一九四二年,重庆中央大学,数学教授孔方正在学校中洗漱,这时候他们听到广播中正在播放八路军与日军的交战,战火已经蔓延到了慈水,因为战力不及日军,孔教授的老家慈水沦陷。但孔教授的注意力全落在了广播内容上,他表示,这条广播暴露了八路军的兵工厂位置,无疑是给敌人找到兵工厂提供了便利。
果然在他们担忧的时候,日军的军事专家横尾阔已经在研究八路的兵工厂位置,他熟知孙子兵法,也与孔方想得一样,他已经派人去寻找兵工厂来了。而孔方现在最担心的是自己的弟弟孔圆,孔圆是地下共产党,经常执行一些秘密行动,所以长期与孔方联系较少,如果横尾阔真的找到兵工厂,那孔圆他们就会有危险。而孔方的父亲是个精明的生意人,带着妹妹一起生活,这倒是让孔方一点都不担心。
孔方在学校中上课,同学们因为战乱人心惶惶,孔方用数学计算出警报的时间,他的推算非常准确,同学们在听到警报的瞬间就想要离开教室,却被他沉着冷静地拦下了。学生们一时间不相信孔方的计算,孔方便用实际事实给同学们上了一课,谁都没有想到孔教授可以根据生活数据算出某学生的约会地点。很快警报就如约响起,只有孔方临危不乱。
另一边慈水,日本人根据商铺找上了孔方家中,横尾阔特别喜欢这里的风土人情,看上了孔家人的店铺所写的字,想要与写字之人结识一下。横尾阔的手下已经找上了孔老板,逼他交出家中的粮食,就在孔先生要被枪击的时候,他的女儿在外打碎了一个茶杯盖子,打断了他们之间紧张的氛围。
不幸的是,孔老板女儿女扮男装被日军识破,他想要带走孔老板的女儿,让孔老板拿粮食换人,孔老板一路哀求都没能救下女儿。就在这时,横尾阔带着人出现在他们的面前,沈长官看到他竟然就不敢动手了,横尾阔与孔老板交涉,在知道写字之人是孔老板女儿的以后,不动声色地转身,命令沈长官放了孔老板的女儿。出了孔家,横尾阔就教训了自己不守规矩的沈长官,随后便坐车离开,
孔方在关注日军的行动,同时还不断关注着横尾阔的消息,因为无法理解孔方计算事情的思路,在他说出这些话以后,他被海音嫌弃了几句,但他也不恼怒,只是让海音别再吃安眠药,海音没想到他会算到自己的习惯,为了不再让他教训自己,海音直接吻上了孔方。另一边日军在横尾阔的带领下,开始向八路的兵工厂前进,孔圆带的兵发现了异常,立马通知孔圆,他们抓到了几个正在画图拍照,观察地形的人,其中一个因为反抗被枪毙,另一个则在威胁下全盘托出。
孔圆很自信自己可以解决掉前来探路的日本兵,于是没有将此事汇报给前线的军队,孔圆身为连长,对自己手下的兵管教很有一套。
唐飞唐科长回来的时候,方厅长赶紧找借口与他一起逃走,不然还真不好对付刚才那个难缠的人,唐飞唐科长将所有警卫都叫到了楼前,方厅长亲自出马,就是为了帮他们把鲍里斯抓回来,说不定还能狠狠捞上一笔。他们走后,警察厅厅长加藤就来到了警局,方世宝被人指着鼻子骂,加藤非常不高兴,虽然加藤与李先生的儿子有特殊的关系,他安抚了李先生,看看他们抓人究竟有什么理由。
另一边方厅长的人已经冲进了鲍里斯的住宅,鲍里斯已经离开,壁炉中的灰尘已经没有了温度,他们怀疑鲍里斯是苏联的间谍,方世宝听闻蔡科长的工作以后,意识到这件事性质有变。等他们回到警察厅中,加藤上来就质问他们为什么拘留李子龙,在得知他们带了三个科的人去抓一个鲍里斯的时候,更加生气,他直接命令他们将此事交到特务科。
唐飞唐科长遇到刘翻译,要把李子龙转交给他,通过他得到信息,李子龙只是他们科的一个线人,随后他与吴科长一起商谈此事,怀疑鲍里斯肯定就是间谍,为了不连累方科长,他与吴科长打算分头去找李子龙聊一聊。唐飞唐飞唐科长又给保安局的科长蔡梦打了电话,将李子龙和鲍里斯的事情告诉了她,并告知她接下来的情况,蔡梦嘱咐唐飞不能将她出卖出去。
福原非常生气,蔡梦告诉他是李子龙将事情透露出去,这才让鲍里斯逃走,有关瓦吉姆的案子都已经全权交给了保安局,但福原不想轻举妄动,打算让他们先内部调查一下。另一边吴科长再次与李子龙交谈,故意把鲍里斯逃跑的事情告诉李子龙,李子龙也非常惊讶,他们猜测李子龙并不知道鲍里斯可能是间谍这一事。
