在巴布彝山已三年了,蔡希陶带着对贫穷,愚昧,落后的沉重思考,回到了北平。向仲已经毕业。蔡希陶把自己采集的几十万份植物标本整理鉴定后,开了一次展览,引起了植物界的震惊。之后,向女友郑重提出求婚。不料,他和阿英的事被向仲得知,在吴晗和袁震的鼓励下,他给向仲写了一篇肺腑之言,终将其打动。
蔡希陶与向仲终于成婚,在好友的祝福声里,他们感到无比的快乐。不久,他们踏上了第三次远赴云南的旅程。抗战爆发,二人假扮成茶商,冲破日寇封锁。途中还意外的遇到阿英。短暂的相逢后,阿英去了前线,蔡希陶也重返云南建立植物研究所,向仲毅然跟随他踏上南下之路。路途艰辛,到了湖南,向仲不幸病倒,他们滞留在湘乡谷水一所学校任教。
蔡希陶一心想着云南,想着祖国植物的未来。两人告别谷水,相依相伴地奔赴烽火旅程。他们来到昆明,在一座破旧的龙王庙里着手筹建昆明植物战。不久,好友俞德俊,也来到此地,和他一起开拓昆明的植物研究所。吴晗先生也恰好来此处与他为邻,蔡希陶一边工作,一边培训学生,以他满腔的热情在这片土地上播种。