嘉庆下旨查抄和府，赐令狱中的和珅自尽，赵三发再度混进和府想取走黄金，被官兵捕获，幸得李传卫救出，要他速离是非之地，因为嘉庆正着手进行一场大清洗，要把和珅的党羽和有异心的亲贵，一网打尽。 赵三发溜回广乐园，刚到门口就被封秋连打带骂的赶了出来，赵三发凭他市井混混的小机灵嗅出危机，叫来两个巡街兵丁入内查看，见二人有去无回，赵三发知道园中出了大事，忙去找兄弟李传卫帮忙。 和府中的十格格和丰绅殷德，被宗人府就地看管，李传卫信守承诺出言替二人求情，被一直看赵三发不顺眼的嘉庆心腹善宝借口拿下，指控他是卧底的反贼。这时来到和府大门口求援的赵三发，眼看李传卫被五花大绑押出门来，立刻傻了眼。

六神无主的赵三发来到广乐园后门想翻墙，见胡总管悄然来到以为找到救星，上前说明情况，谁知胡总管才是卧底多年的明教内间，赵三发再度陷入险境。朱教主见他未死大吃一惊，赵三发情急生智开始胡侃，大吹自己杀了和琳之后回到明教却找不着组织，如今只想在教中与文采衣双宿双飞。朱教主信以为真，觉得赵三发尚堪利用，同意他归队。

胡总管带来了紫禁城内宫地形图，封秋怀疑教匪准备起兵，此时赵三发对明教还是清廷谁输谁赢已经毫不在意，只想带了文采衣和陈馨儿远走高飞。可惜天不从人愿，朱教主要他紧随左右，明日带队冲进养心殿。赵三发简直欲哭无泪。

朱教主故布疑阵，佯攻京城永定门，嘉庆忙命粘竿处侍卫率兵前往镇压，此时朱教主已经领着换穿清兵服的精锐，在胡总管内应下悄然入宫，夜色中一路畅行无阻。 被囚禁在粘竿处内的李传卫听见门响，仗剑埋伏在旁差点杀了摸黑进来的赵三发，两兄弟见面大喜。来不及话家常，赵三发已说明情势，要李传卫速去通知朱珪率兵救驾，自己继续跟着教匪随机应变。

嘉庆正独坐养心殿翻阅亲王、贝勒、文武重臣与和珅往来的书信，朱教主率众长驱直入，嘉庆束手就擒，对胡什图与“李传卫”竟都是明教卧底既惊讶又痛心。朱教主逼嘉庆写下逊位诏书，嘉庆抵死不从，朱教主命赵三发上前，用他的“化骨绵掌”让嘉庆就范。赵三发拿出他临危不乱的混混本色，突发奇想，竟抓住嘉庆右臂上下查看，直指他是假冒的皇帝，因为嘉庆手臂上有一颗胎记云云……赵三发顺口编起故事，说嘉庆遇刺后疑神疑鬼，密令粘竿处找来一个与他面貌一样的人假扮皇帝养在后宫，这桩机密只有粘竿处统领图凌、总管太监胡总管和皇帝本人知道，如今果然见到冒牌货，却不知为什么胡什图假装不知?

嘉庆这时听出了赵三发话中的玄机，故意配合他矢口否认，赵三发用力打了“假皇帝”一巴掌，拿剑抵着他逼供，原本多疑的朱教主终于上当，杀了“双面间谍”胡什图，“假皇帝”眼见血溅御案，吓得答应带他们去找“真皇帝”。赵三发带着朱教主在宫里乱绕拖延时间，李传卫已率兵赶到，激战中，赵三发护着嘉庆躲进假山，二人竟交起心来。嘉庆仍误把赵三发当成李传卫，后悔自己竟因李传卫替十格格开脱而以为他有异心，赵三发一时忘我又发高论，劝嘉庆“上阵还需父子兵，不要为了兄弟内斗让外人钻了空子”，嘉庆闻言深有触动。

教匪伤亡殆尽，文采衣现身，念着朱教主的养育之恩求李传卫放他一马，这时朱珪赶来，赵三发带着文采衣溜之大吉，要李传卫留下善后。

次日嘉庆回宫，又遇形同疯魔的朱教主行刺，李传卫、文采衣拼死相救，嘉庆感念假山中的一席话，当场赦免了李传卫和文采衣的罪，将和珅府搜出的书信一把火烧了，对任何人不再追究。 十格格伉俪被释出宫，特来看望李传卫，才知世上竟有一模一样的孪生兄弟。黄妈出面说了真相，原来当年李小卫无子，李卫抱养了一户农家新生下的双胞胎中的一个，带回京中当亲孙子抚养，留下的一个父母双亡后混迹街头。当十格格问及，几年来在朝中立下无数功勋的究竟是谁?赵三发笑说：“有些事是我做的，有些事是他做的……” 太后召见，“李传卫”当着嘉庆母子的面恳求准予长假回家扫墓，嘉庆依依不舍的准了假，“李传卫”又自告奋勇护送十格格回到和府，随即消失无踪。

在和府后园，“李传卫”笑眯眯地命令封秋挖出了埋藏的黄金，痞相十足。原来，他还是“赵三发”。 两兄弟携文采衣、陈馨儿双美以及封秋5人离京，出发去找他们亲生父母的坟茔，他们的传奇何时重现江湖?那又是另一个故事了……(大结局)