长葶等人担心裕王的病无药可救,劝李时珍别插手此事。李时珍不听劝告,坚持医者就要治病救人的宗旨。李时珍发现裕王有中毒症状,冒险使用奇方,最后终于把裕王从死亡边缘拉了回来。
李时珍一次又一次地破坏了李行义和严世蕃的诡计,这让他们很是恼火,于是他们设下圈套,让李时珍误闯苌葶为皇上祈福的禁地,犯下欺君死罪。皇上知道此事后欲将李时珍处死。苌葶为了保全李时珍的性命,同时减轻自已的罪责,将自已双眼毒瞎,还将自己和李时珍的过去讲给嘉靖听。皇上听了苌葶的故事,放了李时珍。李时珍和斯语对长葶的自残愧疚不已。
这时裕王病情又出现反复,李时珍再次给裕王诊治,并发现了裕王中毒的原因跟师傅华南记载的武宗皇帝中毒的原因完全一样。
崔方准备提审杨洪勤,发现杨已死于牢中。崔方将杨洪勤为裕王所开药方交于皇上,并告诉皇上这副药方与当年武宗皇帝的药方完全一样。嘉靖知道,只有皇族才有机会看到这个药方,这次裕王中毒一定是景王无疑,为保全皇家脸面,嘉靖决定让景王停修《本草》立即出京。景王决定垂死挣扎,找到严世蕃要拉他跟自己谋反。严世蕃马上将此消息告诉了父亲严嵩,严家父子为求自保,当即决定向皇上告秘,出卖景王。
李时珍发现景王所用丹药中有致人上瘾的火麻仁,便找到李行义质问。而此时的李行义正准备对嘉靖下毒手,他知道最后关头已经来临,不能让李时珍再阻拦自己的复仇大计,便将李时珍约出郊外,劝李时珍不要管自己的事。李时珍则劝李行义摆脱心魔,回头是岸,两人发生争执,混乱中李行义将李时珍推下山崖。
崔方通过小太监冯谨知道了李行义与杨敬妃的J情,并发现了炼丹秘室的丹药有剧毒,便马上报告皇上。嘉靖在一天之内得知李行义和景王这两个自己最亲近的人原来都在暗地里要背叛自己,这无异于晴天霹雳,嘉靖的精神濒临崩溃。
嘉靖回过神来之后,决定严惩背叛者。景王被关入大牢,从此疯了。在皇宫大殿,嘉靖当着李行义的面将有毒丹药赐给杨敬妃吃下,眼睁睁看着她吐血而亡。然后嘉靖质问李行义为什么要害自己。李行义如实相告,自已是为家人复仇。嘉靖将李行义关入死牢,自己也因此一病不起,传李时珍前来医治,却发现李时珍已失踪。
斯语和黄一丰等人四处寻找未果,焦急万分。