距离上一季结尾(Tom登上外星入侵者的飞船)已经过去三个月时间。Weaver仍然是第二独立团的指挥官，Anne继续担当随团医生的重任。他们经历了更多的战斗，也了解到更多与外星人有关的信息。Pope成了「狂暴战士」(Berserkers)的指挥官--他们由Weaver不信任的一群人组成，但他们仍然隶属于第二独立团。Tom突然回到第二独立团，所有人都对他「忠诚」感到怀疑。与此同时，Ben不断挑战Hal的权威，导致这两兄弟的矛盾进一步加深。

与外星人在一起的痛苦回忆让Tom惶恐不安，他担心外星人对他的大脑动过手脚。负责「审讯」Tom的Pope抓住这个机会来打击他，在第二独立团中到处散播对他不利的言论。与此同时，Ben对突击者越来越憎恨。敌人即将发动新一轮攻击，第二独立团找到一座旧桥，希望能顺利渡河抵达安全地带。

第二独立团进驻一座机场的机库，但糟糕的通风状况令Anne开始担心大家的健康问题。与此同时，「狂暴战士」计划除掉Tom。第二独立团失去一名成员，但一名神秘来访者给情绪低落的第二独立团带来了新的希望。