此时,归氏一家佯装被擒,突袭康熙,韦小宝挺身相救。康熙念及韦小宝与他深厚交情,放韦小宝一马,并且派多隆寸步不离地“保护”韦小宝。但已布下天罗地网炮轰伯爵府中的天地会及沐王府等人。 韦小宝的伯爵府里天地会兄弟心急如焚,派风际中和双儿出去打探消息,二人却碰上清兵被擒。 韦小宝被康熙软禁在宫中,不得离开半步。韦小宝为了拯救天地会兄弟,不惜违抗圣旨,杀害多隆,扮成小太监逃出皇宫,正好撞上来找他的建宁公主,并告诉韦小宝已经有了他的孩子,要马上和他成亲,韦小宝施计让建宁作掩护连夜逃出宫去。
韦小宝和建宁坐轿到宫门口时却被赵良栋和张康年拦下,韦小宝骗说奉皇上密旨岀宫捉拿吴三桂反贼,要张康年、赵良栋和御前侍卫一同前去立功。 韦小宝利用建宁公主带天地会和沐王府一众逃离伯爵府,因清兵追杀,只好四处分散逃离。韦小宝逃走期间却遇到神龙教教主追杀带回神龙岛。 风际中带双儿逃出找到总舵主陈近南,双儿不见相公,只好随陈近南前往台湾。 陆高轩不愿服洪教主所赐的毒死,激怒了洪教主,陆高轩无意说出了苏荃怀孕的秘密,让众人都很吃惊,让方怡、沐剑屏想起了丽春院那一夜,一定是韦小宝所为,洪教主逼问苏荃肚子里的孩子到底是谁的。
洪教主因苏荃背叛,大开杀戒,神龙教内讧群攻洪教主,陆高轩等人却被洪教主所杀。 洪教主要杀了苏荃以解心头之恨,韦小宝在眼见苏荃性命不保,搬起石头砸向洪安通,用洪安通曾教过他的招式杀死洪安通,洪安通在临死之前才知道苏荃是怀了韦小宝的骨肉。 建宁责骂韦小宝却遭到苏荃的教训,建宁只好忍气吞声。韦小宝带着苏荃、建宁、曾柔、方怡及沐剑屏,离开神龙岛,逃到通吃岛避难。 海上,郑克塽遭到施琅的追击,被赶往台湾的陈近南救下郑克塽,施琅仍不放开,舰队穷追不舍,炮火凶猛,陈近南等人被迫下船来到通吃岛躲避,正好与韦小宝等人相遇,小宝见到阿珂甚是欢喜。