武藤泰山翔父子惊闻“灵魂互换”的事已经被藏本志郎及翔的同学绘理香知晓，而且，绘理香竟然是藏本的女儿。经过防卫省技术研究本部的脑电波检查，与泰山父子被植入的芯片一样的芯片也装在了藏本等人的身上。

作为长年的政敌，虽然泰山和藏本互相仇视，但为了找出“灵魂互换事件”始作俑者，二人约好暂时休战，携手应对危机。与劲头十足的父亲们相比，儿女们则愁眉不展。

雪上加霜的是，这时南真衣忽然提出辞职，翔(外表是泰山)立刻跌入痛苦的深渊。原来，真衣与人合营的职业介绍所帮助过的一位单亲妈被突然解雇，带着三岁的儿子的她走投无路。

她辞去总理实习秘书乃是为了全力解决那位单亲妈妈的事。听说此事后，翔提出让泰山(外表是翔)跟着真衣一起去，也许能帮上忙。泰山(外表是翔)和真衣一起造访解雇那位女子的公司。

听了社长桐月一郎的辩解后，泰山感到这件事十分可疑，于是提议另外给单亲妈妈介绍一份工作，不料。这个轻率的提案大大惹火了真衣，真衣一怒之下要与翔绝交。

泰山认为，每次孩子有个头疼脑热单亲妈妈都得请假，公司根本承受不了，只能解雇了事，经营事业从来都是这样。听了他的话，翔也是怒从心头起，他愤然地说：“如果连单亲妈妈的苦处也不明白，所谓总理就是个笑话。”

了解了翔的想法的泰山联络新田理，命令他调查桐月的底细。这时，网上流传出了官房长官狩屋孝司的绯闻。与此同时，宪民党的议员也闹出丑闻，泰山和藏本为了平息风波一起四处奔忙。

从CIA盗取脑波替换技术的人落网，但那人也是被收买的。根据有关部门掌握的情报显示，在武藤泰山和武藤翔体内植入芯片的丸山牙科院长曾和某人接触过。那个人就是名为“蓝花槛”的免费学校的理事长黑川正吉。

听说过去南真衣曾邀请翔加入“蓝花槛”的志愿者后，泰山以翔的名义与真衣联络，让她准备武藤总理视察免费学校的事宜。

在“蓝花槛”免费午餐会当天，泰山有意实施监禁并审问黑川的野蛮计划。但是，根据新田理的调查，黑川和丸山田从小就是朋友，他和脑波互换事件并无关系。而且，“蓝花槛”因为资金困难不久后即将关闭。

为了在“蓝花槛”看到的孩子们，翔觉得无论如何也得让它经营下去，去找泰山和茂平商量。但是，他们告诉翔，国家财政困难，再加上援助不固定的免费学校组织在现行法律上定位模糊，因此政府无能为力，翔对此完全不能接受。

当被翔质问“如果连眼前有困难的人一点也帮不上，那算什么政治?”时，泰山等大人无言以对。另一方面，泰山代替翔到求职的第一志愿公司“agri fraditional”接受面试。

在得知儿子想进这家公司的动机是“听说这是一家守护日本古老优秀的饮食文化传统的公司”后，泰山为帮他达成心愿在面试中使出浑身解数。然而，听面试官说出了与翔想像的一样的公司现状后，泰山又忍不住当场教训起面试官来。

泰山和翔以各自的立场和方法，为了蓝花槛的存续行动起来。在拯救免费学校的过程，泰山也重新体会到了自己当年投身政界的初心。然而，就是在他们看不到的地方，一个撼动世界的大阴谋正在悄然进行中。

为募捐而举行的向着国会议事堂呼喊梦想的“黄帽子”活动在青年学生中广为流行，蓝花槛的资金困难问题也得以解决。看到武藤内阁的支持率上升，泰山总算能暂时放心了。而且，随着调查不断深入，新田理离找出制造脑波互换事件的真凶越来越接近了，翔也为事件向着好的方向发展而开心。

不久，网络上突然出现了抹黑武藤内阁的舆论，恶意评论和邮件层出不穷，显然是被人操纵了。武藤内阁的支持率直线下降，股价也随之下跌，党内各位大佬极为不悦。

泰山和狩屋等人为了找到恶评的幕后主使而竭尽全力，既怀疑如今休战结盟的政敌藏本志郎，又怀疑是内部有人泄露情报，大家疑心生暗鬼，搞得人心惶惶。就在此时，泰山和翔的身体和脑波突然恢复正常，众人欣喜若狂，新田理却指出，这只是暂时现象，无法预测何时会再次被互换。为了找到恶意报道和泄露情报的犯人，泰山等人全力出击。

他们把南真衣锁定为重点怀疑对象，但翔坚持认为真衣不是犯人。在做好了以泰山的面目认真替父亲完成作为总理的职责的心理准备后，翔决定与真衣联系。泰山则将在电视直播中对全体国民发表演说，澄清谣言。正当翔向真衣说出重要的话，泰山在电视演说中向国民演讲之时，二人的脑波再次互换。

因为翔的失态，电视直播草草收场。与此同时，泰山的怪异举止把南真衣吓得落荒而逃。通过追踪器，真田理找到了操纵脑电波的基地。就在南真衣质问利用她抹黑总理的记者村井美雪时，二人遭到狙击，泰山、翔、新田理等及时出现，但翔为了保护南真衣而中弹受伤。

新田理控制了操纵脑电波的技术人员，可以让泰山和翔恢复正常，然而，翔生命垂危，如果此时换回身体泰山将有性命之忧。