唐太宗发现高士廉装木牌的盒中空空如也，面上却没有半分异样为他换了玉牌。云烨和李安澜等在宫门口，发现其余三人都回了家，唯独高士廉没有出宫，心中认定他便是那个幕后凶手。唐太宗问高士廉可知为何自己要他们带令牌入宫，高士廉无奈道自己不知，但今日家中遭贼，偏偏丢了令牌，他心中有些猜测却也不敢肯定。

唐太宗不相信高士廉的一面之词，直接告诉他云烨是他派去查探安阳遇害真相的人，而那枚烧焦的令牌就是罪证。高士廉还以为唐太宗时因为当年玄武门之变自己的背叛耿耿于怀，只好将当年发生的事又解释了一遍。当年秦王被困于西内苑，高士廉以为此次兵变要失败，为了高家与长孙家的安危，他主动到李渊的寝宫，告诉他现在三位皇子在玄武门激战，恳请他立皇孙李承乾为新君，这样才能保住三位皇子的子嗣。李渊自然不肯，就当高士廉要以下犯上时，侍卫来报秦王已将作乱的太子与齐王诛杀。唐太宗不明白高士廉为何会在最后关头动摇，高士廉无奈道当时如果太子成功，他只有立保李承乾，才能保住族人的性命。

这些年，高士廉自降官职，远离朝堂，都是在为当年的不坚定赎罪。唐太宗见他言辞恳切，敬重他的为人，将有人持烧焦令牌蛊惑安阳刺父之事告诉了他，高士廉果然心惊，如果云烨所言属实，这背后之人一定在他们四人之中，唐太宗决定暂时将高士廉软禁在宫中，一来让幕后黑手放松警惕，二来也是为了保护高士廉的安全。

高士廉的侍卫一直没有等到他归来，决定按计划除掉侯小妹。太子与太子妃正在宫中闲话，一名侍从突然急匆匆闯入，原来是侯小妹一直吵着要见太子，太子只好以户部有事为由赶了过去。侯小妹正在屋内又吵又闹，两名黑衣刺客突然闯入，侯小妹匆匆逃跑却还是被刺，太子赶来正好将这一幕看在眼里。他愤怒之下杀掉一名刺客，另一名刺客只好承认他们是申国公的侍卫，国公担心这个女人毁了他的大业才派他们前来，太子心中一惊，当即了结了那人。

唐太宗正在担心如何应对云烨的追问，內侍却突然传来消息说太上皇恐怕不好了。另一边，李承乾抱着侯小妹匆匆赶到孙思邈的医庐，侯小妹伤势严重，尤其出血不止，孙思邈竭尽全力止了血却还是不乐观，如果能熬过今晚，便能活过来。太子将侯小妹寄放在医庐休养，这时，內侍却匆匆赶来宣孙思邈进宫为太上皇看诊。

弥留之际，太上皇混沌间将李世民当成了李建成，反复交代他登基后要给弟弟一条活路。李世民终于明白父亲心底还是惦念着他，只不过这份亲情在皇家实在太过渺小。云烨听到消息匆匆赶到宫里，悄声告诉太上皇安澜还活着的消息，太上皇却微不可见地对他摇了摇头，最终，还是离开了人世。李承乾因为侯小妹之事耽误，竟然没能见到太上皇最后一面。李安澜乔装成侍女想要再见太上皇一面，云烨只好告诉她一切已经来不及了。

辛月到药庐，发现了重伤在床的侯小妹，她已经从孙神医那里知道她曾经早产的消息。恰好侯小妹这时醒来了，她告诉辛月她决定等天亮，她就进宫将一切告诉皇上，得到自己应得的一切。辛月闻言劝侯小妹不能如此自私，否则会毁了李承乾，侯小妹已经疯魔了，哪怕伤害李承乾，她也一定要留在他身边，而且她确信李承乾心中是有她的。辛月看着侯小妹对着李承乾送她的镯子一脸深情地样子，心中说不清是痛是恨，一时间竟然恍神了，唯有眼泪不值钱般接连掉落。不知出于何种心思，一向善良的辛月却没有将侯小妹救命的药端给她，而是放在桌上，侯小妹挣扎着下床想去拿，最终无力吐血而亡。

