在遥远的宇宙深渊，人类银河同盟赌上物种存续，与异形宇宙生命体群西迪亚斯持续着无止尽的战斗。人类银河同盟的士兵莱德在撤退时，被卷入空间跳跃意外。虽然他的长官古格尔中校试图支援，莱德还是和他搭乘的人型机动兵器Chamber一起落入扭曲的空间。当莱德再度清醒时，Chamber正躺在陌生的机库中。陷入紧急状态的莱德进行了半年的冷冻睡眠，直到Chamber接收到外部刺激才将他唤醒。围绕在四周的是讲着未知原始语言的不明人物。迷失所在位置、求救讯号也无人回应，完全不知该怎么办。认为自己孤身漂流到低度文明边境行星的莱德，趁着没有人的时候，为了回归战线而展开行动。他踏出Chamber的驾驶舱，眼前却出现一名少女。这时莱德决定……

太阳系第三行星?地球。眼前是一望无际的大海。莱德惊讶地发现，自己漂流到的行星是被认定已灭亡的地球。他被在海上行动的加尔冈缇亚船团人员包围。莱德透过Chamber的翻译机能提问，船团长辅佐官莉婕特则试图与他对话，但是彼此的对话缺乏共识，紧张感不断升高。加尔冈缇亚这方主张把莱德扔进海里的皮尼欧、想要回收利用Chamber的贝萝丝，还有船团长斐尔洛克意见分歧。差点被莱德当成人质的艾咪表示驾驶员只是受惊，并没有敌意，但是没有被争论的众人听进去。艾咪的弟弟贝贝尔则是认为，对方可能是很久以前去了宇宙的人类子孙。莱德开始考虑暂缓回归战线的行动，和居民再次接触看看。这时他面前出现了使者，那是一度被当成人质的少女艾咪。

莱德与Chamber靠着强大的力量，解救了贝萝丝遭海盗攻击的打捞船团。可是这种歼灭海盗的行动，反而让加尔刚蒂亚船团大为惊骇。因为一旦同伴被杀，海盗必定会来报复。船团长斐尔洛克等人决定暂缓讨论该如何处置拥有过人强力的莱德与Chamber，以探查海盗的动向为优先。艾咪前去向被卷进纷争的莱德与Chamber道歉。接著贝萝丝也前来告诉莱德在海上生活的人彼此战斗的意义，还有海盗的生存方式和船团生存方式的差异。贝萝丝讲的话，让只知与黑迪亚斯战斗的莱德心里大为动摇。这时艾咪提议要莱德暂时留在加尔刚蒂亚。同一时间，失了面子的女海盗娜凯姬决定报复加尔刚蒂亚。发现近海附近所有海盗都集结而来的加尔刚蒂亚开始紧张戒备。