为了安全起见，马大帅被安排在城中某家j院的客房内，由陈宇负责保护其安全，然而马大帅却一心想回大帅府。在马大帅看来，暗中被害，不如高调入住大帅府，此番一来，日本人不得不派兵保护自身安全。李三等人得知马大帅的住所后，由徐铁头等人乔装开路，李三则遵守承诺，带着马小宛前往j院，欲刺杀马大帅。谁知被狡猾的菊村早一步料到，唱了一出空城计，李三和马小宛的第一次刺杀计划以失败告终。马大帅以手中的兵权为筹码，让菊村和渡边不得不同意重新修缮大帅府，择日让马大帅重返大帅府。

马大帅高调回府的消息传到了燕子门，李三等人安心马小宛冲动。果不其然，马小宛趁着天黑，只身一人前往大帅府。陈宇发现此事，不动声色，欲借马小宛之手，为自己除掉马大帅这个眼中钉。然而，马大帅早有准备，躲过了马小宛的刺杀，马小宛被尾随的张鹏飞强行带走。马小宛气不过，张鹏飞告知马小宛已被陈宇盯上，即使是杀了马大帅，马小宛也羊入虎口。张鹏飞的话让马小宛感到了遭遇欺骗和背叛后的一丝温暖。两颗悸动的心，也在兵荒马乱的日子里越走越近。

菊村为了让马大帅趁早派兵前往济南，以便控制马家军，欲用美人计来讨马大帅欢心。与此同时，燕子门也想到了美人计，并从张鹏飞和马小宛口中得知了马大帅钟情的七姨太是刀马旦，于是东方玉在方俊生的帮助下进入童家班，以刀马旦的身份为马大帅表演。马大帅对东方玉动情，当即下令让马家军即刻赶往济南城，正中菊村下怀。

后台，马大帅为得到东方玉，答应东方玉的婚礼要求，择日在大帅府举行盛大的婚礼，迎娶东方玉。新娘入洞房后，马小宛偷梁换柱，换出东方玉，自己成为新娘坐在洞房里。为了保护马小宛的安全，李三和张鹏飞潜伏在大帅府后院附近，随时接应马小宛。美人计奏效，马小宛果真在马大帅结束婚宴回洞房后杀了他，并成功在李三和张鹏飞的掩护下离开了大帅府。

让李三万万没有想到的是，婚宴只是菊村等人设下的套，菊村得到了马大帅的武装，又借李三等人的手，除掉了马大帅。菊村欲和李三比武，李三答应，但是以放走其他人为前提，菊村允诺。众人在东方玉的带领下，暂且离开，方俊生偷偷重回城中，欲救李三。

李三和菊村的比武难舍难分，却因中了菊村的毒刀落败。李三利用燕子三抄水的独门功夫逃脱，回到山寨，却因中毒过深面临着和东方白一样的厄运。与此同时，方俊生被陈宇等人抓获。

在燕子精神和强大的意念下，李三挺过了难关，为自己争取营救的生理时间。东方玉和马小宛找到解药，救下李三，李三确定将计就计，命小七等人在城中大肆购买花圈冥纸，为燕子侠之死造势。果真，燕子李三的死传到了日本商会，菊村命山木趁机将捣毁燕子门，将其连根拔起。渡边担心山木越权，派陈宇尾随。

陈宇嗅到了一丝不对劲，借口让山木打前阵，没想到却被燕子门里早已埋伏好大炮轰成了碎片，陈宇等人趁乱逃离。李三利用山木等人捣毁燕子门的时间差，救出了大牢里的方俊生，又从方俊生口中得知了菊村来济南城的目的，李三和东方玉一同想到了李云飞的宝藏，李三决定再探一次师父留下的宝藏。

果真如李三等人所料，菊村来中国的目的确实是李云飞的宝藏。菊村在警察署的井里发现了宝藏的秘密，得意忘形之时，死于重生的燕子侠李三手下。李三将菊村的尸体放在了日本商会大牢外，混淆视听，菊村的死令渡边和陈宇大为震惊。唯一知道宝藏秘密的菊村已死，于是李三等人开始计划运输宝藏一事。

陈宇根据菊村尸体的推断，来到了警署，在井口发现了菊村的血迹，印证了他的推理。随后，陈宇和王峰来到了井下，发现了真正的宝藏。为了不遭到来自东京的压力，渡边打算让陈宇背这个黑锅。

陈宇本想利用宝藏的事情来牟利，却被渡边迫害。王峰不得不将宝藏的秘密告知渡边，却也难逃一死。为了能够顺利将宝物全部运出城，李三事先将宝物分给老百姓，然后自己做诱饵吸引了日军的注意力。为了抓住李三，渡边派出了菊村调来的狙击手小队，没想到狙击手并没有杀死李三，反倒被李三各个击败。

渡边利用李三和狙击手对抗的时间差，迅速调集好火力，一顿炮火，将李三击倒捕获。渡边抓到李三后，严刑拷打，决定将燕子李三吊在城门上示众。在城门前，渡边将李三的生死交给全城的百姓，只要他们同意李三死，百姓们就能活下来，反之，如果要李三活着，百姓们就不得不死。

令渡边意想不到的是百姓们宁可自己去死也要让心目中的燕子侠活着。这时，渡边心爱的养女美子居然在城墙上用中国话大喊打倒日本鬼子。一旁的日本士兵将美子打死，渡边受刺激分神，被李三趁机脱身并将其杀死。

方俊生的部队赶到，和东方玉带领下的燕子门一起奋力抗击日本鬼子。这场持续了三天三夜的战争之后，谁也没有见到过燕子侠，谁也不知道燕子侠身处何处，但是燕子门的弟子越来越多，他们惩恶扬善，抗击敌寇，活跃在整个山东地区。