新沃德对黛西和其它追随他的异人们，讲述了他当年被克里人捕获后做实验的经过。新沃德还说，克里人也改造了异人们的祖先。所以，这些人建立了九头蛇，迎接他的归来。现在，他要回报这些人的忠诚，在他们身上重现当时克里人的实验。

菲兹研究出了能抗蜂巢毒素的物质，这是能救回黛西的唯一办法了。可是，克蒙斯又又担心使用过程中会造成黛西出现其它不好的症状。林肯听了，主动要求要自己身上先做实验。但菲尔得知如此做可能会摧毁被实验者免疫系统的风险后，命令菲兹另外寻找办法。他不想失去林肯这个神盾局新加入的特工。林肯见多说无益，为救黛西，他自己注射了抗毒素。

菲尔和迈克居然通过神盾局的系统，寻找到了黛西踪迹。菲尔认为这是陷阱，而迈克却感情用事地以为也许黛西故意这样做，好让昔日的同事前去救她。菲尔尽管一直将黛西视作自己的女儿，但却认为迈克错了。有了线索，但不能掉以轻心，如果此次前往，务必将蜂巢一举消灭。

博士为新沃德的设想所吸引，帮他们将泰瑞根水晶用于实验，将正常人转化成异人。但教授的实验失败了。他对新沃德说如果要成功，他需要一个活着的克里人的基因，新沃德差点杀掉教授，但最后还是放了他一马。

神盾局的特工们全副武装地出发了，大家下定决心要救回黛西，摧毁蜂巢，尤其迈克，黛西是他的搭档，而他居然对黛西的变化一无所知，他内心对此感到内疚，一心要弥补。特工们赶到后，梅发现了詹姆斯，她假意套近乎，得知了新沃德抓走博士的真正目的，帮他将普通人改造成异人，然后建立异人军队。当得知了新沃德的确切所在地后，梅击晕了詹姆斯。

为了得到活的克里人的血液。新沃德召唤来了克里猎杀者，然后让黛西去对付他们。艾丽莎很快死于猎杀者之手，这时，黛西出现了，一直躲在暗处观察的神盾局特工们执行着菲尔的命令，可迈克却想违令去帮黛西。

猎杀者被黛西制服，教授抽到了足够的血液。这时，迈克出现要救回黛西，而黛西却将他击倒在地痛殴。另一个猎杀者最终被新沃德所杀，特工们的武器显然也伤不了新沃德，神盾局只得火速撤离。

新沃德因黛西未能如约扯出迈克的心脏而对她的忠诚表示怀疑。黛西为了证明自己，告知他自己体内就有克里人的血液，有助于实验。

格伦代表总统来跟菲尔谈话。总统希望神盾局能走入公众视野，这就需要菲尔将神盾局信息透明公开，包括下辖的所有异能人士。这对异能人士来说是很危险的，因为公众对他们的仇恨不知何时便会点燃，这无异于将他们置于险地。

菲尔决定说服他。他这次毫无保留地带他参观基地。但当格伦看到鞭笞时，却突然间愤怒起来。菲尔告诉他，鞭笞的存在是有用的，也许他就是为了杀蜂巢而出现的。菲尔还让西蒙斯告诉了格伦所有真相。格伦了解到了蜂巢正在行动，他已掌握了将人快速转化成异人的办法。

博士抽取了黛西的血液，用于制造异人。黛西尽管失血过多，但她依然十分乐意，甚至不惜为此献出生命。这一次，博士没有让蜂巢失望，他将人转化成了异人，但因为某种因素没有控制好，新转化的异人极其丑陋，可蜂巢显然对此很满意。他告诉博士不必改进，就这样造出大批量的异人就行。因为异人们显然只是他利用的工具，他对之毫不在意。

黛西不停地攻入神盾局的系统，她想掌握神盾局的每一个动向。林肯一直被关着感到很烦燥，但菲尔担心他失去黛西后将采取不理智措施，所以暂时不想还他自由。黛西攻入了神盾局系统，通过他房间的屏幕跟他交谈。在她的帮助下，林肯逃出了神盾局。

正在参观的格伦得知了这个消息，正在怪罪神盾局的时候，梅揭开了真相。事实上，林肯没有逃，这只是神盾局安排好的反击，是鞭笞代替林肯，乘飞行器去了蜂巢所在小镇。

鞭笞果然像是为毁灭蜂巢而存在的，别的异人在蜂巢面前只有乖乖就范的份儿，而鞭笞一出手即致蜂巢重伤。蜂巢倒地无还手之力。新转化的丑陋异人们袭击鞭笞，被鞭笞一一干掉。因抽血过多正休息的黛西看到情况，赶去帮蜂巢袭击鞭笞，只进行了一轮进攻就无力地躺倒在地上。

鞭笞显然记得所有往事，他走过去不但没有难为黛西，反而帮她恢复了体力重获自由。他将她抱到飞行器上想带她离开，这时，詹姆斯突然从背后进攻，火鞭穿透了鞭笞的心脏，鞭笞倒地而亡，没来得及结果蜂巢。清醒了的黛西打退了詹姆斯的进攻，重新返回了神盾局。所有的老同事们欢迎着她的归来。

迈克埃琳娜和梅驾驶飞行器赶往太平洋地区美军发射井，他们想抢在蜂巢赶到之前。因为那儿的导弹发射装置，很可能被蜂巢用来高空散播病毒，感染正常人转化成被他控制的异人。但五小时前，发射井的工作基地人员就已经失联。

情况紧急，格伦向国防部高官索要停止发射的代码，高官不同意，而要因循守旧地按程序来，如果真的那样做，得耗时两周。在他们视频谈话时，菲茨根据谈话内容，将代码存放地址通知了菲尔，并假扮高官通知下属将代码交给菲尔。

迈克他们已在发射井降落，他们抱着不成功便成仁的决心。千钧一发之际，发射被及时中止。愤怒的蜂巢知道又是神盾局作梗，他一面让博士想办法解决发射问题，一面决定报复神盾局。

林肯以身犯险，将蜂巢引到迈克所在的地方。迈克安装了专门对付蜂巢的装置。他们想用这装置烧坏蜂巢的大脑。趁蜂巢陷入混乱之时，他们赶去解救人质。博士也趁机脱困。甚至在蜂巢追出来的时候，他们还将蜂巢困在玻璃舱内凝胶块中带回了神盾局。

格伦对此十分满意，感到事情有了巨大进展。但装满感染人类病原体的弹头被蜂巢藏起来还没找到。

回来的黛西尽管提供了大量情报，对神盾局抓捕蜂巢十分有帮助，但她陷入对往事的自责和摆脱蜂巢的不适矛盾中，难以理性。迈克宽恕原谅让她感动。她及时控制了心中阴暗面的扩展。

菲茨被原始异人袭击，幸亏西蒙斯及时打开门才得以逃脱。但那些原始异人将蜂巢救了出来。蜂巢从黛西那儿了解到了神盾局的一切，他很快发现，通过和风也照样能起到散播病毒的目的。这时，黛西来到他面前，慢慢跪下，求他再次接纳她。