在东京大田区位于羽田机场附近的街区有家旧书店名叫“九十九堂”，店主是九十九樱。旧书店的深处有一间休息室，在那里，阿樱为无处可去的顾客们提供免费的亲子饭。离家出走的少女二宫浅见每天与正木理惠等人做着不法行为，昏昏噩噩地打发着日子。

这天晚上，她们为躲避坏人逃到公园。就在二人腹内空空时，理惠想起听说附近有个免费吃亲子饭的地方，于是她们找到九十九堂。在休息室里有从少年院出来后为帮妹妹实现偶像梦而努力工作的君冢达也，有擅长画画却患有人际交往困难症的玉轩玄，还有不良少年和孤独症患者。对于突然到访的浅见和理惠，阿樱并不深究她们的来历，而是端出温暖的亲子饭。但当浅见提出借宿一晚时，阿樱却断然回绝了。浅见被亲子饭的美味感动，偶尔还会来休息室。

这天，在休息室，她向达也说了自己的身世。她一岁时差点被生母所害，是一个高中生服务员救了她，但那个少年却受连累被杀。听到这话，阿樱呆呆地僵立在那里。实际上，阿樱的儿子正是因卷入那个案件而死的。

数年前曾经在九十九堂的休息室吃过亲子饭的佐伯风花带着三岁的女儿来旧地重游。阿樱打听她的近况，风花说现在她有交往对象，而且打算和对方同居。虽然风花做出幸福的样子，但浅见却觉得不对劲儿。她以前曾在公园看到过冲打秋千的女儿发火的样子。而风花吃亲子饭的方式也引起阿樱注意。

阿樱告诉俊太，16年前杀死她儿子悠平的少女就是浅见的母亲。这奇妙的命运让俊太吃了一惊，很担心阿樱与二宫一起住会不会不安全。然而，阿樱说浅见是悠平拼命守护才活下来的，所以她要继续保护浅见。另一方面，借住在朋友公寓的风花被赶了出来。正如浅见所料，风花的生活并不幸福。因为她是个带着孩子的单身母亲，找不到包住宿的工作，连风俗店也不雇她。走投无路的风花对女儿非常粗暴。这天，浅见带着阿樱做的食物来看望风花，却看到了难以置信的情景。

阿樱的女儿恭子离开老家“九十九堂”后，到杂志做了编辑。她正在采访一起未成年少女私刑案件。加害者被判进少年院一年，出来后仍旧到处游荡。而被害者因被人认错而遭受私刑，脑部受伤严重，至今处于昏迷中。恭子目睹加害者理惠与不良少年团伙搞在一起做违法的事。当时浅见也在现场。为了商量给哥哥做法事，恭子回到久别的家中。她不赞同母亲为居无定所的人准备亲子饭。

当看到浅见后，恭子追问理惠的联络方式。阿樱看到那情景感到不安。这天，阿樱发现三个小学生身上有被班主任老师掐出的瘀青。这时，班主任御代川由希也来了。由希责备阿樱收留学习差、不上学的学生，然后把孩子们带走了。但是后来由希又来到九十九堂，请阿樱给她做亲子饭。由希的头发剪短了，整个人的样子都变了。看着由希默默吃亲子饭的样子，阿樱产生了一丝违和感。