萨姆恩·肖被“撒马利亚人”组织抓住，并被他们在耳后植入芯片，借此来控制肖。“撒马利亚人”通过对肖进行虚拟现实模拟实验来追寻肖的同伙及“机器”的下落，在一次模拟实验中，肖成功逃了出去。肖假装抢劫一家超市，借此让“机器”追踪到她并给她的同伴发送信号。

“机器”能截获的信息“撒马利亚人”同样能够截获，一伙杀手前往超市抓捕肖，紧急关头，根及时赶到救了她。由于担心“撒马利亚人”在追踪肖，里瑟他们并没有带肖回到“机器”那里。帮肖取出被植入的芯片后，芬奇解析了芯片发现只是安慰剂，同时肖的行为也有些异常。

里瑟对根说出了自己对肖的怀疑，他怀疑肖已经被“撒马利亚人”策反，不料他们的谈话被肖监听，气愤的肖当面暴露行踪与“撒马利亚人”开战。肖的举动成功引出了头目格里亚，她们将格里亚囚禁起来，并在他身上找到了毁灭装置。

肖突然再次意识不清起来，她杀了约翰并告诉里瑟所谓的毁灭装置其实是木马病毒，担心芬奇他们有危险，肖带着里瑟前往芬奇和“机器”处。途中肖再次神志异常起来并枪杀了里瑟，根赶到后肖为了不继续伤害同伴选择了自杀。一切回到现实中来，原来之前发生的事情都只是发生在肖的虚拟世界中…

里瑟正在实时犯罪中心观察着新“号码”——伊森·加文，加文是一名寻枪系统的声音分析师，主要工作是在出警前从各种噪音里剔除误报。在结束了12个小时的  夜班之后，加文对女友撒谎取消了约会…芬奇将一个与“撒马利亚人”类似核心代码负责到了“机器”上，并在一系列控制模拟下让他们互相接触，让“机器”的代码在“撒马利亚人”的代码里寻找弱点。

加文下班后闯入一个名叫克鲁帕的女大学生宿舍，并朝壁炉开了3枪，原来三天前的凌晨两点，寻枪系统的麦克风在克鲁帕  住的这座楼里接受到三声响声，程序说那只是爆竹声，但加文坚信那是枪声，他告诉里瑟他怀疑克鲁帕已经遇害。

一切证据都暗示着食品公司的老板卡里克买凶杀  人，但芬奇分析出其实这一切都是“撒马利亚人”设计出来的诱饵，目的就是引出并抓住他们。“机器”与“撒马利亚人”的模拟已经运行了超过一百亿次，“机器”一次都没有赢…

在“撒马利亚人”组织对肖进行7000多次的模拟后，肖依旧凭借着她惊人的意志力让他们没有半点收获，组织首脑觉得换个方式对肖进行模拟，让她亲眼目睹“撒马利亚人”是如何打击罪犯的，借此希望能够拉拢肖。新“号码”指向了一对新人，新娘是亿万赛马帝国的继承人，而新郎只是一名普普通通的律师。

因此芬奇  认为很可能是某些家庭成员不希望这场婚礼的举行，芬奇和里瑟假扮身份混进的婚礼现场进行调查，最后根也赶过来帮忙。里瑟他们在婚礼现场发现了可疑人员，根和里瑟制服了他们，但是里瑟从杀手身上的照片发现杀手的目标并不是婚礼的新人，而是新娘家的家族摄像师——玛姬。

由于玛姬在一次拍照中不小心拍下了新娘妹妹简娜给赛马喂禁药的照片而被简娜派人追杀，虽然玛姬已经答应删除照片，但简娜依然不愿留活口。弗斯科独自调查着人口失踪案件，最后从一次电话录音中找到了线索，前往一座废弃的地下管道，发现了那些失踪人员。而正在此时，管道发生了爆炸…