1938年2月,上海。上海民间秘密抵抗组织负责人许非凡准备执行一项秘密任务。今晚是个神秘的雨夜,吃完面准备回家的林秋雁目睹了许非凡被人追击的血腥画面。许非凡中弹后只身抵抗,还不忘提醒林秋雁快点躲开。林秋雁却拉开了井盖,二人一同躲开了这些人。听说许非凡杀了日本人,林秋雁很是佩服的样子,还没有一点害怕的样子,许非凡夸她了不起。
林秋雁确认那些日本人都走远后才和许非凡一起离开,许非凡问了她的名字,还夸她的名字好听。林秋雁在复旦大学读书,许非凡嘱咐她要好好念书,要是日本人让她书念不下去,就找个地方躲起来,等他们把日本人都打走再出来继续读书。回去的时候,许非凡还很感慨今晚遇到的事情,还有林秋雁这个小姑娘。
林秋雁和张子墨是一对情侣,见面的时候林秋雁说自己饿了想吃饭,张子墨就带着她去了凡尔赛餐厅。这家餐厅的老板正是许非凡,林毅翔和宋逸坤约了在这里见面。许非凡对他们没有过多打扰,无意中看到林秋雁和张子墨在一起吃饭,特地让梁锡龙送了几份菜给他们,表示是因为老板很敬重他们这样的年轻人,还为他们免了餐费。林秋雁和张子墨很纳闷,其实他们也因为这里的饭菜太贵不敢多吃,索性就承了这份情。宋逸坤告诉林毅翔,组织决定将他调往重庆工作,二人认为许非凡是个可以争取的对象,这是林毅翔留下来的工作。
梁锡龙不明白许非凡今天为什么让自己给两个学生送餐,许非凡就说了昨晚林秋雁救了自己的事情,而且她还是林毅翔的妹妹。他最近要离开上海了,把妹妹托付给许非凡照顾。组织决定转移林毅翔的家人,也包括他的妹妹林秋雁。林秋雁和张子墨同时收到了家里来信催他们回去,二人离开前去了一趟东方巴黎夜总会。二人偷偷在汉奸车上安装了爆竹,最后倒是成功吓了他一跳,但是却破坏了刺杀计划。直到这个人死在他们眼前,林秋雁和张子墨脸上的笑容迅速消失离开。自打南京沦陷,他们都期望着收到家里的消息,这次他们真的可以回去了,家里人没事就是最大的宽慰。
今晚刺杀汉奸的人是军统特工周天昊,而张子墨的真实身份是地下党成员,宋逸坤是他的上级,这次回南京,张子墨有任务在身。南京目前表面上一片太平,背后却很是危险,林父是著名的考古专家、爱国志士,日本人对他手上的古玩字画觊觎许久,所以组织决定尽快营救。林秋雁和张子墨一起回到了南京,各自回到了家里。回到林宅,林秋雁很是开心,她还有个妹妹,林母一直都很思念她。林秋雁这个丫头古灵精怪的,也让家里人放心不下。林秋雁又去见了林父,他正在看一副字画,见到她也很开心。
张子墨的姐姐催着他赶紧结婚,不过他还没想过这件事,他想要投军。但姐姐坚决不允许,他毕竟是家里唯一的男丁。特别行动队周志涛前来报道,他的第一个任务是把林家一家人安全送往武汉。
牧斋希望林父和日本人合作,但是国之瑰宝焉能轻易送给别人,无论怎么说林父都没有同意,牧斋心中顿时起了杀心。今天是国都沦陷的第一百天,林秋雁想要和张子墨一起去参军,但张子墨认为保卫国家是男人的职责。林秋雁的想法并没有错,张子墨也懂她的想法,只是他不想让林秋雁陷入危险。
周志涛要护送林家人去武汉,林父是个有骨气的人不愿意离开,但是周志涛说得对,他不能置家人的安危于不顾。林秋雁得知他们要去武汉并不开心,也不愿意相信周志涛。不过林父决定离开了,只要古董不在日本人手里就无妨。今晚他们即将动身,周志涛安排了人在林家周围盯着,今晚的行动绝对不能有任何闪失。
日本人得知有人拜访了林父,立刻安排了今晚的刺杀行动,不论男女老幼绝不手下留情。林秋雁觉得周志涛在虚张声势,何况她才刚回来这又要走。林秋雁去找张子墨,不过他不在家,姐姐说他总是一大早就出门了。林秋雁和姐姐打了个招呼就匆匆回家了,没见到张子墨心里还有些郁闷。即将离开南京,林父和林母还有些伤感,毕竟在这里住了几十年。
