小榔头夜里上茅房时看到奇怪的身影，听到小女孩儿的哭声后悄悄过去，没走到跟前就被一头巨大的猛兽吓跑，思琪经过老婆婆的房间时啥也没听到，她见到小榔头后听他说起鬼怪之说，小榔头劝她不要过去。思琪在老和尚房门前没听到任何响动，小榔头听到对面有人撒尿，起身看时被思琪吓了一跳。

思琪发现圆清寺的每个地方都很安静，她什么也没看到，小榔头一口咬定就在去大雄宝殿的路上。周新一早吃早饭时被和尚问起法事，他们要匆忙赶路，老婆婆带着孙女出现时他们上前打招呼，她的大孙女还没找到，周新带人先行一步离开圆清寺，在出门时闻到肉味。

周新遇到方丈后思琪被送了一件开过光的佛珠，老妇人和孙女要走时被方丈送至大门口，方丈也送给她孙女一串佛珠。周新和老妇人在圆清寺门口告别，还提醒她在回家的路上注意安全。小榔头发现圆清寺的老和尚总是盯着思琪看，周新在前面走时听到他们的谈话。

老妇人和孙女一同在山林间赶路，因劳累两人坐下休息。周新路遇亭子后休息，小榔头躺下不想起身，思琪看周新一直在想事情，周新也感觉那老和尚有些奇怪，药拖延了他们的行走速度，小榔头身体不适，思琪去取水时周新被一群蒙面人追杀，思琪及时赶回救了周新，她在打斗之时发现其中一人是和尚，蒙面歹徒被思琪赶走，思琪奉周新之命赶去营救老妇人和她孙女。

周新和小榔头先行来到处州官府见到莫文渊，莫文渊已准备好饭菜招待他们，周新向莫文渊问起治安问题，莫文渊再三表明自己的的决心，周新要查看各县呈上的卷宗并一一对照，图上画圈处都是少女失踪之地，圆清寺成了最大的嫌疑之地。

思琪向周新汇报说老妇人和孙女被人追杀，老妇人被人发现在山中无人处，她的小孙女坠崖。周新推断所有这一切都是圆清寺的方丈背后指使，莫文渊按周新的要求派出衙役赶往圆清寺，他们在途中被蒙面歹徒袭击，思琪带人及时赶到制服歹徒，歹徒是那些和尚，其中一人还是圆清寺老方丈的徒弟。

周新带人来到寺院时让和尚们十分惊慌，老方丈假装镇定，他认出处州知州莫文渊，周新自称是谈生意而来，小榔头拿出腰牌给老方丈看，老方丈要借机离开时被周新叫住，周新带他们来到那棵梧桐树下，还怀疑树叶和失踪的少女有关，老方丈失口否认。周新命衙役将那棵树刨开，衙役发现那个无辜少女的尸首，老方丈将责任推在徒弟身上。

周新要将寺院从里到外搜查一遍，莫文渊提醒他寺庙的牌匾曾是皇上亲笔提字，周新要让寺院地覆天翻，闲杂人等被赶出大殿，大殿和藏经阁没发现可疑之处，老方丈质问周新。思琪来到老方丈房中仔细搜查，发现暗道后进去查看。周新看到一群可疑人员后让小榔头截，小榔头认出菊花，老方丈出手和衙役们打斗起来，小榔头趁机拉菊花离开。

老方丈不敌众人被擒，周新发现那些穿着和尚衣服的少女们，小榔头向她们问起情况，但她们都不能说话，周新让莫文渊马上去找解药，思琪将发现的地洞口告诉周新。周新带人来到地道中查看情况，他发现里面的藏獒和老方丈犯下恶行的地方，老方丈失口否认，还拿出皇上御赐的免死金牌。

周新揭露了江洋大盗黑胡子的真实面目，黑胡子只得认裁，他不明白周新为何看破那一切，周新解释落叶之谜。失踪的少女和家人相认，有些只剩下尸骨，老百姓对周新做法深表感谢，周新又踏上新的征途赶往下一个州县，莫文渊因碌碌无为被革职。段无极来到京城南京找纪纲状告周新阻拦财路，纪纲在皇上面前说起周新破案之事，皇上打算当着文武百官的面夸奖周新，纪纲的目的是一箭双雕，他清楚皇上最担心的是建文帝。

皇上召回周新，周新向众人谈起案情的前后经过，皇上命他将黑胡子带到京城询问，还命周新对杭州的几大名寺加以勘察，纪纲推荐段无极协助周新办理，周新只得遵从皇命。周新返回处州押着囚犯黑胡子赶往京城，思琪想随行时被他拒绝。周新途中收到杭州案情后赶了过去，小榔头和衙役们押着黑胡子向京城走。

黑胡子背后中箭死在囚车里，纪纲向皇上说明周新被骗走的原因，皇上派纪纲动用锦衣卫在全国的几个大寺院里搜查，是纪纲故意用假消息调开周新，纪纲派段无极在杭州名寺搜查并买回相中的那块儿地。小榔头端着点心给思琪送去，余人杰进门后找她单独聊天。

余人杰感觉最近要出大乱子，段无极带人从各大寺院搜出不少宝贝，湖边的渔家住户也被搜查。吴之问听到府前告状的百姓后悄悄从后门溜出，思琪女扮男装看到后将情况告诉小榔头。小榔头不想让周新知道情况，周新得知老丈人梁御史突然病重时赶回京城，吴之问来到时周新已经离开。

周新回京后见到岳父大人已经药到病除，他明白回京之意，岳父劝他回京任职，但周新想继续查案。锦衣卫的人在湖边霸地占房逼得一些百姓无家可归，有人无奈自杀，思琪来到湖边了解情况，余人杰也跟随前来。