阿珂被老和尚澄观救起,带到少林寺中养伤,韦小宝却受到了方丈大师和师叔祖们的审训,韦小宝说自己是因为自卫才不小心抓了她的胸部,并不是有意。 韦小宝要澄观师侄帮他破解阿珂姑娘的招数,澄观的回答让韦小宝伤透了脑筋,夜间,阿珂不顾伤口离开寺庙,在少林寺附近等待韦小宝出寺找他算帐,韦小宝因阿珂走后,无聊之际来到山下一所JI院,他内行的口调让JI院老板对他百依百顺,配合韦小宝男扮女装逃过阿珂和阿琪的双剑。 韦小宝躲在寺中不敢再出来,去向澄观师侄求助,二人一起偷偷出寺门,正好让在此等候多时的阿珂和阿琪撞上,澄观被迫和阿珂、阿琪动起手了,阿琪败在澄观手下,舍弃师妹阿珂先行离去,韦小宝将被澄观点了穴的阿珂抬进庙中,这让澄观不知如何应对。 韦小宝挑逗阿珂遭到阿珂的反感,本想乘机轻薄阿珂,阿珂却冷面相待,痛骂韦小宝。韦小宝一时不知如何应对,跪地面对佛祖发誓今生要娶阿珂为妻。韦小宝解开阿珂穴道却被阿珂刺伤。阿珂逃出寺庙,韦小宝伤心意绝。
阿珂师姐阿琪带着蒙古王子葛尔丹一行人来少林寺挑衅,要少林寺交出阿珂,吴三桂手下的杨溢之认出了韦小宝是桂公公,替他圆场化解了矛盾。韦小宝以他的聪明才智,令葛尔等人知难而退,只好离去。张康年传圣旨来到,原来康熙命令韦小宝上清凉寺当主持,实则是从少林寺绕个圈,再带些人去保护顺治,这样不容易引人注目。 韦小宝到山下接到双儿一起前赴五台山清凉寺,五台山的清凉寺被数千名道士包围,目的是活捉行痴大师(顺治帝),小宝只好施行金蝉脱壳之计,假扮道士带行痴等人逃离清凉寺,半途碰到赶来微服出行的康熙。顺治经不起康熙的苦苦哀求,父子终于相认。
顺治亦将四十二章经的秘密告诉康熙,叮嘱他要做个好皇帝,便跟着玉林大师离去,康熙含泪目送父亲。 康熙在殿内参拜时,却遭来九难刺杀他,幸得小宝舍命相救,被九难劫走。小宝为了脱身,再次利用刺杀鳌拜之事说服九难。适逢每年三月都是明崇祯的死忌,于是九难便带小宝去京城,上煤山拜祭崇祯。 康熙未能找到小宝下落,怒责多隆和张康年,要多隆留下继续寻找韦小宝下落。启驾回京。 韦小宝带九难来到皇宫,九难没想到竟碰上昔日的宫女陶红英,原来九难师太就是长平九公主。陶红英将四十二章经的事情告诉了九难。九难入慈宁宫探个虚实。