林秋雁给张子墨留下一封信和照片,想着到了武汉就让他来看自己。张子墨一心想要去前线,但他是复旦大学金融方面毕业的,组织决定送他去延安。张子墨同意了,还申请带林秋雁一起去。深夜,日本人抢先一步进入林宅,同时也在暗中寻找宝物。林秋雁察觉到不对劲,刚打开门就被日本人包围了。林父听到响声才发觉有人进来,知道他们一定是冲着这两样东西来的,所以把它们交给林母让她带着离开。但他们 还没来得及跑日本人就来了,林父不愿意交出国宝,将这张图烧毁。只是烧到一半日本人便抢了过来,林父也认出了他,是牧斋。
林秋雁正在和日本人激烈打斗,林父死在了牧斋的刀下,目睹这一幕的林秋雁崩溃不已,可她受了伤被控制,只能眼睁睁地看着父母被残忍杀害。林秋雁绝望过后拼死一战,提着刀向牧斋跑去要为父母报仇,可是孤身难敌,无助地晕倒在这个雨夜中。周志涛得知林家出事的消息才匆匆赶来,偌大的林家却只有林秋雁一个人活着。
姐姐让张子墨抽空去林家看看,说林秋雁昨天来找过他。张子墨赶去林家,却发现很多人围在外面讨论昨夜的事情,听闻林家所有人都死了。张子墨不愿相信林秋雁也死了的事情,但是现场并没有发现林秋雁的尸体,宋逸坤派人在周边寻找她的下落。林秋雁被周志涛所救,醒来后一直抓着他问父母的下落。
家国危难,林秋雁去世,张子墨决心参军,给姐姐留下一封信便离开了。林秋雁最近一直在做噩梦,梦到父母去世的那一个夜晚。宋逸坤一直在寻找林秋雁的下落,上级还没有把家里的情况告诉林毅翔。他们担心林秋雁被军统所救,一心为父母报仇的她会加入军统。林秋雁的伤好多了,打算回家里看看。周志涛希望她尽快转移到武汉,但林秋雁对他并不信任,就是因为他所谓的转移父母才会被杀。在没有查到杀害父母的凶手之前,林秋雁绝对不会离开南京,周志涛表示自己一定会查到,这是他们的职责。但是他们是有纪律的,即便查到了也不能告诉林秋雁,但他认为林秋雁很有做特工的潜质。
周志涛和林秋雁说了自己的推理,林秋雁迅速将凶手锁定在了牧斋身上。她决定加入军统,她是一块好材料,所以周志涛还是同意了。林秋雁为自己争取到了留在南京的机会,她把父母安顿好后,决心为他们报仇。
1938年5月,陕北。张子墨一行人马上要到延安了,路上大家都说说笑笑的,怀着对未来的憧憬,张子墨却沉默寡言,满怀心事。宋连清来到上海向宋逸坤报道,他是宋逸坤的侄子,他们带来了很重要的任务。加入军统后的林秋雁一心为父母报仇,面对艰难的训练咬紧牙关坚持下去。对于宋逸坤而言,林秋雁就像人间蒸发了一样,谁都找不到她的消息。
林秋雁正在进行麻木的训练,她心怀仇恨,汪远却总是跟在她屁股后面问个不停。一次分组对抗中,林秋雁把汪远认成了杀害父母的凶手,冲动之下对他下了死手,周志涛急忙冲上来阻拦,汪远抹了抹一鼻子的血,转头却跑去周志涛面前为了林秋雁求情,毕竟男人何苦为难女人。但周志涛说这是军统的训练班,不是闹着玩。
张子墨来到延安三个月已经有了军人的气质,他一直希望结束抗大学习做任务,但是他接下来要面临的是更加严厉的训练。林秋雁正在关禁闭,突然闯入一帮带着面具的人,林秋雁再次应激把他们当成了杀父仇人,心底的仇恨险些将她彻底吞噬。这些人是周志涛带人假扮的,他不希望自己培养的是一个懦夫,林秋雁希望他再给自己一次机会,她一定会打败内心的阴影。林秋雁和张子墨,一个身在军统,一个身在中共,不约而同地练习着消灭敌人的本领,他们的目标是一致的。
林秋雁经过训练已经练成了绝佳的身手,周志涛决定带她去完成一个任务,但不是出于对她的信任,而是对她的考核。任务地点是南京,林秋雁愣了一下,但还是立刻答应了下来。二人回到南京,盛装打扮后一同来到了夜总会,这次的刺杀目标是傅成博。