创世纪的第二次发射摧毁了地球联合军的月面基地。下个目标是地球吗?联合军重组溃散的舰队,让调解队再度出击,企图以核弹直接攻击殖民地。煌等人在创世纪与核弹之间奋战。激烈战斗中,M1异端钢弹队战死。穆与拉乌也在战斗中受伤。但是伊萨克与迪安卡的连手合作,总算打败了瘟神钢弹与禁断钢弹。同一时候,与大天使号战斗的主天使号内部,阿兹莱尔与娜达尔两人意见不合,抓狂的阿兹莱尔对命令全员离舰的娜达尔开火,而且还发射罗安格林破坏炮。大天使号来不及闪避。在危急的剎那间,穆挺身保护大天使号,壮烈爆炸。眼见穆的死去,玛琉发狂的也下令发射罗安格林破坏炮。同时娜达尔亦制伏阿兹莱尔,大喊“快动手!玛琉.雷明斯!”。牺牲了所爱的男人的二位女性,同心协力的埋葬掉战争的元凶之一,蓝色宇宙的盟主…。
即使付出了多人的牺牲,战争还是没有结束。芙蕾离开主天使号,受到那份对煌的割舍不下的感情牵引,卷入了自由钢弹与天帝钢弹的死斗中。然后,在煌的面前,被拉乌的无情之刃所杀死。在无法守护自己想守护的人的悔恨中,煌看到了芙蕾的幻影。芙蕾的灵魂终于在结束的时刻与煌融合了吗…。另一方面,萨拉下令创世纪瞄准攻击地球。扎夫特军中出现了试图停止其疯狂行动的人士。正好在此时,阿斯兰与卡佳理一起闯进雅金.杜威,想阻止父亲的凶行。但是他们到场后,却目击到萨拉被士官枪杀的场面。萨拉咽下最后一口之前,依然不停诅咒着自然人。然而他的死,并无法停止失控的事态。雅金的自爆,连带启动了创世纪。阿斯兰单身闯入让核引擎失控,摧毁整个创世纪。行动后阿斯兰本想同归于尽,却被卡佳里制止,一同逃出。同一时刻,煌与拉乌在死斗之后,两人同归于尽。而在扎夫特方面,旧克莱因派发出停战的呼吁,和平之路似乎已经开启。阿斯兰看着战场凄凉的遗迹,内心深深感到绝望。这时候,小鸟飞向宇宙了。它飞向化成残骸的自由钢弹的机体。在那里,有煌的身影…希望并没有消失啊。