大唐贞观初年，唐太宗李世民登基不久，此时并非大唐王朝最好的时代，广袤疆土还未从连年的战火杀伐中恢复元气，紧接着出现的大规模寒雪之灾，列使数以万计的流民涌向大唐王朝长安。这个时候，玄武门蒙难的隐太子乘机制造混乱，排行当朝新政，运用古代的各种杀人手段，残杀数万民众，从而给贞观新朝蒙上了一层动荡的阴霾。

长安城门前横尸遍地，那人杀完人后自吻了。尉迟方将人翻过来后看出那人是神刀崔元启将军，崔元启的手上有李淳风的血印。崔元启杀人的事情在城中传开，死前有谣琴响起。李世明了解了案性后知道杀人者是已故的崔元启，民间传出了种种鬼神之说。

李淳风知道自己的麻烦来了，他精通天文地理，常住在随意楼，尉迟方打听到了他的住处，崔元启尸身杀人让众人难以理解。李淳风回到店里后悄然坐到了尉迟方一旁，他看到了来店里闹事的钟馗，钟馗不分三七二十一就砸了随意楼的桌子和招牌。钟馗喝了东西后口吐白沫倒地，他让人将钟馗拖出去，尉迟方将李淳风抓走。

李淳风通过骨相看出了来人是尉迟恭，他的话让尉迟方信服，尉迟方只好放人，李淳风骂他的昏官，尉迟方将他带走。郡主装扮成公子模样来到长安街上，李淳风看到了崔元启手上自己的名字，他看出那字并非是崔元启所写。

谢应龙见到郡主来到崔元启的尸旁，李淳风在崔元启手上画了符印，崔元启手上的名字印迹已经不见，尉迟方对他无法定罪。郡主看到崔元启手上的名字已被销毁，她猜出那人就是李淳风，她只能是静观其变。谢应龙来到青楼找柳五娘，他让她从实招来。

谢应龙在青楼里被人用针扎中头部后倒地身亡，尉迟方时刻在盯着李淳风，他们看到了一匹马在追赶一姑娘，尉迟方出手制止了那匹受惊的马，那女子正是柳五娘。从尉迟方那里李淳风知道崔元启和谢应龙是隋朝旧将，他们跟着那匹马来到城外的墓地。

李淳风想从尉迟方那里拿到一些银两，尉迟方让他先随自己办案。在坟前他们看到了运尸的马车，没有赶车的人，车后躺的人突然站了起来。尉迟方冲出去阻止，刚一交手马车和人都不见了。李淳风看到了背后无头的将军，他用笛声和那琴音相抗。

尉迟方随后和那无头将军打斗，李淳风的笛声让那无头将军不能动弹，他看到了李淳风刀上的血，这血证明了那无头将军并非鬼魂。等他们返回城中时发现城门楼上吊着一个坟前见过的人，城中闹鬼的事情传开。

李世民对于案件的进展很生气，他发布了告示以示万民，一些造谣生事之人被抓了起来，他们都是无辜的白姓。拂云郡主也接到皇上圣谕，郡主府也受到连累。李淳风查起了魏纪，他看出了一些端倪。拂云郡主通过下人想起了以前的往事，她知道李淳风已经卷入此案。

谢应龙骑马倒在地上被自称长安双侠的人看到， 他们到后发现居然是死人。尉迟方发现城门口所吊人的心肝被人挖走，他警告士兵不要煽动鬼案。尉迟方拿出了证据让李淳风看，李淳风无法解释，他拿出了心脏给尉迟方看，这是为了查清死者死因。

从心脏上他发现了一丝端倪，李淳风认为是那些人的经络被人控制所致，正是傀儡术起的作用，他们讨论之时收到了尉迟方的死讯。

郡主猜出凶手是冲郡主府而来，她要去看一下。钟馗被误认为成杀死谢应龙的凶手，尉迟方提出要将钟馗带走查问，郡主到后让人将钟馗送到衙门，李淳风也来到现场说了自己看法，他的话让郡主哑口无言，李淳风说谢应龙根本没死，何来凶手。

李淳风和郡主打赌，他提出要屋内作法来将谢应龙救活，还让尉迟方做护法。李淳风在屋内用磁铁吸出了谢应龙身上的针刺，留下药方后他就离开了，三日后谢应龙可恢复正常。谢庆龙还魂的说法传开，钟馗自然被释放。李淳风将房门关上后叫尉迟方一起看了谢应龙的虎口，他们明白那人就是坟场的无头将军。

郡主因打赌输了，李淳风摘下了她的头簪。谢应龙的血脉被针封住，李淳风的解释让尉迟方明白了几个人的死因，这正是傀儡术的作用。李淳风向拂云郡主讲起了崔元启和谢应龙反叛的原因，他们当年杀死魏纪是为了抢得传说中的傀儡术手札，拂云郡主说她并不了解此事。

李淳风知道谢应龙肯定成了某人的傀儡，钟馗找李淳风表示感谢，他讲起了当天闹事的原因，瓜哥和葫芦的出现说那晚他们听到琴声。李淳风在街上闲逛时听到了琴声，追寻过去后听出琴声来自郡主府，和他猜测的一样。李淳风说出了傀儡术的傀儡是被琴声所控，他向郡主说出了自己的想法，他怀疑她就是背后的操控之人。

郡主不承认她那样做，李淳风看出她不是真凶。李淳风将自己的判断告诉了谢应龙，他带他来到明翠楼查案，他们直接去了五娘房中，五娘说她不会弹玉玲珑，他拿出手帕时看到了她表现的惊慌之态。