓮”故事。

周兴死后，武皇并未立即诛杀来俊臣。来俊臣对武皇素来死心塌地，在她登上皇位的过程中建功殊勋。倘若仓促将他除掉，必然会使朝中亲信受到惊吓。另外，来俊臣正处于文昌左相武承嗣的卵翼之下，受到他的护佑，即便武皇有心将他除灭，亦非易事。 继承人的选择是在武皇政治生涯中困扰她多年的事情。在称帝之初，武家子孙武承嗣、武三思就上下活动，请求武皇立自己皇位继承人。天授二年(691年)九月，在武皇的侄子魏王武承嗣的授意下，凤阁舍人张嘉福指使王庆之率数百人上表，请立武承嗣为太子。武皇不许，王庆之以死泣请。武皇给印纸一张作出人证，让他走开，以后王庆之多次求见专言此事。武皇震怒，命凤阁侍郎李昭德赐杖。李昭德引王庆之出光顺门，立即杖杀，余党散去。之后，李昭德、狄仁杰都劝武皇立亲子为太子，无人再敢为武承嗣等求乞。 武皇听取了狄仁杰的谏议，严禁罗织之风，责令即日清理旧狱，平反了大量冤案，从酷吏手中救下八百多位将死之人。朝廷的政治空气一下让人有了沁人肺腑之感，而不是先前的令人窒息了。 有人诬告李旦谋反，李旦的下人自剖其胸，以证李旦既无反实，又无反意。武皇深受感动，并深深遣责了自己的轻信。

武承嗣等五千余人上表，请武皇加尊号为“金轮神圣皇帝”，武皇在万象神宫接受了这个尊号。 武皇令娄师德做营田大使，力促搞好边境营田。又令王孝杰出迎进犯边境的吐蕃、突厥，大获全胜。又命薛怀义率军讨伐默啜。一系列的军事行动都获得了大小不等的胜利，武皇的开边之意得到了充分的满足。 蕃胡慕义，捐钱百万亿，请建造为武皇歌功颂德的天枢。武皇命在端门外铸天枢。 延载元年六月，右卫大将军薛怀义第三次领兵攻打突厥默啜。经过将近半年的长途跋涉，他于这年初冬回到了神都洛阳。和前两次出征的情景一样，薛怀义率领部卒在定襄至海热尔一线的沙漠地带游走数月，未见敌方任何踪迹，便班师凯旋。他除了给女皇陛下带回了一些鸟类的羽毛和几只羚羊的舐角之外，几乎一无所获。仿佛薛怀义的此番出征不是为了远驱狄夷，安服边陲，而仅仅只是一次野外狩猎而已。 薛怀义和他的部将们来到紫禁城外，朝中的文武大臣早已在那里迎候多时。不过，薛怀义感到意外的是，女皇陛下未像往常那样亲自出门迎接他。 在不到四年的时间里，武皇命令薛怀义三次领兵攻打突厥，一直使朝内文武感到迷惑不解。人们不久便有了这样的猜测：女皇频频驱使不谙兵法的薛怀义出征边塞，也许预示着大和尚和女皇之间的关系出现了某种难以弥合的裂隙。