徐小愚与玛丽来不及上阁楼便躲进了厕所的隔间，孟书娟逃跑时突然跌倒在地，她发现自己腿上有很多血，却不明白自己为何突然出血。苏菲等人在阁楼里躲着，没等孟书娟上来，她们就把隔间的楼梯收了上去。

日军冲进教堂后开始肆无忌惮地抢夺里面值钱的物品，玉墨听到地窖外面有女孩子的动静，她赶紧上去打开地窖的门，发现孟书娟躲在角落里，她把孟书娟带到地窖。

孟书娟表示自己就是死在外面也不要跟玉墨在一起，玉墨扇了她一巴掌让她有什么仇等日军走了之后再说。玉墨看到孟书娟腿上的血便明白了一切，她拿来豆蔻的新衣服给孟书娟换上，并让孟书娟不要怕，来月经只是生理现象而已。

玛丽越来越不安，她不肯躲在厕所隔间便冲了出去，正好遇到几名日军，日军看到年轻貌美的玛丽就猥琐地冲了上来，玛丽大叫起来。法比在楼下听到玛丽的哭喊声，他赶紧上楼制止日军的行为，结果被日军用刺刀伤到头部。

日军们争抢着脱玛丽的衣服，在挣扎间玛丽被他们从楼上的窗户推了下去，玛丽不慎坠楼身亡。

之后日军发现教堂里还有一间阁楼，他们踩着梯子要打开阁楼的门却怎么也够不到，之后日军拿刺刀捅，拿枪射向阁楼，法比与英格玛神父过来告诉他们阁楼上什么都没有，让日军不要再祸害教堂，日军不依不饶地让他们找梯子过来。

一直躲在不远处废弃楼房里的戴涛看到日军闯入教堂后，他向教堂外面的空地扔了一个手雷，日军被突如其来的爆炸声吓到，日军只好拿着武器离开了教堂。

不久后黑岩久治与孟司长来到了教堂，黑岩久治问法比里面是否有孟书娟，法比表示死去的玛丽是他剩下的唯一学生，黑岩久治假惺惺地说自己本来想带教堂的女学生们离开南京，既然大家都已经离开，也就没有他的任务了。

孟司长答应女儿一定会把教堂里的女学生都带走，苏菲等人劝孟书娟先跟爸爸走，之后再接她们也可以，孟书娟依旧不肯离开，孟司长独自一人离开教堂，跟踪他的日军把他的行踪报告给黑岩久治。

法比看着玛丽的尸体痛哭不止，之后他把教堂上面的美国国旗拽了下来，他曾对学生们说过，只要这个美国国旗挂在教堂外面，日军就不敢动她们，可日军不仅冲了进来还害死了玛丽。

黑岩久治等人想方设法地把中国人的尸体焚烧或掩埋，以掩盖日军犯下的滔天罪行，可被屠杀的中国人实在太多，不管是投入长江，还是放在防空洞里焚烧都无法把尸体全部消灭。

魏特琳、费驰以及一些西方的媒体记者来到日军的办公处，他们要求日军对南京大屠杀做出合理的解释，日方却不肯承认他们屠杀过中国公民。

费驰要求他们正视事实，而且日军还强行带走女学生们并强奸她们，日方代表觉得来中国战斗的日军战士都是血性男儿，长期得不到女性关怀，自然要找些女人，魏特琳等人斥责日方的说辞太荒谬。

费驰想把一个记录日军焚烧尸体以及屠杀罪行的胶卷给记者朋友，让他带到上海冲印出来并把照片公诸于众，记者怕被日军搜身，日军发现胶卷后一定会饶不了他，他拒绝了费驰的请求。

夜里学生们的肚子叫了起来，自从玛丽死后她们就没吃过东西，虽然饿却没胃口，她们为玛丽的死因吵了起来，大家责怪徐小愚擅作主张带玛丽躲进盥洗室，当玛丽被日军q暴时，她却躲在里面不肯救玛丽，徐小愚哭着说自己当时没想那么多。

隔天徐小愚讽刺孟司长是汉奸，孟书娟生气地离开教堂，她在路上遇到一名日军，可她逃跑时被尸体绊倒在地，就在日军要碰到她时，戴涛出现将日军打死。

又有日军跟上来，戴涛只好带孟书娟躲在一栋废弃的居民楼里，孟书娟告诉戴涛其实法比也有枪，但他把枪藏了起来没有用。王小妹与神父的药都没了，法比只好冒着生命危险去安全区给他们拿药。

从威尔逊医生那里拿到药后，法比开着车往教堂赶，路上遇到一伙儿日军看中了他的车，他们强行占有了车，又把法比带到了日军的驻扎地。以前教堂里虔诚的教友约翰，现在成了日军身边的汉奸翻译，法比告诉日军他是去给他爹拿药的，之后又把神父的身份告诉日军，可日军认定神父不可能有父亲，法比是在撒谎。

法比被日军关到大牢里，约翰对此也无能为力，法比拜托他把药送回教堂，约翰赶紧去了教堂。约翰把药给乔治并告诉他法比现在的情况很危险，如果英格玛神父在明天之前不能把法比救出来，他一定会被日军杀死。

乔治把法比的消息告诉英格玛神父，之后他骑着车载英格玛神父前往日军的驻扎地。日军把大牢里的中国人都带了出去，日军们打算开车到别处将他们枪决，可卡车完全发动不了，他们让法比把车修好，法比告诉他自己不会修车。

一名日军大佐生气地表示既然不能开车，就把他们都就地解决了。约翰问法比死前有什么话想对英格玛神父说，他可以帮忙带话。法比临死前想到的不是上帝，不是英格玛神父，而是玉墨，早知道自己要掉脑袋，他就应该向玉墨告白。

法比被排在最后一组，之前的一组组中国人都被日军当场靶子枪决了，还好英格玛神父及时赶到，救出了法比。福大命大的法比回到教堂，他一边喝着自己私藏的威士忌，一边感谢上帝救他一命。

黑岩久治约孟司长见面，他给孟司长两张通行证，可以让孟司长带孟书娟以及一个她最要好的同学离开，但孟司长要帮日军解决速干水泥的事情。