王孚深夜找到瞎眼老娘，将侯君集那块烧焦过的令牌托付给她保管，老太太当着他的面，将令牌藏在了佛像下的机关里。侯君集去看望侯小妹，得知她已经一整天没有厨房，心生疑窦，闯入房间才看到春桃躺在床上。侯君集雷霆大怒，只好悄悄派人出府暗中寻找侯小妹。

李承乾来到药庐，得知侯小妹不治身亡的消息，他心中虽然遗憾却并不痛苦，只是怜惜她一片痴情。辛月突然出现连声向李承乾道歉，承认是自己没有及时给侯小妹喂药。两人到郊外竹林将侯小妹下葬，李承乾向辛月解释自己是喝醉酒才会酿成大错，但他不明白辛月为何要杀了侯小妹，辛月只好解释侯小妹醒后扬言要将一切告诉陛下，当时的她已经状若疯癫，她只能在两人之中选择李承乾，不能让她毁了他。自从爱上李承乾那一刻起，她就已经走上了一条不归路，李承乾知道她心中的苦楚，承诺她将是自己今后唯一的女人。

太上皇李渊去世，举朝戴孝为其送行，就连远在边疆的魏王也赶了回来。送葬后，云烨问侯君集是否知道申国公被皇上软禁之事，话里话外打听如果申国公得罪了圣上，是否会受到处置。侯君集心知肚明，故意道申国公虽然隐退但在朝中威望犹存，就连圣上也让他三分。果然，云烨听了此言心中闷闷不乐，恐怕唐太宗知道申国公是幕后黑手，也会包庇于他。

侯君集向李承乾打听侯小妹的下落，侯小妹已经失踪几日，她的身体还未康复，侯君集遍寻无果实在担心。李承乾隐瞒了侯小妹的死讯，还主动要求帮忙寻找小妹，侯君集果然并未起疑。李承乾又谈起申国公被软禁一事，他担心是有人在蓄意谋害长孙家，他提出让侯君集提前起事，否则怕被对手捷足先登。侯君集认为现在并不是起事的最好时机，贸然行事恐怕会掉入对方陷阱，李承乾果然被他说服了。李承乾离开后，侯君集再次审问侯小妹的贴身婢女春桃，春桃终于道出小妹是去见太子了，宫中守卫森严，寻常人如何能够进入，侯君集又急又气一掌掐死了春桃，他派王孚去探查太子的行踪，担心此事会影响到他们的大计。

李泰从前线赶回参加太上皇葬礼，还带来了最新的战况。如今突厥军队围城死守，并与关隘天险之地建筑堡垒，大唐军队久攻不下，伤亡惨重。而且眼下北境寒冬将至，战士们不耐寒冷，如果不能在冬季来临之前攻下城池，恐怕这场战斗大唐军队胜算渺茫。李承乾主动请缨带兵赶往前线支援，唐太宗并不希望他接触军队，而是让他着重做好分内之事。唐太宗想派荆州刺史常何带兵支援，命李泰养好伤后继续前往前线，云烨下朝后为李泰出主意攻克突厥堡垒，李承乾见两人亲近心中十分不悦。

云烨让李安澜召集墨家人，他想到新办法，想利用在宫中制造攻城利器接触高士廉。这一日，云烨准备了一口大鼎，主动为唐太宗和魏王演示炸药的威力，炸药炸响后，整个大鼎四分五裂，十分惊人，云烨这才说明他想到的攻城利器是火药，唐太宗见到如此利器心中惊喜万分，当即命令在宫中秘密开一座恪物院，让李泰和云烨加紧制作火药。

李承乾质问云烨为何要帮助李泰，云烨只好解释自己只是想立功，并非偏帮李泰。李承乾察觉云烨一定是有事情瞒着自己，他并非要追问他的私事，只是不想与他日后为敌。离开之时，李承乾写了张字条约见辛月，拜托她探查云烨到底在暗中帮李泰做些什么。

很快，恪物院召集了全城能工巧匠，其实那些都是墨家传人，墨家人对于未李家卖命十分不满，直到李安澜出现说明情况，他们才心甘情愿配合。云烨一边寻找被关禁闭的申国公，一边安抚墨家人，教导他们制作炸药。墨家族人大多性格古怪，因为云烨是朝廷命官，对他一直不假辞色。这日，工匠们在院子里玩魔方，大家轮流试了个遍也没法成功，云烨这时闪亮登场，手法熟练地将魔方迅速还原，赢得了众人的赞叹。