李子龙告诉刘翻译,自己没有占到蔡梦的便宜,反倒被蔡梦给耍了,刘翻译没有留情地给了他一拳,让他长点记性。而加藤在鲍里斯逃了以后,揽下了所有的责任,开始与方世宝方厅长开始讨论鲍里斯为何会提前逃走,他们的审查重点就是唐飞唐科长,方世宝在不明不白的时候就签下了审查令。
刘翻译在调查了门卫以后,得知唐飞并没有离开过,那个时间段来往的只有乐一乐的老板秦德龙,虽然如此,加藤还是没有放过唐飞,打算让李子龙去调查唐飞,刘翻译一点意见都不敢有。审查并不是没有过,但这一次审查唐飞的却是李子龙,很有可能就是在报复他们,唐飞知道,这一定是他们在寻找替罪羊,谁屈打成招了,谁就得背锅。唐飞将厅长方世宝安置地妥妥当当,自己则去接受他们的审查。
李子龙给加藤送了茶叶,加藤对他一番兴师问罪,李子龙也不敢有不满的情绪,他离开后,加藤就打开了茶叶,里面竟然全是钱。加藤愿意给李子龙撑腰,允许他加倍报复回去,加藤还暗示李子龙要针对刑事科中的某个人,李子龙非常上道。李子龙自己也知道,他将是最有嫌疑的人。
刑事科几人来到审讯室,唐飞猜测其他三人会先被动手,让他们不要恐慌,还故意让吴科长与李子龙搞好关系。何胜故意挑衅李子龙,唐飞也没有看着李子龙对他们动手,主动承担了责任,让李子龙放了其余三人,李子龙没有犹豫,直接留下了吴科长一人。
李子龙也没有想到这一变故,李子龙竟然没有留下自己,而是把吴鹏吴科长留下了。李子龙把吴鹏带到了刑房,打算给他送刑,唐飞知道以后让他们千万不要轻举妄动,不然嫌疑会更大,随后何胜就把收来的保证金送来,竟比上个月多了三万。没过一会儿,就有人打来电话,说发现了鲍里斯,来电的人是秦德龙,他向唐飞告密,他们就打算先去试探一番。
李子龙审问吴鹏他将鲍里斯的事情告诉了谁,其实就是想让吴鹏污蔑唐飞。另一边唐飞已经到了乐一乐,他让手下去会一会那个人,唐飞则与秦德龙单独聊天。秦德龙告知零三号的撤退以后很愧疚,所以给唐飞也安排了撤退,但唐飞不肯离开,他要不是有绝对把握,也不会走这一步。另外他在这里都已经干了那么久,不能半途而废,若是他走了,罪名就坐实了,唐飞坚决不离开。
李子龙并不是没有脑子的,质问受过刑的吴鹏,吴鹏受其压迫,说出唐飞并没有整理材料的事实,紧接着李子龙就大张旗鼓地来到乐一乐找唐飞。唐飞要被带走,临走前,他还与秦德龙演了场小戏,打消别人对秦德龙的怀疑,回到办公室中,就听到电话声,李子龙没让唐飞接电话,何胜则接了蔡梦的电话,恳求蔡梦救救唐飞。
唐飞进审讯室的时候,吴鹏刚走出来,调查的内容已经都被送到了加藤面前,他也开始怀疑唐飞和鲍里斯是一伙的,事实上他并没有怀疑鲍里斯,但如果唐飞是间谍,那他就立了大功。蔡梦找上福原,急着要把鲍里斯的案件接手,因为李子龙是主审,他心怀报复,这是其中一个原因,另一个原因则是唐飞,福原和她一样,其实也很关心唐飞,福原有些犹豫不决。
唐飞是秦德龙等人的最高领导,唐飞不撤退,他们也坚决按兵不动。此时唐飞正在接受酷刑,李子龙刚才的聪明劲现在一点都没了,对着唐飞就问是不是他给鲍里斯通风报信,诧异地是,唐飞竟然承认了自己是共产党,李子龙立马激动地去找加藤科长。另一边福原已经同意蔡梦去联系白井科长,加藤在得知唐飞承认是共产党以后,便让李子龙对他用电刑。幸好刘翻译及时赶到,救下了差点被电死的唐飞。
加藤得知福原来电,也猜到了保安局要来接受此案,对于蔡梦的要求,加藤没有阻拦,便将唐飞交给了蔡梦,蔡梦放了唐飞,然后找上李子龙。唐飞只在李子龙面前承认了自己是共产党,刘翻译却对蔡梦表示,他们大部分人都不相信唐飞是共产党,吴鹏也改口,唐飞为了让吴鹏活命,所以故意让他污蔑自己。蔡梦诱惑唐飞,若是他真想去保安局,就必须按她的命令来办事。
方世宝在蔡梦的威胁下,也在文件上签上了字,将鲍里斯一案交给了保安局,蔡梦调查出了唐飞等人是被屈打成招,这一次加藤滥用死刑全是出于私心,既然蔡梦他们主动申请此案,他也不再插手。蔡梦故意拿枪指向唐飞,吓了唐飞一大跳,事实上她是要恭喜唐飞的,因为审讯此案,还需要唐飞与她一起去保安局办事。唐飞装作是个唯利是图的人,蔡梦并没有多疑,与唐飞道别。