辅国大将军刘弘基刚从赛外回来，原本一直驻扎在城外，可是突然进到长安城里，听说这刘弘基张扬跋扈得很。凡舍里面有一个叫宁采臣的穷书生，他早上晕倒在北村，被人看见，送到了凡舍。书生醒来，称自己去了兰若寺，里面有一具干尸，还有一个叫聂小倩的女子。这时，传来消息，北村村口也死了人，大理寺调查组便带着书生一同去北村查案。

死者名为姜振，是刑部侍郎，他的头上有被钝器敲打的痕迹，应该是先被人打晕，然后捆住手脚，割开血管，失血过多而死，再被抛尸到河边，死亡时间是半夜，死者穿着便服，看起来是匆忙出门的。萨摩在尸体身上发现了麻黄草，那是兰若寺特有的植物，于是大家动身去寺里，竟然在地洞里真的发现了许多干尸！这些干尸死去已经近十年了。据紫苏回忆，十年前兰若寺起了一场大火，从此以后就一直传闻闹鬼。双叶查看干尸，发现都是胡人，而且都是女人。姜振的老仆人说，主人昨晚睡下的时候，把所有下人都遣走了。另一位仆人说，自己看见姜振读一张字条，神色担忧，还放走了一只信鸽。

朝堂之上，李郅正在汇报姜振被害案，刘弘基提出愿协助大理寺共同查案，皇上欣然应允。刘弘基马上就把人手驻扎在了兰若寺，而且态度蛮横。萨摩和紫苏又在兰若寺的河边挖出了铜镜和耳环。线索很乱，一切不知指向着什么真相。

第二天，萨宝府的康广达也死了，死亡时间是昨夜，身上没有伤痕，但头在死后被砍了下来。尸体身上好像被虫子咬过，下面有麻黄，一切又指向了兰若寺。李郅很好奇，今天并不上朝，但死者却穿了朝服，这是为什么呢？下人告诉李郅，康广达有一个专门存放贿赂的秘密库房，今天早上发现虚掩着，经过查看，发现珠宝没有少，唯独少了三幅陆探微的画，那是康广达的珍爱。

萨摩硬拉着宁采臣去看康广达的尸体，宁采臣回来后就开始高烧。原来，萨摩在怀疑，宁采臣就是凶手，四娘便派人在书生房外守着。刘弘基没有上早朝，李郅便来到兰若寺拜访。刘弘基见到李郅后，连马都没有下，萨摩注意到他的腿上渗出血迹，看来他不是因为骄傲，而是受了伤不能下马。萨摩认为，无头尸体虽然死在了康广达的房间里，但一个官员必定养尊处优，怎么会被虫子叮的满身伤痕呢？所以，尸体不是康广达，而那消失的画，是康广达自己偷偷拿走的。

可是，又有噩耗传来，康广达也和姜振一样死在了河边。紫苏回忆前来，16年前，姜振和康广达护送一队胡姬，然而这队胡姬半途逃亡了，萨摩正在冥思苦想，黄三炮突然告诉大家，宁采臣自首了。萨摩赶到大理寺，称宁采臣并不是凶手。原来，凶手其实是一个从未露面的神秘女子——小倩，而宁采臣喜欢小倩，所以为她顶罪。

小倩走进大理寺，承认了一切罪责，她就是当年胡姬的后代，所以她杀人的目的就是为母报仇。当年，姜振、康广达、刘弘基为了一己私欲，把胡姬偷藏了起来，转移到兰若寺，当兰若寺发生火灾时，三人并没有施救，而是扬长而去，他们不知道，胡姬的后代小倩活了下来，一直蓄谋复仇。刘弘基这时闯入大殿，想拿下小倩，小倩飞身上去想刺死刘弘基，却被侍卫乱箭射死，只剩宁采臣嚎啕大哭，而刘弘基后来则离开了长安。

李郅带领大家意外发现了一处幽深的秦朝古墓，这古墓看起来从未被人开启过，几人便想走进去一探究竟，李郅带头在前面走，几人来到一处别有洞天的地方，里面的棺材里赫然躺着一具怀胎的千年女尸，更令人毛骨悚然的是，这女尸腹中的婴儿竟然在此时降生了！

从此之后，鬼魅附体在千年女尸身上的谣言就在长安城内传开了，可公孙四娘不怕这些，她坚持收养了婴儿，对婴儿百般怜爱。黄三炮注视着婴儿，觉得这孩子是在地下吸收精华，才得以活下来。双叶认为这是绝对可能的事情，她决定向自己的师父求助。这时，刑部郎中萧松远派人来向李郅问好，据说这个萧松远很是神通广大，曾经办了几个棘手的发冢案，还抓了一大批惯犯，这才得以在刑部高升。

李郅对这案子很头疼，便拉上萨摩多罗一起帮忙。黄三炮来禀报，有人偷偷潜入过古墓，动了里面的东西，当务之急，是赶紧找到这个闯入者。经过一番调查，大家找到了潜入古墓盗取铜瓶的萧海坤，他在销赃时被捕，萧海坤声称，其实在大理寺进入古墓之前，早已有人进去过，而且墓中真正有价值的东西早就被丁家人拿走了，因为他们家是摸金大户，能够打开古墓，又将古墓复原，只有他们能做到。

