二十八军东渡黄河到山西打通抗日道路，同年四月十四日，在与敌人的战斗中，刘志丹不断靠前指挥，侦察敌情，不幸中弹牺牲，年仅三十三岁。习仲勋得知消息后策马东驰，站在山顶看着刘志丹装殓在一口薄棺中，被军民抬回了保安，心中悲痛万分。同年六月，中共中央决定将保安县更名为志丹县，毛泽东题词赞誉刘志丹是“群众领袖，民族英雄”。

毛泽东在了解有关习仲勋等人的情况，获悉他们当年被扣右倾帽子，含冤入狱，不禁感慨陕甘根据地让党中央和红军有了落脚点，全都是这些干部的功劳，可惜刘志丹和谢子长牺牲，很多同志受过太多委屈，他们都是优秀人才，绝对不能大材小用。

一九三六年九月，习仲勋被毛泽东选中破例参加会议，并与毛泽东见了面。如今国民党调动了十一个师的兵力，疯狂“围剿”关中苏区，习仲勋被中央派往旬邑，担任关中特委书记，途中遭土匪包围，马老三听到习仲勋会说黑话，对他也早有耳闻，果断交了他这个朋友，爽快放行。

等到了旬邑以后，习仲勋召集大家开会说下目前情况。秦木兰表示敌人施行家家连坐的保甲制度，以瓦解他们的党组织和游击队，以至于很多同志都隐蔽起来，武器枪支就地掩埋，所以关中整体状况就是要人没人，要枪没枪，陷入一种尴尬的境地。

然而习仲勋认为很多同志隐蔽起来，说明没有投敌并信任党组织，当务之急就是要尽快联系各地的党员，而且要动员所有同志拿起枪恢复组织，与敌人开展斗争。除此之外，习仲勋劝降一些反动民团，化敌为友，几个月时间就打开了局面。

同年十二月十二日，张学良、杨虎城在西安发动兵谏扣留蒋介石，中共中央派周恩来等前往西安促成了西安事变的和平解决。也正因如此，这件事成为时局转换的枢纽，十年内战的局面基本结束，国内和平初步实现，国共两党实行第二次合作，共同抗日。

随后习仲勋去见了彭德怀，得知八路军准备东渡黄河，而他要在一个月内征集三百人的预备营，补充到贺龙的一二零师。可问题是关中苏区大部分都属于山区，本地兵源实在太少，郭炳坤跑断了腿也只招募到三十人，并且这三十人里良莠不齐，身体素质不好。

此时李三娃主动来找习仲勋，表示自己要当兵打鬼子，但习仲勋认为他年纪太小，安排郭炳坤把他送回去，告诉他好好学习知识文化，以后有的是机会贡献。听了习仲勋的话，李三娃不再坚持。最终在习仲勋的不懈努力，总算从关中招满了人，甚至还补充了一个团的人数，令贺龙非常高兴，把自己最喜欢的手枪送给他。

一九三七年八月，中共中央革命军事委员会发布红军主力，改编为国民革命军第八路军的命令。八路军各部于八月至十月间，分别从泾阳和富平等地出发，东渡黄河，开赴抗战前线。习仲勋回到富平，先是去曾经的学校看了一眼，又来到家里，见到了二妹习东英、小妹习雁英以及三叔习宗仁。

时隔多年，习仲勋看到三叔有了白发，背影苍老，心里很不是滋味，明白他这些年操持了一家人的生活。为此，习仲勋拿了些钱给三叔，而三叔希望习仲勋能把弟弟习仲恺带回来，家里的男丁都去闹革命，担心没有传香火的人，但是习仲勋认为现在处于关键时期，若是每家每户都考虑自己的小事，以后恐怕就要当亡国奴。听了习仲勋的话，三叔也不再坚持，明白习仲勋的家国大义。

另一边，国民党召开五届五中全会，制定“溶共、防共、限共”的反共方针，蒋介石找来了胡宗南，准备要将西北交给对方，自己则坐镇西南，并表示要继承黄埔精神，一切有悖于三民主义的就要坚决抵制，一心一德贯彻始终，才是他们前进的座右铭。

匆匆见了叔父和妹妹之后，习仲勋重返旬邑投入工作。一九三九年初，国民党开始反共方针，与共产党不断制造摩擦。中央决定把八路军的第五荣校撤回关中地区，结果途中被国民党拦下，为首之人就是保安九团的尤奉山。

张凤岐和郭炳坤告诉习仲勋，国民党督察公署新派的旬邑县县长刘敏旗曾下令不许向荣校人员售卖粮食蔬菜，习仲勋提议要马上做好迎击国民党顽固派反共的准备，既然他们破坏在先，也就没有留情面的必要，及时把我党独立自主的主动权牢牢抓在手里。

同年五月，县长刘敏旗与魏海沆瀣一气，命人伪装土匪阻挠八路军荣校运输补给过境，当场击毙，引发荣校众人不满，纷纷前来讨要说法，岂料魏海下令开枪打死打伤多名荣校人员，制造了“旬邑事件”。

习仲勋等人亲自来找魏海和刘敏旗谈判，首先要求他们马上释放被扣押的荣校人员，交出杀人凶手；其次是要保证中共人员的正常通行，并登报向全国的百姓澄清事实，郑重道歉。然而对方拒不承认，哪怕看到证据都倒打一耙，习仲勋义正辞严，据理力争，揭穿了顽固派的阴谋，怒斥国民党顽固派消极抗战，积极反共。

