侍卫赛威、赛虎将刺客小燕子五花大绑,带到皇后的景仁宫问罪,皇后终于抓到小燕子犯错的把柄,见猎心喜,让容嬷嬷教训小燕子,小燕子全身被捆绑得像粽子一般,无力还击,被容嬷嬷左右开弓,打了好多耳光。顿时大喊︰皇阿玛救命……皇后得意的看着她冷笑,好整以暇的说道︰进了景仁宫,皇上救不了你的命了!
同时,漱芳斋的四个小太监,都豁出去,不顾一切,飞奔到延禧宫,跪地磕头,哭喊着求乾隆赶快去景仁宫,救救被抓走的格格……乾隆被惊醒,大惊之下,立刻赶到景仁宫,见到已经被打到面颊红肿,五花大绑的小燕子,顿时对皇后大为不满。但,皇后振振有词,乾隆知道小燕子翻墙,又是心痛,又是头痛,只得先把小燕子带回延禧宫问个清楚。
小燕子被带回延禧宫,看到乾隆心痛的眼神,听到乾隆温和的询问,小燕子感动莫名,真情流露的向乾隆哀诉自己的委屈,并恳求出宫探望友人的心愿,但乾隆却和小燕子交换读书的条件,令小燕子无可奈何!
闹了一夜翻墙挨打的小燕子,在御花园叽哩咕噜,喃喃自语,烦恼乾隆居然还要她读,不知何时才能出宫?正在低头急走时,却不慎撞到了拿着画架的班杰明,这班杰明只要碰到小燕子就会出状况,这次也难免,在一连串的状况下,班杰明竟然被小燕子一撞,又撞进了池塘里……
小燕子巧遇永琪和尔泰,恳求永琪能帮助她出宫,以便探望她的结拜姊妹夏紫薇。当小燕子说出紫薇的名字时,尔泰心中也证实了小燕子是位「假格格」,情势让尔泰为小燕子的前景感到担忧,但永琪却忧虑小燕子与皇后为敌的处境,小燕子突然感觉自己进入了四面楚歌的危险状态。
居住在福家的紫薇,伤势渐渐康复,也渐渐显露了她自身的才情,更让尔康对紫薇一往情深和心疼。两人几度交心,情愫逐渐加深。但是,紫薇的操守和人品,使尔康不敢冒犯……
小燕子为保住自己的脑袋,决定勇闯如意馆,以便毁掉在班杰明手上的那张街头画像——会砍脑袋的证据。小燕子经过白天的地形勘查,趁着宁静的深夜,轻巧的跃入如意馆,在画室里东翻西找,就是找不到那张把柄,但却被埋伏在如意馆的班杰明吓得狼狈奔逃,班杰明伸手,利落的抓住了她……
小燕子被班杰明逮到,知道逃不掉了,觉得人人可以要她的脑袋,她又逃不出皇宫,不禁悲从中来,在班杰明面前落泪了。这样的小燕子让班杰明眩惑,经过一场交心之后,两人在宫外的误会冰释,班杰明也向小燕子保证会全力保住她的脑袋。两人从此成为哥们。
尔康为解除紫薇心中许多谜团,决定要让紫薇和小燕子会面。隔日尔泰毅然的告诉小燕子,紫薇就在学士府,小燕子震惊后崩溃的大哭,并诚实的说出自己一路病得迷糊,一路沉醉在父爱怀抱的震撼历程,小燕子对紫薇深感歉意,急于脱身却不得章法懊恼至极,永琪知道真相后无比的震撼。
小燕子处境堪虑但却对皇宫充满好奇。一日,跟踪永琪、尔泰来到射击场,被射击场禁卫军的英武气势所吸引,在那儿叽哩咕噜大吹牛。殊不知乾隆已经来到她的身后,听到她自封为神射手,十分好笑,也十分好奇。竟然破例的让小燕子进了女人禁区的射击场。和永琪、尔康、尔泰、班杰明等人比赛了一场非常有趣的射击,乾隆更一时兴起,亲自表演了令人刮目相看的射击神技。这一幕,皇后亲眼目睹,见小燕子屡享特权,逐渐掳获乾隆的欢心更是愤愤不已。
小燕子渐渐得到乾隆的欢心,这让真假格格的骗局更显危机,永琪决定先到福家一探紫薇。当永琪和紫薇兄妹相见之后,百感交集,他已不知不觉喜欢了小燕子,只能请求紫薇顾及小燕子的安危三思而行。
在宫中的小燕子,天天活在对紫薇的歉疚中,而唯一可以分摊小燕子心事的唯有班杰明。一日,班杰明发现小燕子在皇宫一隅看落日,不由自主陪着她聊天。四个太监在一旁偷看,小凳子最迷西游记,悄悄告诉其它太监,班杰明黄头发,黄寒毛,一定是孙悟空变来保护格格的。其它太监说那有这么大只的孙猴子?几个叽叽咕咕,争论不休。
一旁看落日的小燕子忽然发现,班杰明的小名是班杰,跟斑鸠谐音,不觉大喜。认为斑鸠和小燕子是同宗,都是鸟类家族。班杰明迷惑在小燕子的笑语中,欣然接受斑鸠这个称呼。但是,小燕子悄悄对他说︰以后不可以随便翻跟斗!他问为什么,小燕子调皮的说道︰因为中国有句俏皮话,斑鸠翻跟斗,是卖弄花屁股!班杰明不禁又好笑又好气。但是,从此,小燕子就喊班杰明为斑鸠。两人的情谊,也更进了一步。
班杰明这才明白小燕子在捉弄自己,最后默然了"斑鸠"这称号,但不许她在别人面前卖弄,这时五阿哥来找小燕子说有话和她说,班杰明识趣的离开了,五阿哥和小燕子谈起了紫薇,说她有深度有涵养,对于这件事很伤心。
小燕子回到漱芳斋要给紫薇写信,却怎么也写不好,扔了满地废弃的纸。最后还搞了个大花脸,最后去找班杰明,告诉了他紫薇才是皇上的女儿,她才是真格格,但是自己却辜负了她,自己成了格格,她就是想办法把格格还给她。请求班杰明给自己画幅画。
小燕子把信托永琪带给紫薇,原来大字不识几个的小燕子托人带来的是画不是信,正当众人猜不透小燕子画中之意时,紫薇竟将小燕子的画用诗表达出来,令众人对紫薇的才情佩服不已,尤其是尔康。
紫薇从画中得知小燕子乃是身受重伤才得以入宫,又知道乾隆仍未忘了自己的母亲。在深思之下,紫薇决定放弃认亲之事,将此秘密永藏心中。
五阿哥回到宫中告诉小燕子紫薇原谅了她,小燕子高兴的大嚷大叫,但是还是想把格格还给紫薇,小燕子庆幸皇后不是五阿哥的娘亲,承认了班杰明知道她所有的秘密,五阿哥很为她担忧,让她不要东说西说的。
乾隆为调教小燕子,命令小燕子和众阿哥等人一同上课,班杰明也来听纪晓岚的课,课堂上纪晓岚考察还珠格格,永琪和尔泰的帮忙但是她还是回答的一塌糊涂但也为平静的课堂带来了笑声及活力。堂下几个人都一起恭维小燕子诗做的很好,会打得更精彩。
回到漱芳斋几个人给小燕子上课讲解四大才子,谁想她居然把四个太监做四大才子,明月彩霞叫两大美女,逼迫他们以后都这么称呼自己,又招来几人的一阵笑。