大天使号与主天使号再度开战。在二者的夹缝中,拉乌为了攻击永恒号,命令符泽琉斯号出击。拉乌对两方舰队,片面发出交还遭扎夫特军拘束的俘虏的通告。被投射到战斗空域的小艇,里面载着的是对情况一无所知的芙蕾。两方舰队对拉乌的行为大感困惑。芙蕾感受到危险,拼命操作小艇,向大天使号求救。芙蕾「我握有钥匙!」这句话勾起阿兹莱尔的兴趣,突然插手,将小艇带回主天使号。另一方面,被包围的永恒号与草薙号击中火力攻击符泽琉斯号,企图突破重围。符泽琉斯号被击沉了。地球军与扎夫特军见状,双方同时撤退。而在安全归返的永恒号上,煌为了自己没有救回芙蕾一事,失声痛哭。就在此一同时,阿兹莱尔从芙蕾手中拿到磁盘片,晓得内容是「可使用核武的反中子干扰器」数据,而大为狂喜…。
由于芙蕾带来的一张盘片,地球联合军取得了反中子干扰器的技术。在阿兹莱尔的运作下,核飞弹飞上了宇宙。扎夫特预测到联邦将发动大规模攻击,在雅金.杜威与伯亚兹集结战力。然后,决战的火苗点燃了。调解队…搭载核弹的梅比乌斯(零式)部队闯进了扎夫特的军事卫星伯亚兹。剎那间,闪光迸裂开来。再度使用的核弹的火炎,瞬间就把要塞摧毁掉。目睹伯亚兹的毁灭,芙蕾对自己的作为带来的结果生起无限悔恨。原来拉乌「让战争结束掉」那句话,竟然是大屠杀。煌与阿斯兰为了阻止核弹部队「调解队」再度攻击而出动。他们以装备的「流星」将射向殖民地的飞弹全数击落。同时,派屈克.萨拉誓言要向自然人报仇,下令使用强大的激光束武器创世纪。于是雅金.杜威背后发出巨大闪光,射向地球军的舰队!
伽玛射线的闪光在一瞬间歼灭了联合军的前线舰队。扎夫特的秘密武器,甚至可以很轻易的瞄准地球。阿兹莱尔歇斯底里的责难地球军。勉强从毁灭状态中重新振作起来的联合军,下了悲壮的决定,向殖民地的秘密武器创世纪挑战。但是却打不过阻挡在前方的雅金.杜威要塞,而且殖民地的创世纪强大武器本身还装备了PS装甲。煌等人为了阻止双方的杀戮战,投入这最后的战场。煌、拉克丝、卡佳里、与阿斯兰,还有玛琉与穆。在晓得这可能是此生最后告别的情况下,纷纷诉出了自己的心意给对方。而还有另一个人,决定制裁全人类的拉乌,也驾驶天帝钢弹出击了。最终决战拉开序幕,杀到殖民地的地球军,以及立誓要阻止核武攻击的独立军。可惜太迟了。最终武器创世纪向地球军的月面基地发出了第二次攻击!