韦小宝从罕帖摩口中探出吴三桂要联合蒙古、西藏,罗刹国及神龙教,四路夹击谋反。 罕帖摩的失踪让吴三桂着了急,吴三桂安排吴应熊借救火之名闯入安阜院公主寝宫搜罕帖摩,却中了建宁公主的阴谋,小宝将计就计,说吴应熊冒犯建宁公主为由,公主自卫才将吴应熊阉割。吴三桂誓要报仇。 韦小宝得知阿珂行刺被吴三桂所擒,向九难求救,九难当面拒绝,而后悄悄去三圣庵找陈圆圆告知,陈圆圆来找吴三桂,去牢房中看自己失踪多年的女儿阿珂,母女相认,阿珂告诉陈圆圆只有韦小宝才可救她。 韦小宝藉词探望吴三桂,后又见到刺客。赫然发现被囚禁的竟是沐剑屏。
韦小宝吓唬夏国相,遂使计谋将剑屏带走。沐剑屏将忆述离开神龙岛后,再遇剑声、大洪等人,正商量对付吴三桂之计时,却被三桂手下擒获。至此,小宝知已中了吴三桂的圈套。 这时,小宝又接到一道姑送来救阿珂的字条,韦小宝跟道姑前往,韦小宝在三圣庵的书架上意外发现四十二章经,乘机偷走。原来接见韦小宝的正是陈圆圆。陈圆圆道出自己的过去及阿珂的身世,韦小宝庆幸阿珂乃吴三桂女儿,应可保命,陈圆圆要阿珂认吴三桂为父亲,却遭到阿珂亲生父亲李自成的拒绝,这时的吴三桂已经布下重兵围捕三圣庵中的韦小宝等人,李自成和吴三桂展开一场生死决斗,九难出现解围。
韦小宝要九难师太将此事交他处理,韦小宝趁机要挟吴三桂交换阿珂等天地会的人质,再“请”吴应熊陪同返京,以防吴三桂出耳反耳。 阿珂一时感怀身世便要自寻短见,被赶来的亲生父亲相劝,阿珂痛责李自成没有权力管她,李自成为救阿珂二人一同掉入悬崖之下,幸好被郑克塽、冯锡范救下,并安慰她不要轻生,阿珂为之感动,也认了李自成为父亲。 双儿几经周折又回到韦小宝的身边,钱老本带天地会吴六奇、马超兴来见韦小宝,并告知李自成和阿珂的行踪。韦小宝赶到柳江却发现李西华和李自成打成一团,李西华为父报仇要李自成给个交待,李自成溺水而死让李西华也感到一丝悲伤,一直跟随陪伴陈圆圆的胡逸之赶来和冯锡范一比高低,击败冯锡范和韦小宝讲起了自已跟随陈圆圆的初衷,让韦小宝非常敬佩,吴六奇敬佩双儿要和她结为兄妹。