参寥再次到劝说仁惠堂劝说曲贵年降低药材价格,又被家丁轰出。苏轼大怒,立即张贴告示于杭州城内各处,勒令杭州城各大药店立即降价售药,违者封店,充其药材为官家药库。苏轼与曲贵年激烈辩论。不料王觌也在这里,阻挠封店。还威胁要以损害市易、欺市扰行、与民争利之罪参劾苏轼。曲贵年公子曲钱也染上了瘟疫,呻吟不止。服药无效,不得已只好去安乐坊抓药。不料安乐坊对百姓几乎免费,唯独对曲贵年要价昂贵,且一涨再涨。曲贵年为医好儿子的病,只得忍气吞声。杨世昌查明,此次瘟疫起于饮水。这引起了苏轼治理水源的想法。安乐坊病房。参寥夙夜操劳,又在疫地饮水吃饭,不幸染疾去世。苏轼泪下如流霰。
绸绢商颜益、颜章兄弟倚仗王觌之势,给绸绢糊药,以次充好。苏轼命令全部没收,课以重罚。苏轼以摇动长吏,胁制监官之罪判颜氏兄弟刺配本州牢城,并罚王觌交出收受颜氏兄弟的贿赂用于治理西湖。刘挚企图阻挠苏轼疏浚西湖,被太皇太后否决。而刘挚提出的改开黄河方案却被范纯仁上奏劝阻,太皇太后下令停止。西湖疏浚清淤完工,苏堤建成。苏堤春晓,称为西湖十景之一。吕大防和刘挚为开脱为相不公道之名,启奏太皇太后召回一些被贬在外的熙丰党人,以为自己所用。却因苏辙反对而未果。刘挚、王岩叟利用章惇生性好斗、睚眦必报的性格,以苏辙反对召回熙丰党人的言论挑拨章惇与苏轼的关系,并派王觌操办此事。章惇果然中计,把国家政事岂能和私人交情缠在了一起,不顾多年情谊和苏轼的劝说与苏轼一刀两断。太皇太后发旨,擢升刘挚、王岩叟等人官职,以苏辙为尚书右丞,苏轼改翰林学士承旨,并令苏轼重回京师。公元1091年,苏东坡离开杭州,返回京师。
西夏大举进攻西北边境,众大臣噤若寒蝉,无人敢带兵抗敌。太皇太后宣苏轼火速晋京,任兵部尚书。并赐以尚方宝剑,号令三军。众人言战言和,各持己见,莫衷一是。苏轼决心用兵,禁止妄议边事,并与西北边将高永亨制定方略。一面命令环州太守固守城池,一面命令折可适插入敌后,拆毁路桥,填埋水井,袭其粮草,拖延时日;待西夏军撤退时再率轻骑火攻其粮草,截杀敌军。西夏攻打环州不下,偷袭庆州未果。又遭宋军多次袭扰,粮饷,水源不敷使用,已成疲兵。梁太后不得已下令撤兵。对西夏的自卫战争胜利了,巢谷却陷入重围,血染沙场,临终前嘱托将自己葬在密州。苏轼悲痛交加。延和殿。太皇太后论功行赏,着有司重赏苏轼、章粢、折可适等有功将士,巢谷已死,封义勇真人,并拒绝了苏轼外任的请求。