刑部郎中萧松远毛遂自荐，准备替李郅分忧，一起协助查案。于是，李郅欣然答应，让萧松远提审萧海坤。而当萧海坤见到萧松远后，神色变得轻松，原来，他们两人是叔侄关系。萧海坤理直气壮，他认为自己没有钱可以度日，所以只能去盗墓讨些生计，还让侄子赶紧救自己出去，否则就把侄子和丁桡之间的秘密公布出去。萧松远很气愤，自己的父亲曾经立下过规矩，萧家人不得再盗墓，这规矩是不能破坏的。

丁桡是丁家的新任掌门，是一个三十岁左右的女子，可是最近消失无踪了。紫苏查到，之前萧家和丁家曾一同发冢，形影不离，直到有一次，丁家鬼迷心窍想私吞赃物，不惜出卖了萧家，萧家被抓了很多人，从此推出江湖，与丁家一刀两断。这时又传来消息，昨晚丁宅起了大火，一家人非死即伤。

李郅故意放了萧海坤，他前脚刚出监狱，就马上来到萧松远家里，对其勒索，李郅偷偷躲在窗外，听见了他们的谈话，于是，李郅闯入房间内，萧松远坦白道，盗墓之事与自己毫无瓜葛，可七叔却违背古训去盗墓。

谭双叶的师父验尸解开千年女尸的谜团，有人在尸体上做了手脚，其实婴儿出生前，这女尸才死了不到一个时辰。萨摩认为，真正杀丁桡的凶手，其实大家早已见过。大理寺准备上演一出装鬼的好戏，引凶手出洞。原来，古墓里面的女尸就是丁桡，萧松远与她是一对恋人，但因为家族之间水火不容，二人的恋情被丁桡的大伯丁梁海阻挠，便把怀有身孕的丁桡关起来。丁桡好不容易逃出来，拉着萧松远进入古墓，只要把里面的玉玺交给丁梁海，他就不会再阻挠这段恋情。可是没想到，当丁桡拿起玉玺后，就口吐鲜血，而墓门也将缓缓关上，丁桡死在里面，萧松远含泪离开，他为了报仇，一把火烧了丁家。

四娘的凡舍发生一桩可怕的命案，死者是一个男人，他的面皮被人残忍揭去。禁军前来督查，怀疑四娘开的店是黑店，这时，双叶过来解了围，李郅也前来寻找萨摩，称三品大夫的独女阿兰失踪了，需要赶快寻找，大家注意到，与失去脸皮的死者同居一室的女子竟也叫阿兰，这真的会是巧合吗？

阿兰已经失踪两天了，她与大名鼎鼎的闻家公子闻励定有亲事，不料阿兰却在婚前失踪。三品大夫平时为人耿直，怀疑女儿被绑架了，但无论如何，也总该有个动静，而且阿兰温良贤淑，绝不会是招蜂引蝶的女子。萨摩要来了阿兰的画像，交给四娘仔细端详，四娘认真辨认后，断定当晚在自己店里入住的就是阿兰。李郅认为，阿兰很有可能为了逃避婚事，故意把未婚夫约出来，再蓄意谋杀。但是，一个出身名门的大小姐怎会下手如此狠辣呢？

李郅一行人拜访闻家，闻夫人尔朱离是位金发碧眼的外邦人，他们看见闻家二公子闻涵在家中大发脾气，随后，大家又找到了闻励，发现他活得好好的，并没有死。闻励还热情邀请大家参加自己明日的婚礼。双叶验尸发现死者双颊与颈部有麻药残留，说明凶手在动手前先用麻药，然后冰敷，再下刀，刀法稳准狠，长安城内，几乎没有人能完成这种刀法。调查组意外得知，闻家二公子闻涵也喜欢阿兰，而阿兰似乎也对闻涵有情意。

大婚前夜，失踪许久的阿兰突然归家，闻家与唐大夫家的婚礼照常举行，可是，婚礼当天却传来闻家二公子闻涵的死讯，只见二公子的马如同发疯一般，拖着一个人在地上前行，那人的脸皮也被剥走了。萨摩认为，这不是闻涵，真正的闻涵，早已死在凡舍了，之前见到的闻涵二公子，不过是个假冒的罢了。

另一边的新婚洞房里，闻励温柔地想要掀开阿兰的头纱，阿兰给闻励倒了茶，自己也喝了一杯，可是两人都晕过去了，双叶及时解救了他们，原来，婚礼上的阿兰是奴婢绿桃假冒的。这场画皮大戏的幕后元凶是闻夫人尔朱离。绿桃喜欢闻涵，可闻涵心里只有阿兰，于是，尔朱离杀了阿兰，再撺掇绿桃换成阿兰的脸，约闻涵到凡舍一起私奔，可闻涵看出了破绽，绿桃失手杀了他，尔朱离设计剥下二公子的脸皮，找书童冒充二公子，之后又杀了书童。而尔朱离的动机，就是她和闻励曾经有私情，不料闻励却移情别恋，爱上了阿兰，尔朱离因爱生恨，痛下杀手。