杜仲赶往瀛台，為已奄奄一息的光绪皇帝把脉并好言安慰光绪。御医张正元反对杜仲开的药药性太猛，不适宜虚弱的光绪服用。他不理眾人反对，自己煎药，当他折返光绪寝宫，已见隆裕、瑾妃、载灃跪在床前痛哭，晴天霹靂光绪已驾崩。杜仲怀疑光绪死於砒霜毒，慈禧允许杜仲一天时间查出光绪死因。杜仲回到寝宫，已被清洁得乾净，却在椅脚下发现一个相识的玉珮。

伏苓寧死不嫁杜仲

追溯十年前，拿着玉珮的伏苓从外地回到家乡，她却在多年前闹出过一件轰天动地的大事。伏苓原本已有心上人佘鸿儒，奈何要嫁给杜仲為妾，鸿儒在她成亲之日带她出走，却给杜仲亲友撞破，被捉至厅前公审。伏苓不畏浸猪笼承认与鸿儒相爱，扬言比嫁给杜仲為妾更幸福。杜仲被伏苓激发，借意喝骂伏苓，驱逐他们离开家乡，伏苓诧异。

来到存仁馆，伏苓眼见跌打馆变成赌坊，师弟葛根被师兄童铁骨打骂，伏苓赶走赌客，铁骨伸手打她时被葛根一手挡开至脱骹。伏苓跟葛根回家见嫲嫲戴娣和姑母伏明珠，明珠要伏苓赎回存仁馆，屋契则仍在「那人」手上，伏苓闻言面有难色。她躲在暗角监视杜府，并见杜仲出诊时走入J院。

世凯邀请杜仲出诊

伏苓偷入杜府书房寻找屋契，期间不慎打翻香炉，惊动身处卧房的杜夫人百合，伏苓急忙逃去。百合不慎跌倒，伏苓於心不忍救出百合，方知她不良於行。百合谓自小患过大病，自此双脚不能走动。杜仲回来似乎不认得伏苓。伏苓认為杜仲好色，庆幸没有嫁入杜家。

杜仲本為良济赞堂名医，求诊病人不计其数。一天，两名大汉奉袁世凯之命找他出诊，杜仲到袁府时见到两名面带瘀伤的医师，杜仲為世凯爱妾把脉，认定她并非怀孕而是体内积存血块，开了一剂「滑胎药」服用，世凯不信。

杜仲交还伏苓屋契

世凯爱妾果然药到病除，世凯重赏杜仲却被婉拒，同时对於杜仲不畏威名而留下好印象。伏苓知道存仁馆要改為J院，唯有再次到访杜家，以替百合做蒸脚為由，再潜入书房偷屋契，岂料被杜仲捉个正着。其实杜仲早已认出伏苓，伏苓坦言要取回存仁馆屋契，事败后失望离去。眼见铁骨拆存仁馆，伏苓跟铁骨理论不得要领，戴娣拿着屋契到来，铁骨无奈交回存仁馆。伏苓质问杜仲有何居心，杜仲向她提出每日上门為百合按摩和蒸脚作為条件，伏苓答应。

世凯使人送来轮椅赠百合，更有意罗致杜仲担任其新军军医，杜仲推辞。杜仲到教堂与泰来神父交流医术，神父请他為一位李姓好友医治咳嗽。杜仲為他把脉后，始道出其病因并对症下药。

存仁馆重新开张，伏苓和葛根戮力推销秘製药丸和药酒，可惜无人问津。同时，债主到来追收铁骨早前购入名贵药材的欠款。伏苓為欠债伤透脑筋，葛根称愿意打擂台赚钱还债，可是葛根在开赛后不足三分鐘就被俄国大力士打至重伤。

慈禧手脚无故瘀伤

葛根重伤倒地，伏苓喝停后即喂他服用「还魂丹」药丸，葛根吐出一口瘀血后回復气力，自行走下擂台。伏苓為葛根治伤时再遇债主临门，俄国大力士和擂台主持打算向伏苓购入大批「还魂丹」，债主亦称愿意与伏苓合作赚钱，存仁馆得以暂时解困。杜仲看过曾医治咳嗽患者的名帖后，始得悉李姓友人正是李鸿章，鸿章讚赏杜仲医术，并邀他為一位「贵人」治怪病。

杜仲来到颐和园乐寿堂后似有所悟，如他所料患者正是慈禧太后，并发现她的手脚出现无名瘀伤。杜仲细心检查太后身体以及留意房中摆设，认為慈禧所患的怪病全因邪风入侵所致，要除去怪病，须连续作法七天及服药七日，自然药到病除。

