南征出战前,燕青往御香楼辞别李师师,李师师为其祈祷,保佑燕青平安归来。鲁智深借拜谒智清长老为名,再次皈依佛祖,留在大相国寺修行。另公孙胜不辞而别,南征之时,宋江军营大旗被狂风吹折,梁山头领心情沉重。梁山军攻破苏州城,苏州守将──方腊之弟方貌城南逃。苏州之战,双方死伤惨重,杨志断腿。
宋江劝降无望,只得与方腊决战,卢俊义率军从旱路攻城,被守城的庞万春用擂木滚石压下,时迁攻城,方腊军以磨盘石块抛下,时迁终至毙命。杭州之战,宋江先胜,但梁山将领三十余人阵亡,城内一片狼藉。蔡京、高俅得知宋江攻陷杭州,恐怕宋江获得南征首功,特让童贯取代南征招讨张叔夜,并让童贯务必抢在宋江剿灭方腊前赶到南军营,同时又将张叔夜召回京城问罪。
梁山军与方腊军短兵相接,方腊军节节败退,乌龙岭的天然屏障终被宋军打破,方腊终被生擒,宋军攻下青溪城,此时童贯赶来,杀了方军两千名俘虏,押着方腊的囚笼,抢先回京领功。梁山军经过南征方腊,死伤大半,武松左臂致残后,留在六和寺作了清闲道人。