《大明皇帝医案》到底还是失窃了,康熙得知该书是由人市上的苦力拿来换药的,决定一查到底。黑帮头子牟九插柳挡道诈钱,被微服私访的康熙看到了,即令三德子和法印去查牟九的底细和坐车人的身份,原来坐车人是大总管纳岚。牟九到南书屋见纳岚,纳岚要他帮查找医书的下落。牟九在人市找到连锁,诈出了医书的下落,又碰上微服的康熙,牟九见康熙是外地人,欲诈其银两,法印、三德子和他打了起来,兵丁起来赶至,两边的人鸟兽散。康熙三人装作和尚撞开黑窝,却被贼人放恶狗追咬,狼狈不堪。康熙气极,令于世龙带兵捣黑窝。
总管府内,纳岚向小妾卖弄自己的权势,暗地里干着卖官的勾当。于世龙在顺天府大堂提审犯人,康熙等人让马赛赛在另室认证人,但他们都不是牟九那帮黑窝的人,而是一些流氓地痞。牟九查到医书落在李木庵手里。连锁向老老太太坦白了自己为了给她抓药治病,利用到总管府盘炕的机会,偷了医书的事,老太太要把自己的房子卖了拿钱把医书赎回来还给总管府。连锁却说自己去顺天府投案自首。于世龙查不到医书的下落,只好提审马赛赛,马赛赛给他出了两个主意。康熙等再回到中药铺向李木庵打探医书的下落,探出是连锁所为。
老太太被强人抢去的房,在街邻的具保下,于世龙判发老太太。老太太高高兴兴领着连锁回家去,连锁出去办事前脚刚走,牟脚后脚便到。牟九绑了老太太,逼她说出连锁下落。为找到李木奄,康熙等人也来到人市,被误为是找活干的,被内务府总管府的管家看中,要康熙进府陪害花痴病的小姐说话,康熙举荐了三德子。牟九逼老太太,危急关头,康熙、法印赶到赶跑牟九,救下老太 太。 槽子进到总管府,意外见到了小太监偷的铜鼎被小姐丢在上,又发现纳总管和牟九有不正常的交往。为了毁掉医书,纳岚要牟九放火烧了药铺、李木庵也被烧死了。