皇甫谧答应嵇康，准备去做官，但其实是想出门去疫区救治百姓，香苓知道皇甫谧的心思，便决定与他同甘共苦，一起去疫区救助百姓。等李公公来到神针堂宣布圣旨，要让皇甫谧进宫当官时，这才知道皇甫谧已经连夜去疫区了。布准一心支持皇甫谧，打算带着兄弟们去疫区帮忙，英慧也想跟随，她虽然是个弱女子，但却也心系天下。

皇上得知皇甫谧偷偷地去了疫区，不由得觉得他刚愎自用，梁柳趁机进言，让皇甫谧立下军令状，如果不能再半个月之内治好瘟疫，就封锁疫区焚烧病原。另一边，皇甫谧和香苓已经到达疫区，他们发现百姓们人心惶惶，根本得不到及时的救治，看来，朝廷的救济粮和药材并没有发到百姓手里，长此以往，恐怕会有更多的人染上瘟疫，皇甫谧决定向皇上禀明此事，寻求支援。

元亨自告奋勇 前去疫区救治百姓，梁柳满口答应，但其实却是想让元亨去疫区监视皇甫谧。元亨碍于梁柳和司马魁的势力，不得已只能答应下来。皇甫谧和香苓在疫区遇到了春生，发现春生已经感染了瘟疫。皇甫谧想给春生治病，但当百姓们得知皇甫谧是朝廷派来的人，就都充满了怀疑，认为皇甫谧也和司马魁一样，打算活埋病人。

百姓们群起而攻之，打算把皇甫谧赶出去，这时候，布准带着英慧赶了过来解围，皇甫谧向大家保证，自己一定会治好瘟疫。百姓们对皇甫谧仍然心存疑虑，皇甫谧只好先给春生治病，通过施针，春生成功醒了过来，大家这才相信皇甫谧，准备把病人都送到皇甫谧这里医治。

元亨带着人来到疫区，称自己是奉了皇上的命令，皇甫谧无可奈何，只好让元亨也给春生治病。元亨通过诊治，给春生开了一个救治药方，但是和皇甫谧所开的药方大不相同，两人因此产生分歧。皇甫谧认为瘟疫来势汹汹，不能采用保守治疗，但元亨却认为皇甫谧这是在拿百姓的生命开玩笑，二人一言不合，最后决定各按自己的方法救人。

春生躺在床上虚弱地睁开眼睛，表示自己相信皇甫谧，愿意用皇甫谧的药方。皇甫谧连夜开出了一张更加完善的药方，成功治好了春生，元亨也认同皇甫谧的新药方，打算正式推广。然而，梁柳却利用皇甫谧开的治疗制造了假药水，趁着这个机会敛财。梁柳还准备给疫区送过期药材，在临走前，他特意来到宫中向丽妃娘娘告别。

司马魁和梁柳在丽妃宫中密谋往疫区运送假药材的事情，但此事被云婉隔着门听见了，云婉不敢怠慢，赶紧告知布准，让他转告皇甫谧，一起想办法应对。布准十分生气，决定去抢夺好的药材分发给百姓。

布准截获了一批药材，准备送往疫区，谁知他在半路又被埋伏的官兵抓住了。司马魁和梁柳趁机告诉皇上，有山贼故意劫走了药材。皇上龙颜大怒，马上命人带布准进来，布准在大殿上对皇上不敬，皇上便将布准打入天牢，择日问斩。王赞在一边想替布准求情，可皇上态度坚决，王赞也无可奈何。梁柳心中窃喜，其实，他早就把药材藏了起来据为己有。

王赞将此事告知皇甫谧，眼下最要紧的事便是赶紧找到治疗瘟疫的药材，如果皇甫谧在十五日内还不能办好此事，皇上就要下令屠村，杜绝瘟疫传染。皇甫谧认为现在只能依靠自己，他想让香苓的爹娘联合药农一起筹集药材，但是苦于不知如何神不知鬼不觉地下山。春生告诉香苓，后山有一条小路，无人知晓。第二天，香苓便由小路下山，谁知半路遇到了元亨。

云婉在宫里探监布准，她偷偷地给看守们下了药，救出了布准。香苓终于联系上了爹娘，希望父母帮忙联合药农。云婉带着布准来和皇甫谧汇合，皇甫谧让好友躲在这里不要出去，以免被官兵发现。香苓的爹娘拿来了一些药材，皇甫谧赶紧将它们熬成中药，百姓们服下后，病情有所缓解，这让大家都很欢欣鼓舞。

