宪兵队发现了张天宇的行踪以后与之交火，苏海龙和关玉格格趁机接近刘掌柜，刘掌柜用尽最后的力气说出了疫苗配方藏匿的真正地点。张天宇走投无路只能与曾绍华见面，此时曾绍华还不知道张天宇的险恶用心，并且将苏海龙和曾孝明的行动路线透漏给张天宇，命令张天宇暗中保护曾孝明的人身安全。此时张天宇得到了宝贵的消息以后，一路尾随苏海龙等人前往西营镇的东平教堂寻找疫苗配方的下落。苏海龙等在前往西营镇的路上，与许二彪相遇。正当许二彪准备盘问苏海龙等人的时候，远处出现了日军的巡逻小分队。苏海龙和曾孝明两人通力合作将巡逻的日军小队全部消灭，许二彪暗自感叹苏海龙二人的实力，决心跟着苏海龙抗日杀鬼子。刘子健利用日本军部的观摩团准备进入第100部队参观的机会，想要拿到第一手资料，在国际社会进行公布。暗中也到达了西营镇，刘子健首先来到特高课在西营镇的联络点玉衡药店，通过与掌柜的交谈了解到，苏海龙等人的动向已经被中村太郎所掌握，未能哼保证苏海龙等人顺利完成任务找到疫苗配方，刘子健果断出手，将玉衡药店的联络点摧毁，再寻找机会通知苏海龙等人。正当苏海龙等人准备进入西营镇的时候，无意间发现一支神秘的部队在荒野中焚烧尸体。众人向西营镇进发，中村惠子在暗中留下标记。中村太郎得到消息以后，派出部队秘密的跟随着苏海龙等人。张天宇抢先一步到达西营镇，并且事先将复兴社在西营镇的联络站摧毁，等候着苏海龙等人的到来。在西营镇苏海龙等人与秦牛和杜三汇合，共同前往复兴社的联络点。张天宇在高处静静的注视着苏海龙和曾孝明的一举一动，曾孝明在联络点外使用暗号，见没人应答随即与苏海龙进入院内，发现整个站点的人已经全部被杀，苏海龙通过侦查发现有可能是复兴社内部出现了叛徒。远处一支日军小分队正在不远处执行监事任务，张天宇在高处开枪引起了苏海龙和日军小分队双方的注意，苏海龙等人与日军小分队发生枪战，张天宇趁势坐收渔翁之利，苏海龙等人并不想恋战，在撤退过程中中村惠子在墙上悄悄的留下了记号，时刻想中村太郎汇报苏海龙的行踪。

正当苏海龙等人在房间内休息的时候，苏海龙觉察到有陌生人接近，正准备动手的时候，发现出现在自己面前的正是刘子健。此时刘子健告诉苏海龙，小分队内部一定有特高课的潜伏人员，苏海龙请刘子健放心，中村惠子的身份自己已经知道。苏海龙表示只要有中村惠子在身边，小分队暂时还是安全的。刘子健将自己在第100部队拍摄的胶卷转交给苏海龙，希望苏海龙能够将胶卷平安带到新京。一直带暗中监视苏海龙等人的张天宇，很快就被中村太郎所抓获。在中村太郎的严刑拷打下张天宇叛变。一直与苏海龙等人失散的虎子、姜峰和小蜜蜂在西营镇外等候着苏海龙，在休整期间被日军小分队所抓获押往西营镇。苏海龙等人在西营镇发现了虎子的行踪以后，冒险进入日军指挥部准备进行营救。中村太郎的得知此事以后，立即命令借助此次机会，将虎子等人运往别处，并且命令特战小分队化装成游击队在途中解救虎子等人，趁机潜伏在虎子等人身边。苏海龙等人一路追赶，发现日军士兵正在为死去的游击队员收敛尸体，经过询问苏海龙等人识破了中村太郎的轨迹。

当苏海龙等人与虎子再次汇合的时候，苏海龙和曾孝明运用计谋，让化装成游击队的日军特战小队现出原形，并且将其一网打尽。众人赶往东平教堂，发现整个教堂已经被日军所占领，无奈之下只能强行营救神父，然而在撤退的路上神父身负重伤不治身亡，不识字的许二彪埋葬神父的时候，在神父的鞋中找到了疫苗配方却当成了普通的书信揣在衣服中。苏海龙根据掌握的第100部队的情报，决定联络抗联第一军的部队，摧毁第100部队，毁掉细菌武器的源头。苏海龙将手中的关于第100部队的罪证的胶卷交给曾孝明，希望曾孝明能够回到新京通过复兴社的渠道将其公诸于世，曾孝明再次被苏海龙的信任所感动，也有了加入共产党的念头。苏海龙将中村惠子留在身边，众人分成两队向第100部队进发。在行进过程中苏海龙故意为中村惠子创造传递消息的时间，然后再将消息调换，彻底切断了中村惠子与中村太郎之间的联系。一切都在按着苏海龙的计划进行，姜峰等人也顺利到达了东北抗日联军第一军的军部，一军长听说苏海龙已经掌握了第100部队的行踪，随后马上派兵跟随姜峰和关玉格格前往与苏海龙汇合。苏海龙等人在第100部队外围的村子中，再次详细的掌握了100部队的内部兵力部署，并且伏击了运送百姓前往第100部队的车队，解救了众多的百姓，带着抗联的队伍伪装成运输队进入第100部队的营区，众人按着事先的分工各自行动。苏海龙和秦牛负责攻击第100部队的指挥中心，虎子等人负责进入监区营救被关押的百姓。当众人安全撤离的时候，杜三引爆了早已经安放好的炸药，整个第100部队淹没在一片火海之中。此时外围的增援日军涌向第100部队，姜峰带着抗联的士兵接应苏海龙等人，中村惠子感到自己已经没有潜伏的价值以后，杀死身边的守卫逃往西营镇与中村太郎见面，在激烈的战斗中小蜜蜂壮烈牺牲。