东京，这里潜伏着混在人群中并捕猎人类的怪物“喰种”。喜欢读书的大学生－金木研，在常去的咖啡厅“安定区”里，遇到了同样喜欢小说家－高槻泉作品的神代利世，两人约好要一起去书店约会。但金木还不知道，之后发生的意外事故将改变自己的命运…。金木虽在事故里受了重伤，但经过手术后捡回一命。而当金木醒来后却发现“不管吃什么都觉得很难吃”，渐渐察觉自己产生异变…!?

金木被尸体的香味吸引，而和身为喰种的锦对峙。这时救了他的是安定区的店员－雾嶋董香和店长芳村。芳村将某个小包裹拿给受到喰种的饥饿所苦的金木。隔天，看了英的简讯而回到大学的金木，英介绍了一位姓“西尾”的学长给他认识，而这位学长就是先前和他对峙的喰种－“锦”。他虽然表现的与普通人没两样，但在回家路上却突然袭击英，并害英昏了过去。“抱歉弄脏了你的食物”，锦在金木面前又露出了身为喰种的本性!?

身为喰种的笛口凉子和她的女儿雏实暂时躲到了“安定区”生活，雏实脸上孤单的表情让金木感到很在意。此时，金木和芳村的得力助手?四方莲示一起为了无法狩猎的喰种调度食粮。另一面，目的为歼灭东京所有喰种的CCG在利世的事件发生後，就把“安定区”所在的20区列进了搜查范围里。身为上等搜查官的真户吴绪和亚门钢太朗一同前往了20区…