小毛子从牢狱逃脱。孝庄皇太后厉责康熙,要他振作起来,杨起隆乱党闯入宫内,宫内太监造反,与朝廷将士激战,威胁康熙与孝庄皇太后的安全。索额图请求康熙与孝庄皇太后暂避,孝庄皇太后临危不乱,声称平三藩是她的旨意,康熙只是遵旨行事,只要君臣同心,清廷必将永远不败。朝廷官兵与杨起隆乱党展开激战,乱党不敌,杨起隆欲自尽,被下属劝阻逃走。吴应熊被押到孝庄皇太后处,孝庄说他有罪但没有错。索额图收留一孤女,给她取名红玉,藏匿家中。
周培公与副将图海率军势如破竹,很快灭了察哈尔王叛军。解除朝廷危机后,又挥师西南直逼吴三桂叛军。羁留京中的王辅臣儿子王吉贞,带着康熙亲笔御信,火速面见王辅臣。康熙在信中恩威并施,并表明必胜吴三桂的信心,但王辅臣仍持观望态度。原先以为王吉贞被朝廷大炮轰死的王辅臣,见儿子平安归来,终于投向朝廷阵营。康熙见王辅臣归顺大喜,但明珠提出应节制周培公。周培公率军南下,吴三桂屡遭重创。吴三桂登基称皇,企图鼓舞士气。京城来旨,调周培公回京,把最后取胜吴三桂的机遇让给图海。经过五年奋战,康熙终于平定“三藩”。
康熙接到福建军情危急汇报,心中十分忧虑。康熙与病危的周培公相见。康熙向周培公坦言把他贬到盛京缘由,并说这次出巡的目的之一是为了安抚蒙古各族首领,同时,想重用周培公攻打台湾。周培公称病重,向康熙推荐了姚启圣。康熙御览周培公积十年之功绘就的中华全图,十分激动。周培公向康熙陈述葛尔丹之隐患,不久离开人世,康熙为周培公亡灵守夜。朝政之上,康熙要求商议台湾问题,群臣意见分歧,索额图陈述姚启圣官越做越小的原因。康熙派太监寻找姚启圣。姚启圣与太监发生争执受辱,而又依理鞭打太监。