慈禧梦行症发作

杜仲跟任锡庚到值班室，忽闻乌鸦凄厉叫声，才知道牠们在宫中吃饱饲料便会飞走。翌日慈禧质问杜仲她的手脚仍有瘀伤，杜仲指出瘀伤再现乃是体内邪气迫出所致，他為慈禧检查脚部，却发现慈禧脚有伤痕，但袜子却乾净如新。他跟随涴佳格格到杂物房找寻慈禧的旧袜子，但见袜子上染有血跡和黏有乌鸦粪便。他们再到颐和园的索伦桿，又发现有不少雀粪和饲料残渣。至半夜时，杜仲在慈禧寝宫外发出乌鸦叫声，不久连英和玉贵伴着只穿睡衣的慈禧外出，慈禧边行边跌跌撞撞，来到索伦桿前，慈禧双手做出挖掘动作，似乎找到东西，慈禧双手捧着返回寝宫，杜仲认定慈禧患梦行症。

杜仲治愈慈禧心病

杜仲已想好法子治慈禧梦行症，这日他陪伴慈禧到花园散步，涴佳和幼兰同在身旁，涴佳发现假山内有一个人形布偶，布偶背后写着慈禧姓氏，看来是对慈禧施了厌胜术，杜仲建议将布偶烧毁，诅咒便化為灰烬，慈禧的脸露宽容，她明白是杜仲治好她的心病。杜仲借机向慈禧道出只有亲情永留心中，慈禧似有所悟。慈禧到瀛台送光绪一瓶补药，岂料光绪竟对慈禧囚禁珍妃表示不理解，惹得慈禧不满，拂袖而去。

杜仲从外归来，百合向杜仲追问為哪位贵人治病，杜仲三缄其口。杜仲姑母杜秋萍担心无子嗣，得知百合不反对杜仲纳妾，遂带少女金花到药店给杜仲相亲。杜仲在翻阅医书之际似有发现，竟要秋萍带金花再见他但不许她化妆。百合向伏苓倾诉杜仲纳妾，伏苓替百合不值。

秋萍带金花到酒楼与杜仲相见。伏苓冤家路窄遇着铁骨，為避开铁骨寻仇遂走进酒楼其中一厢房躲藏，却见杜仲、秋萍和金花正坐著，伏苓说代百合而来。伏苓向金花进言，遭杜仲驱赶离去。

光绪观戏珍妃滑胎

杜仲向百合道出再见金花是為其看病，发现她因為过於浓妆艷抹以致皮肤中汞毒。慈禧供奉文殊菩萨，在颐和园搭建戏棚，属意端郡王载漪与子溥儁陪同观戏。隆裕与慧贵妃、瑾妃求光绪出席，光绪為求早日与珍妃相见答允出席。岂料隆裕所选两齣剧目掀动光绪反叛之心，决不亲选剧目以令慈禧难堪。

慈禧找溥儁挑选，直到礼佛仪式开始，慈禧要光绪返回瀛台静养，隆裕等人愕然。在北三所小房子里，珍妃求送饭菜的余嬤嬤下次带开胃酸菜，余嬤嬤离开时看到珍妃作呕状，起了疑心。在北三所，珍妃睡不安寧并感到腹中不适，其后更发现满手是血。

杜仲被荐入太医院

慈禧知道珍妃滑胎大為震怒，以為是珍妃与她作对才隐瞒怀孕之事，涴佳推荐杜仲入太医院。杜仲送了多种名贵食材到存仁馆，拜託伏苓以后多加照顾百合。多位御医见杜仲被慈禧赐封為御医，妒忌之餘又担心自己地位不保。锡庚介绍太医院运作，怀安交出奇难杂症予杜仲跟进。

荣亲王女儿昇平格格，因為对药物敏感而不能服药，杜仲使用蒸气令格格吸入药气，果然药到病除。成亲王福晋诞下小贝勒，其舌头伸出后无法缩回口腔内，杜仲在福晋背后拿起花瓶并用力摔地上，发出砰然巨响，福晋大骂同时小贝勒舌头已缩回口腔内。

杜仲治愈珍妃心病

锡庚带杜仲到珍妃住所却被珍妃追逐棒打，涴佳劝止。涴佳谓珍妃自滑胎后，忆子成疾，精神恍惚。杜仲认為除服用养心安神药，还须医治心病，让她安葬死胎才是解决办法。杜仲和锡庚為珍妃申请死胎，宗人府和太医院互相推卸，杜仲只好以偷窃死胎交予珍妃安葬。慈禧召见各大臣商讨溥儁登基之事，眾认為应三思而行，慈禧唯有搁置登基之事。载漪不忿，世凯进言称要赢必先要有实力，载漪闻言似有对策……