魔方之后，云烨又用美食赢得了墨家众人的尊重，李安澜也对他收买人心的速度赞叹不已。众人都在加紧赶制炸药，黄鼠却寻机挖了一条地洞逃之夭夭了，云烨得知后并不生气，反而高兴没花一分一毫，就得到了一条逃生通道。得了制造炸药的差事后，云烨一直睡在宫中，三四日才能回家一趟，云奶奶对此抱怨不已，辛月趁机提出想为云烨送饭，云烨拗不过云奶奶，只好答应了。辛月为云烨送饭，墨家人听到他已经成婚对他又开始爱答不理，辛月趁云烨不备投了一个炸药带给李承乾。

为了寻找被软禁的高士廉，云烨特意制作了一个望远镜，很快，他们发现太仓附近一个偏远的院子多了很多侍卫把守，认定那就是高士廉被关押的地方。李安澜想要假扮成內侍，趁偏殿侍卫换岗之时混进去行动，云烨认为混进去容易，难的是成事只好如何逃脱，虽然后黄鼠留下的地道，但一旦事发，周围必定会被立刻包围，很可能赶不到恪物院李安澜便被抓了，他决定利用炸药引发慌乱，然后再伺机逃跑。

李泰来恪物院督查炸药进度，得知目前只得了一百枚，他立即指责云烨进度实在太慢。云烨无奈道工匠有限，为了让唐太宗加派更多人力和物力，他提出做一次试爆演示，陛下看到威力必定龙颜大悦，到时再提出追加物资也就水到渠成了。魏王得知可以向陛下请功挣脸，立即答应了下来。太子从辛月那里得到一枚炸药后带到竹林点燃，炸药爆炸后发出耀眼火花，但威力并不明显，李承乾立即轻视道原来只是个爆竹。他当即决定让李泰继续研究下去，到时候攻城不利自然会被陛下怪罪。

唐太宗带上太子，邀请诸位武将一起去看炸药试爆。看到众人对李泰诸多夸赞，李承乾心中很不是滋味。次日，云烨带众工匠赶往试爆地点，路上却碰到了侯君集，得知不是侯君集负责布防，而是泾州刺史常何带兵负责，云烨十分惊讶，侯君集这才告诉他常何也是昔日玄武门的守将，虽远在泾州，却深得陛下信任。云烨急忙冲回恪物院，告诉李安澜布防的并不是侯君集，恐怕今日不能行动了。

云烨将十余枚炸药放在墙体下，让李泰用弓箭点燃。众目睽睽之下，炸药轰然炸裂，墙体炸的粉碎在空中飞溅，众人连忙大喊护驾。李泰也没有料想到炸药威力如此巨大，立刻向唐太宗请罪。唐太宗见了不惊反喜，对李泰大为赞赏，令他加派人马日夜赶制炸药，在一月之内赶制成功运往前线，李承乾不想见到李泰得意，提出炸药虽然威力巨大但十分危险，云烨连忙保证自己能够担保不发生事故，唐太宗思量之下，还是觉得将制造场所改到荒郊，云烨心有不甘，却只能答应了。

试爆后，李承乾又来找云烨，云烨知道他是担心李泰拿到炸药配方对他造成威胁，李承乾坦然承认，还让云烨将配方交给自己，云烨只好道自己造炸药是为了大唐，不是为了一己私利，李承乾见他坚持，气愤地离开了。

眼看制造坊就要搬出皇宫，李安澜担心出宫后再想刺杀高士廉就更难了，云烨不明白唐太宗将高士廉软禁在宫中是为什么，李安澜认为他是想要包庇高士廉，云烨却不这么认为，反而提出有可能高士廉并不是幕后凶手，但李安澜并不相信，还是坚持是唐太宗在包庇凶手。

唐太宗选择在京郊玉山制造炸药，并派常何带领四千精兵，一千入驻玉山确保炸药制造成功，另外三千秘密驻扎在京郊随时听候发落，以防宫中生变。云奶奶得知唐太宗让云烨到山沟里办公，还想让辛月继续送饭，云烨还是拿她没办法。

有一名墨家工匠在生产炸药时无意做出了哑弹，云烨不惊反喜，还让他继续制造更多哑弹。李泰又来催促云烨加快生产，云烨说自己想出新的法子增加炸药威力，缩短生产期，只是还没有想好怎么给它上安全栓。