杜仲肯定光绪死於砒霜，各人提出杀光绪的可疑人，当中载灃曾被光绪揭穿对君主立宪阳奉阴违，而玉贵则是推珍妃下井的真兇。玉贵所作所為令光绪怒不可遏，到颐和园对他拳打脚踢，弄致头破血流，幸得慈禧制止。光绪更认為是慈禧命玉贵杀害珍妃，激动之下吐血晕倒。载灃除了故意供出玉贵杀害珍妃外，更曾在光绪病后与小林子一同带药给光绪服食。杜仲觉得玉贵和载灃均有可疑，决兵分两路调查。

载灃连英藏有砒霜

隆裕、瑾妃在御花园陪伴溥仪玩耍，瑜贵妃带来糕点讨好溥仪，瑜贵妃得意地向皇后和瑾妃炫耀她与载灃感情深厚，并於溥仪登基后扶助他两父子。载灃听到瑜贵妃这番说话后甚為不满，约见瑜贵妃表明与她划清界线，话未说完便给她掌摑，二人恩情烟消云散。

涴佳等人质问玉贵毒害光绪一事，玉贵断言否认，但他透露曾偷听到慈禧吩咐连英下毒，怀疑是连英所為。涴佳转变追查目标，果然见连英鬼祟地将砒霜埋入泥土。杜仲与伏苓追查载灃，房外的幼兰听到光绪被毒杀，心中惶恐，因為她曾发现载灃藏有老鼠药，她更在房中找到一小布袋，袋中确有毒药。

载灃世凯涉嫌杀光绪

载灃向幼兰承认袋中确是砒霜，為免瓜田李下，才将砒霜收起，幼兰明白事态严重，答应绝口不提。连英被葛根打晕后送到光绪寝宫里，醒来时见光绪身影闪过，并扬言要连英填命，连英吓得连忙解释砒霜是用来毒杀慈禧爱犬，他反指光绪身边两个太监嫌疑最大，其中小林子好赌成性，可能被收买杀害光绪。

小蔡子谓小林子失踪前突然还清欠债，银票是来自世凯。杜仲追问世凯，他只坦言小林子曾向他借钱。世凯到树林找出小林子尸体，正想搜身时，杜仲追踪而至，世凯悻悻然离开。杜仲检查尸体时，伏苓发现小林子手中握着鼻烟壶，葛根认出是载灃的物件。

光绪死在伏苓怀中

载灃否认杀死小林子，但直认曾收买小林子提供光绪消息，认為是世凯刻意诬陷。涴佳发现幼兰手指溃烂，杜仲怀疑幼兰手指中砒霜毒，伏苓欲调查幼兰，杜仲反质问她為何插赃嫁媧载灃。原来他第一眼见小林子尸体时，其手上并无鼻烟壶，直至世凯离开后，小林子才手握鼻烟壶。杜仲直指伏苓有意离间载灃和世凯，更掩饰杀害光绪的真兇。伏苓否认，指她潜入寝宫时光绪已毒发倒在地上，还误会她是珍妃，在她怀中死去。她将光绪安放床上便离去，却想不到慈禧命杜仲追查光绪死因……

杜仲用银针為光绪验尸，证实光绪死於砒霜中毒，同时发现光绪左手手指溃烂，认定他曾接触过砒霜，而其右手却沾有墨跡。杜仲回想起他返回瀛台了解光绪驾崩之事，除发现光绪口中有异味，书枱上还有毛笔和墨砚，而且墨汁仍未乾涸，故肯定光绪死前曾写下遗书。载灃提醒杜仲只有一天时间查出死因，否则人头不保，伏苓知道后心感不安。杜仲返回寝宫，猜想光绪死前一刻曾做过的事。

伏苓交出光绪遗书

慈禧向外公布光绪因病驾崩，伏苓劝杜仲勿介怀他的死因。杜仲不认同，并要為光绪伸冤。伏苓走到密室撬开一块砖头，取出光绪的遗书，原来当日伏苓安置好光绪遗体后发现遗书，便将它收藏起来。她一方面想将遗书交给杜仲以救他一命，同时又怕此举出卖组织，内心矛盾。

杜仲如实告知慈禧光绪是服毒自尽，又感慨皇帝是被身边的人活活逼死。慈禧不相信更反斥责光绪，杜仲从衣袖里取出光绪遗书。原来杜仲入宫面见慈禧时伏苓把遗书交给他，伏苓希望慈禧对杜仲网开一面。慈禧读毕遗书后，伤心欲绝。

杜仲伏苓各奔前程

伏苓安排葛根接莲子和百合到渡头，又催促杜仲离开紫禁城，因為杜仲知道朝廷太多秘密，载灃绝不会放过他。杜仲离开前仍关心伏苓，伏苓却要留下继续革命事业，杜仲依依不捨离开。慈禧亦於光绪宣布驾崩后翌日归天，溥仪登基，载灃得偿所愿成為摄政王。

清朝积弱，载灃无力挽救，他原打算与世凯联手对付革命党，但世凯见将有机会成為大总统，早已不放载灃在眼内，明言只要溥仪退位，他们仍可继续居於紫禁城。宣统三年，清朝终划上句号。直至一九一五年，世凯称帝，锡庚成為京城坊间医师，以仁心仁术医治平民百姓，他内心却仍掛念杜仲。

杜仲伏苓乱世相遇

在南方城镇一处医疗站，杜仲忙碌救治伤兵，分身不暇。此时伏苓扶着葛根到医疗站治伤，但见护士忙於照顾病人，伏苓便自行找药為葛根治伤，时穿着护士袍的涴佳经过，更与葛根相认，伏苓和杜仲也在同一时间相遇。四人聚旧，伏苓和葛根仍為革命奔波，涴佳则跟杜仲参与医疗工作。伏苓从葛根手上得到杜仲地址，来到门前见杜仲為小女孩敷药，以為小女孩正是杜仲女儿，后来才知误会一场。百合亦於半年前甦醒，除了记得自己是杜仲妻子外，其他事情一概忘记得一乾二净……