月光的祷告 镇坤被杀的消息传出，李家外头常有特务看守着，没人敢接近，文淑还是不顾父亲反对，坚持去陪伴孤独的陈甜。在夜裡，躲在教堂的阿煌哭着怀念镇坤对他的恩情，月儒与文雄也思念父亲的哭了。阿飞与国军在山中发生枪战，本来熟悉地形的原住民一路势如破竹，不料被国军埋伏的狙击手将他们一一歼灭，最后还杀死了阿飞。一阵静默后，狙击手露出破绽，明强趁机开枪击毙他，逃进深山裡。文雄禁不起美琴的请託，带她上山找明强，路上碰到军队埋伏，文雄为了让美琴逃走，牺牲了性命。教堂也逃不过军队的搜索，月儒和流氓逃离教堂，牧师随后被杀害。阿煌在逃亡过程为了让月儒与兄弟先离开被射杀身亡。文雄与阿煌，一个为爱人牺牲，一个为了恩人的儿子牺牲，他们活着虽然是流氓与骗子，死的却像是英雄。

离开文雄后，美琴一个人在雾中惊慌的走着，明强听到枪声，也提着枪跑进雾中。在雾中两人相遇了，美琴惊叹这是不是梦?明强将美琴拥入怀中，两人在雾中的大树下抱了很久很久。月儒逃到文淑家，文淑的爸爸拿这个热心助人的女儿没办法，睁一隻眼闭一隻眼。入夜，月儒与文淑坦承彼此喜欢同性的性向，文淑非常想念已逝的美云前辈，月儒则是一直很喜欢明强，两个相知相惜的人约定替对方守住这个秘密。美琴与明强在山上的工寮生活一阵子，在天地的见证下结为夫妻。官兵进到文淑家搜查，月儒赶紧逃到后院躲藏，搜查的军人刚好是姜铁——月儒曾经救过的军人。姜铁展现人性的光辉放过月儒的性命。

局势渐趋稳定，美琴与明强回到平地，在茶馆碰到美琴父亲，但他却不愿意承认这个女儿，把他当乞丐般施捨了一点钱，但在临走前却不忘告诫明强要好好照顾美琴。明强与美琴躲到月儒在台北的宿舍，他们告诉月儒结婚的喜讯，月儒悲喜交加的哭了。

时序进入1950年，特务带着军人把大学生押走的桉例屡见不鲜。明强在学校并没有放弃理想的追寻，他与美琴在学校顶楼将主张自由民主的传单撒下，他们的理念跟行动就是相信真理一定要被世人理解并实践。月儒专心攻读文学较少参与政治事务，因此与文学社的同学关係疏远，朋友当中他与北上念书的文淑比较多来往。美琴发现自己怀孕了，这件事对这两个年轻人造成极大的冲击。在一次的搜查中，明强带着美琴，在月儒爸爸的朋友——黑狗兄的帮助下逃到无人的小屋躲避，等风头过后，再带他们坐船逃到日本去。文淑接到父亲寄来的信，信中写道特务每天站在餐馆门口，生意每下愈况，父亲决定搬回山上去。月儒陪着文淑回到餐馆，文淑想到以前和爸爸在厨房抢夺小黄瓜的斗嘴时光，睹物思人，便哭了起来，月儒在一旁默默陪伴文淑。

明强替黑狗兄做一些粗活换取住宿，文淑与月儒捎来许阿丰被抓的消息，明强冲动的想要跑去救许阿丰，被月儒、文淑拦阻，美琴哭喊着要他为孩子着想，不要做傻事。在黑狗兄带他们出港的日子，明强藉故回家拿东西，在美琴包包裡留下一张字条，写着：「我一定会去找你的。」美琴发现后，跑回家却不见明强踪影。

自从镇坤与文雄相继被杀后，陈甜整个人魂不守舍，文淑哭着来李家告诉她月儒被官兵抓走的消息。月儒在监狱裡被灌水逼供，但他始终不愿意说出明强的下落。文淑与陈甜变卖家中名贵的物品换的月儒的平安归来。不料，从月儒口中始终得不到明强的下落，明强却自己找上门来，牺牲自己换得许阿丰被释放。

孤苦无依的美琴跑回家裡寻求娘家的庇护，爱面子的父亲却不肯接受美琴怀孕的事实，把她赶了出去，美琴只好转而求助世昌。但世昌一心只想娶美琴为妻，在美琴二度拒绝他的求婚后，世昌便通报官兵前去旅馆抓走美琴。

明强与美琴，总算又在监狱重逢了。美琴在狱中生下一名男婴，明强收到狱卒放在便当中的滷蛋得知美琴生了一个小男孩，便将他取名为天明，是一种对未来的期盼，在天最黑的时候诞生的希望之光。不久，明强便被带去河堤边枪决，他离开牢房时，双手高举二条一的手势，嘴裡唱着日本校歌，整栋监狱充斥着此起彼落的歌声。

美琴在牢中病逝后，许阿丰前去监狱领回天明，他跑到林家希望美琴父亲能接受他的孙子天明，不料美琴父亲却以为许阿丰是来要钱的，塞了一个红包要他离开。许阿丰失望的归还红包后，决定独力抚养天明。此时，月儒与文淑决定代替年迈的许阿丰照顾天明，两人结婚为天明组织一个完整的家庭。