弗斯科在爆炸中幸存下来，里瑟一伙前去医院探望他。根一直在试图寻找肖的消息，她请求“机器”给她提供帮助，“机器”却没有直接给她提供信息，而是指引根前往一家广播公司。该广播公司有一档名为《神秘传送》的节目，主持人麦克思专门与来电的观众分享他们遇见的那些超出人们理解范围的奇事。

在“机器”的帮助下，根伪装身份在广播公司给麦克思做搭档。根接到一位名叫沃伦的听众的来电，他点名要与麦克思通话，沃伦声称这世上存在思想控制波，人们正被这种声波控制着。根向麦克思打听沃伦，麦克思告诉根他发现声波中存在这某些特定的有规律的杂音，就像在传递某种信息一样，他让沃伦帮他调查。沃伦再次来电，称他正被控制着，一股莫名的力量正要他自杀。

根让里瑟去沃伦家中调查，里瑟赶到沃伦家，发现他已经死亡，但根那边与沃伦的通话却依然进行着！根意识到声波中的代码可能是“撒马利亚人”给组织特工发送指令的方式，而麦克思和沃伦打算公开他们的这一发现从而导致被灭口。根用同样的方式给肖发送了消息，而肖因为无数次的模拟已经渐渐分不清虚拟与现实了。

里瑟跟踪着“号码”孔——一名国际商人，他本应该坐飞机到伦敦，却在中途因身体不适来到了急诊室，医生诊断孔得了流感并给他注射抗病毒剂治疗他的病情。弗  斯科前往安全屋找卡尔寻求调查线索。孔在注射抗病毒剂后，死在了急诊室，医生们采取了紧急隔离措施，芬奇也赶来帮忙。

孔的血检结果显示他来急诊室前就已经感染了禽流感，在医生给他注射活性人流感病毒后两种病毒融合产生了一种高致命高传染性的新病毒！根通过调查发现给孔注射的那批抗病毒剂在运输的途中被更改线路运送到了一间实验室，显然是有人制造了这起疫情。根让“机器”分析了孔的血样，在运行了五万亿次后才模拟出杀死孔的那种病毒的染色体，而能拥有同样计  算能力的只有一位——“撒马利亚人”。

最后“机器”分析出了治疗疫情的抗体药剂阻止了病毒的蔓延，但疫情过后，疾病控制及预防中心建议所有人接受体检以便  政府确定谁需要注射疫苗，然而这一切都是“撒马利亚人”为了采集人们DNA的行为，一场阴谋似乎正在酝酿着…

特里?伊斯顿正在一家处理上亿资金账户的投资公司的门前图谋不轨，芬奇分析这家公司肯定有价值不菲的绝密信息，特里就是来偷这些信息的。里瑟跟随特里发现他手里竟然拿着炸弹，里瑟阻止了特里并将他带回警局调查。

特里似乎非常害怕但他不敢开口透露任何消息，芬奇从特里的手机里恢复出他妻子被绑架的照片。原来是有人用妻子的性命威胁特里，但特里也不知道那人是谁，只能称呼他为“声音”。芬奇认出“声音”就是他们之前遇到的一个罪犯，为了抓到他芬奇决定去寻求以利亚的帮助。

弗斯科抓到了一名叫阿米尔的杀人犯，警局也逮捕了一群名叫“圣堂武士”的混混帮派。里瑟调查处阿米尔曾为“声音”效力过，并且试图找出“声音”的真身，而“声音”为了除掉阿米尔派出“圣堂武士”进警局除掉阿米尔。最终“声音”的真实身份被揭露——特里?伊斯顿，最后以利亚帮助芬奇除掉了特里。