黄一丰偷偷将十珍斋的牌子卖给丁冬强,可赎金还是不够。黄一丰和玉兰劝李时珍把修《本草》的一万两银子先拿出来赎儿子,可李时珍没有答应。
李时珍万般无奈,找到李行义帮忙,李行义让他不要着急,答应想办法。李行义找到锦衣卫的雷子哥出面查找,孩子很快救出。绑匪原是黄一丰结义的把兄弟张军。李时珍带着斯语来见李行义表示感谢。
李行义救孩子的事引起崔方的怀疑。李行义意识到李时珍必须尽快离开太医院,不然会影响自己的复仇大计。
李时珍的两个儿子虽然救回来了,但是他们还常常从睡梦中惊醒。这让斯语感到京城不是久呆之地。李行义找到斯语,让她劝李时珍赶快离开京城,不然孩子还会有危险。斯语下定决心带孩子们离开,李时珍坚持留下修《本草》,一家人含泪离散。
张惠妃和杨敬妃为了争宠斗得不可开交,张惠妃怀孕,杨敬妃心情狂燥,担心自已地位不保,找到李行义求助。李行义来到张惠妃府上,假装关心其饮食起居,设下圈套,并推荐李时珍为其把脉,以保胎儿安全。张惠妃对李行义的指点心存感激。
张惠妃因服用李时珍开的保胎药而流产,皇上大怒,欲治罪李时珍,李行义劝皇上将李时珍发配民间,将功补过,皇上照准。
李时珍知道自己是被冤枉了,但却有口难辩。李行义前来为李时珍送行,李时珍行至半道私自返回京城,潜入黄一丰处,想将自已的冤情查清。
李时珍找到金基泰,让其从太医院偷出张惠妃用过的药渣和药灌,未能得手。李时珍被丁冬强发现,并马上报告了官府。官方四处搜查李时珍,长葶将李时珍藏到白云观的密室里。
斯语回到家乡后放心不下李时珍,再次重返京城,得知李时珍的遭遇,为他担心不已。