丘处机将郭靖领到古墓外，对他讲起王重阳和林朝英的往事。当日王重阳因为抗金失利而不愿意接受林朝英的真情，林朝英只得和他拔剑相向。两人比试刻字，王重阳主动认输，将古墓让给了林朝英，自己则在外建了重阳宫。 

丘处机讲起小龙女和李莫愁习得了林朝英的武功，今日蒙古人就是来向小龙女求亲的。 志敬给霍都领路，霍都王子前往古墓，留下志敬一人在树林。

杨过和志敬两人在树林间追逐，碰到了前来的丘处机和郭靖。 丘处机询问蒙古人是够已经找到了古墓，杨过声称看见了。丘处机决定带着郭靖前去古墓保护小龙女，没想到蒙古人一行被玉蜂蛰得逃跑。

丘处机将杨过交给甄志丙培养，但是杨过竟然想要拜志敬为师。杨过抓住了志敬的把柄，志敬也只得乖乖听他的吩咐。杨过察觉到志敬只教授他口诀，但是并没有教授他招式。为了报复赵志敬，杨过设计在志敬房间捣乱。 

志敬和杨过两人大打出手，正在志敬出手打杨过之际，丘处机在一旁看到。丘处机立马过来责备赵志敬，赵志敬百口莫辩。赵志敬请杨过吃饭，赵志敬假装两人和好，决定从明日开始好好教授杨过武功。志敬告诫杨过千万不要去山顶，杨过道听途说山顶有奇花异草，便决定去山顶一看。没想到山顶上丘处机正在独自练功，杨过大叫扰了丘处机的清修。 丘处机责罚杨过，志敬假惺惺替杨过求情。

志敬对杨过讲起现在全真教里的内斗，说服杨过帮他。杨过听了志敬的话，夜间独自一人在后山练蛤蟆功。志敬立马将此事禀告了丘处机，丘处机命志敬将杨过带回。 

杨过知道是志敬陷害了自己后，发功击退全真教。在全真教的追逐下，杨过闯进了古墓。孙婆婆放出毒蜂赶走了全真教，杨过在孙婆婆的救治下醒了过来。

杨过初见小龙女，便被她的气质深深吸引。小龙女询问杨过为何会闯进古墓，杨过便将事情原委告知。孙婆婆乞求小龙女将杨过留在古墓，但是小龙女并不答应。孙婆婆将杨过送出古墓，碰到全真教来要解药，孙婆婆和全真教动手起来。此时丘处机赶到打败了孙婆婆，孙婆婆临死前将杨过托付给前来的小龙女。

小龙女答应照顾杨过，孙婆婆去世。 丘处机为此自责不已，小龙女出手替孙婆婆报仇。小龙女将杨过带回古墓，杨过为孙婆婆的死伤心不已。

小龙女和杨过将孙婆婆下葬后，小龙女让杨过一人独处。杨过在古墓里四处晃荡，看到古墓里的金银财宝爱不释手，不小心掉到了古墓的陷阱里。小龙女惩罚杨过，将他关在笼子里反省。 

小龙女前来释放杨过，杨过想要离开古墓，小龙女百般阻拦。在杨过离开古墓后，竟然在古墓外碰到了黑豹。正在杨过命悬一线之际，小龙女赶到救了他。 

小龙女受伤，杨过心疼不已。眼见小龙女对自己这般好，杨过立马抱住她，但是却被小龙女推开。小龙女告知杨过进了古墓就要一生一世留在古墓，杨过答应。杨过拜小龙女为师，并决定日后叫小龙女为姑姑。

小龙女带杨过到自己的石室，安排他睡在冰床上。小龙女睡在绳子上，告诉杨过寒玉床可以帮他修炼内功。

小龙女带杨过到山上练习抓蝴蝶，不一会儿杨过肚子饿。小龙女告知自从孙婆婆离开后就没人做饭，杨过立马回去给小龙女做饭。小龙女提到要去给赵志敬送玉峰浆解毒，两人来到全真教，杨过将解药给了志敬。甄志丙看见小龙女，想要上前搭话。志敬心里对杨过生气不已，出手和杨过打了起来。在小龙女的指导下，杨过一招制胜。全真教继续追杀小龙女和杨过，两人便飞离了终南山。

小龙女回到古墓继续教授杨过武功，她命令杨过回到山后抓蝴蝶。杨过功力不够，只有每天都反复练习抓蝴蝶。

时光飞逝，四年过去，杨过已经长大成人。杨过为了庆祝入门第四年，抓了很多蝴蝶回古墓。

杨过想要继续精进武功，小龙女便将他带进之前王重阳练功的石室。小龙女提到玉女心经需要两人合全真教之力才能练成，杨过将之前在赵志敬处习得的全真剑法口诀传给小龙女。后来两人齐心合力，一起习得了全真剑法。

但是练习玉女心经需要两人赤身相对，杨过便将小龙女拉到后山练功。 赵志敬陷害甄志丙，将他推到正在练功紧要关头的小龙女身边。小龙女元气大伤，杨过要杀了甄志丙。小龙女放过了甄志丙，杨过赶紧将小龙女抱回古墓疗伤。 

小龙女轻生，想要杀了杨过。杨过为了救小龙女，急忙去古墓外找草药。傻姑为了瞒着李莫愁成亲，便假装自杀。李莫愁识破了傻姑的伎俩，带着傻姑一起回赤霞庄。

杨过带着药回古墓，途中碰到了傻姑。傻姑逼迫杨过带路去终南山，杨过装疯卖傻带着傻姑到了古墓。傻姑进了古墓找小龙女要玉女心经，小龙女赶傻姑出古墓。此时李莫愁正好赶到古墓，发现杨过也在古墓里。小龙女和杨过设计困住了李莫愁和傻姑。

小龙女危在旦夕，杨过将自己的血喂给小龙女。小龙女意识到此次恐怕在劫难逃，想要牺牲自己助杨过离开。杨过想要和小龙女一同离开，但是小龙女坚持要留在古墓。 

小龙女告知李莫愁古墓的门已经永远关上，李莫愁要出手杀了小龙女，杨过替小龙女挡剑，李莫愁感动不已。小龙女和杨过互诉衷肠， 李莫愁闯进来要玉女心经，但是李莫愁不是小龙女对手。 

小龙女元气大伤，便和杨过一起睡到石棺里。两人在石棺的盖上发现王重阳留下的字迹。小龙女和杨过一同往王重阳留下的另一间密室，发现了九阴真经和古墓的出路。 

李莫愁拿杨过威胁小龙女说出古墓的出路，小龙女设法解了杨过的穴。 杨过和小龙女一同沉到水下，准备离开古墓。