为了避免事情闹得太大，刘敏旗谎称向上峰请示汇报，紧接宣布会成立一个联合调查组，在事情调查清楚之前可以让习仲勋他们把伤员带回去。如此一来，习仲勋暂时同意这个安排，临走时警告他们不要再制造事端和摩擦。

回到根据地后，习仲勋安排荣校全员撤离，并猜测国民党要准备撕破脸，独一营要尽快进入战斗状态，随时防备刘敏旗反扑过来。毛泽东也接见了各个报社记者，针对于近期发生的事情作出明确表态，认为这就是敌方势力别有用心的阴谋，破坏抗日统一战线，共产党不是国民党的敌人，双方不应该互相反对和限制，应该互相团结协助，联合起来共同打倒汉奸卖国贼，积极抵御外敌。

随后国共双方再次交火，前线阵地等来了留守团增援的部队，坚守七天七夜后寸土未丢，荣校全员也都安全撤离大后方。然而还有三名同学不愿离开，习仲勋亲自前来劝说，告诉他们为了长久之计做转移，无论身在何方都能为抗战胜利培养出更多人才。临走之前，习仲恺和习仲勋长谈一番，兄弟俩都为革命事业而努力奋斗。

面对国民党的经济封锁，西北局要求关中分区积极组织运盐。群众在运盐中遇到难题，分文未赚还赔了本钱，刘仁善气急病倒在床，媒婆就把目光盯上了刘仁善女儿刘巧翠，劝说其嫁给同村的有钱人家，结果被刘巧翠泼水赶出去。张大夫来给刘仁善看病，听了刘仁善的难处，感慨法币被禁给大家带来的难处。

刘仁善后悔自责万分，卧床痛哭害了女儿，但又不得不把女孩嫁出去。刘巧翠坚持不肯嫁人，张大夫见状安抚父女俩先别着急，紧接着就去找习仲勋反映情况。按照张大夫的说法，本来边区政府制定的政策是利国利民，可是自从禁止法币流通之后，边币跌价过甚，原来一驮盐是一百元，现在涨了好几倍的价格，贩盐户全都罢工。

习仲勋把这件事情放在心里，并通过林伯渠的引荐，见到了财政厅长霍维德，直接开门见山地说明边币代替法币流通需要过渡期，如果要完全把法币一刀切都不切实际，另外运盐工作仍存在大问题。

随后林伯渠把习仲勋的报告递交给毛泽东，得到毛泽东的好评，立刻给他回信。各县区负责人都把情况汇报给习仲勋，关于运盐方面，习仲勋建议要重点关注，考虑到有些贩盐户受了损失，采取高价购买来抵消损失。

刘巧翠因一时口无遮拦被关起来，习仲勋亲自去看她，了解大致情况后，跟着她去家里探望刘仁善。由于刘巧翠是被家里逼婚，所以习仲勋告诉刘仁善，现在讲的都是婚姻自由，不应该再像以前包办，刘仁善表示女儿订的娃娃亲，就希望她能早点成家。习仲勋看出刘巧翠喜欢唱戏，不仅说服刘仁善打消嫁女儿的想法，更是鼓励刘巧翠唱戏，临走之前留了一些钱给父女俩。

没过多久，李三娃从二师毕业，并被调往军分区警备司令部。习仲勋得知后有些惊讶，他打心底里是不希望李三娃留在自己身边，毕竟李大娃和李二娃都陆续牺牲，不能再让李家唯一的男娃再出任何意外。

然而李三娃坚持要留下来，坐在旁边哭鼻子，看得习仲勋心里不好受，也就不再强硬反对。临近大丰收，分区请来八一戏团唱戏，结果习仲勋发现刘巧翠学戏有成，今天是她第一次登台唱戏。李三娃捡了刘巧翠的首饰，对她一见钟情，坐在台下看的目不转睛，刘仁善得知唱戏就是自己的女儿，惊喜万分。

之后的日子里，尽管国民党顽固派步步紧逼，不断制造磨擦，但习仲勋都能游刃有余地应对，带领关中军民因地制宜，积极组织民众运盐，促成关中分区边币流通循序渐进，发展经济。

一九四二年七月，习仲勋离开了工作六年的关中分区，奉调前往延安。同年秋季，西北局高干会议讨论陕北错误“肃反”问题，习仲勋在会上大胆发言，指出“左”的错误给党的发展造成了巨大危害。中共中央正式做出了《关于一九三五年陕北（包括陕甘边和陕北）“肃反”问题重新审查的决定》，其中指出一九三五年在陕北“肃反”是错误的，这种“肃反”给革命造成了极大的罪恶，委托西北局负责向被冤屈的同志解释，并审查恢复在“肃反”中死难同志的党籍，且妥善慰问和安置其亲属。

待会议结束后，秦木兰捧着俆列的帽子坐在椅子上含泪发呆，欣慰俆列等人终于可以安息。可即便是这样，秦木兰回想当初仍有些后怕，担心以后还会出现类似情况。习仲勋没办法给秦木兰保证，表示只要他们坚持共产党人的求实精神，坚持正确的路线立场，无论发生任何事都能得到解决。