第二天，皇甫谧带着大家上山采药，英慧不小心滑了一跤，多亏布准一把拽住了她，英慧对布准也暗生情愫。几人在途中见到了飞鸟，布准箭法非常准，一下子射中了两只鸽子，香苓无意中在鸽子腿上发现了纸条，发觉内部有内鬼。这时，元亨走过来逼迫香苓交出纸条，香苓这才明白，元亨是梁柳安置在疫区的眼线。元亨对香苓步步紧逼，最后竟然将她推下了悬崖。

皇甫谧发觉香苓没有回来，便与英慧和春生去悬崖下寻找，却找到了香苓的手帕。大家经过仔细寻找，却根本没有找到香苓的身影，皇甫谧正在心神不宁，却又得知疫区里有人感染瘟疫了。皇甫谧分身乏术，不得不先为病人们医治。另一边，梁柳却故意传出消息，让大家误以为皇甫谧奉了皇上的命令要屠村。梁柳的心思实在坏透了，他打算一定要害死皇甫谧。

皇甫谧发现了病源，是村民吃了老鼠咬过的菜，才会让疫情反复，当务之急是赶紧找到大批粮食，才能让村民们不再吃烂菜。春生一直带着人寻找香苓，但始终一无所获，皇甫谧非常着急，但他又急着治疗大家的病情，真是焦头烂额。皇甫谧被病人们传染得了瘟疫，梁柳和司马魁得知此事，不禁很是高兴，觉得皇甫谧难逃此劫。

英慧以为皇甫谧得了瘟疫，不由得十分担心，皇甫谧则告诉英慧，自己其实根本没有得病，只是假装得了瘟疫，好让司马魁对自己放松警惕，也只有这样，才能潜心研究治疗瘟疫的药方。皇甫谧还让英慧和布准放出风声，说皇甫谧已经病入膏肓，马上就要死了，并且要将疫区的病情传得越严重越好，目的就是让司马魁等人着急，赶紧把好药材送来。

果然，当司马魁得知瘟疫蔓延很快时，变得十分焦急，如果没有将疫情控制住，这可是沙头的大罪。于是，司马魁赶紧让梁柳把好药材送到疫区。皇甫谧想让梁柳拿出祖传秘方治愈瘟疫，但是梁柳却白斑推辞，皇甫谧治好再三劝说，如果梁柳真的治好了瘟疫，那可是大功劳一件。

布准告诉皇甫谧，梁柳这次送来的都是好药材，再也没有发霉的了，皇甫谧十分高兴，让布准赶紧煎药给百姓们服下。元亨来到香苓坠崖的地方，他也不是有心要害死香苓，只是情势所迫。元亨问心有愧，在悬崖边不停磕头，希望得到香苓的宽恕。皇甫谧上山寻找香苓的踪迹，偶然遇见了元亨，他见元亨神色有异，不禁起了疑心。

此时此刻，香苓悄悄地联系了春生，给春生送来许多好药材，然后她让春生对皇甫谧保密，不能透露自己平安无恙的消息。皇甫谧从山上回来，开始研究穴位治疗，结果忽然身体不适，原来，皇甫谧这下子真的感染了瘟疫。元亨发觉皇甫谧感染瘟疫，便急着想给他煎药，但药材本来就不多，皇甫谧坚持让百姓们先吃药，自己则一拖再拖。

皇甫谧真的感染了瘟疫，他怕怕司马魁屠城，便让布准和英慧去找王赞保护村民。司马魁禀报皇上，想要治疗好瘟疫，眼下只有屠城一个办法，因为皇甫谧自己都危在旦夕，而布准和英慧也不知所踪。皇上听了司马魁的建议，决定派人去抓捕布准和英慧。另一边，皇甫谧还在亲自抄写青囊经和红囊经的笔记，他就算自己身死，也不能让医书失传。

元亨受不了内心的煎熬，他主动向皇甫谧承认，是自己失手将香苓推了下去。皇甫谧知道，元亨虽然一直被司马魁和梁柳利用，但品质还算不坏，应该不是故意要害香苓的，况且香苓无影无踪，也许还尚在人间。皇甫谧觉得自己时日无多，将抄录的笔记留给元亨，令元亨大为感动。

一波未平一波又起，司马魁欲放火烧死皇甫谧，多亏皇甫谧命不该绝，被香苓所救。原来，香苓当日坠落山崖，是被封衡所救。如今，封衡又开始救治皇甫谧。