小燕子得知乾隆有意将塞娅许配给永琪之事气愤不已，因而和永琪大吵一架，永琪为求安心，立即决定叁见乾隆，好了解事情的来龙去脉。不料却得知塞娅看上的人选竟是尔康，且乾隆己在拗不过塞娅的坚持，答应了此门婚事。 永琪匆匆将此消息带给众人，紫薇一听之下险些昏倒在地，而尔康也焦急万分，坚持不愿弃紫薇而娶塞娅，众人在无计可施的情况下，终於决定将事实真相大白，一行人立即前往叁见乾隆。 乾隆得知真相后气愤莫名，痛斥众人串通小燕子和紫薇两人所犯下的欺君大罪，加上皇后在一旁扇风点火，使得乾隆着实气昏了头，不顾小燕子的声泪俱下，紫薇的亲情召唤及众人的苦苦哀求，在一声令下，将小燕子、紫薇、金琐三人，送进了宗人府。

小燕子等人因欺君之罪被送进了形同冷宫的宗人府，里头不但暗无天日，还得日日与蟑螂、老鼠为伍，日子已过得苦不堪言。更没料到的是，皇后竟利用私权，在宗人府尚未接到乾隆的命令前，便先行审起了小燕子等人来，甚至还滥用私刑，希望能将三人屈打成招。紫薇不明究理，以为梁大人乃乾隆所派，因而对乾隆失望透顶，故对於梁大人的逼供态度坚硬，坚不认罪，三人也因此被梁大人折磨的伤痕累累。梁大人见逼供不成，只好将三人再度关入牢中。 另一方面，乾隆在令妃及永琪、尔康的求情下，态度已逐渐软化。但心急如焚的永琪等人，在等不到乾隆的正面会应下，竟找来了柳青、柳红，自宗人府中将小燕子等三人劫了出来，并打算带着他们远走高飞，由尔泰回去料理一切。但紫薇等人深知，尔泰这一回去，真能取得乾隆的谅解吗？而紫薇也真的无法和乾隆相认吗？众人在深虑之下，竟决定驱车一同和尔泰回宫向乾隆求情，留下了惊愕不已的柳青和柳红。

乾隆得知永琪竟率人去劫宗人府之事后暴跳如雷，立即吩咐福伦带兵寻回众人。不料福伦尚未出城，便见到驾着马车准备回宫的一行人。福伦直觉其中必有隐情，因而立即带着众人去见乾隆。 众人在见了乾隆後苦苦哀求，乾隆想到了这一切事物的发生起点均出於当年自己对夏雨荷的情不自禁，终於态度软化，原谅了众人，也认了紫薇。但当乾隆决定将滥用私刑的皇后关入宗人府时，永琪、紫薇等人竟还纷纷替皇后求情，令乾隆惊讶不已、只得作罢。 乾隆虽认了紫薇，也免了小燕子的死罪，但尔康和塞娅的婚事却无法取消。尔泰为帮助尔康、刻意陪着塞娅游山玩水、比武论试，终使塞娅改变心意，执意非尔泰不嫁。 在众人的期待下，乾隆下旨封紫薇为“明珠格格”，许配尔康；小燕子改封“还珠郡主”许配永琪，西藏公主塞娅则许配尔泰，“还珠格格”这件乌龙公案，终於欢喜圆满落幕，但这群年青人们的故事，却永远不会轻易结束。