崇祯不顾大臣们的恳求和反对，刚愎自用，在西市口磔杀袁崇焕。陈圆圆这时才知道是昨晚自己学错了话。崇祯明确告诉陈圆圆，不杀袁崇焕，这三关就不是朕的三关了，三关将士就不是朕的将士了。袁崇焕死得非常惨烈。一钱一肉，京都百姓争食袁公之肉。陈圆圆拿了江南带来的随身宝物，用一颗夜明珠，硬是从大清派来的奸细手中抢买回袁公的头颅，驰往西山，又遭大清奸细袭击，被赶来的侍卫官张岱解围，逃入山林，含泪安葬了袁崇焕的头颅。但陈圆圆的这颗夜明珠到了崇祯的手中，崇祯认为陈圆圆这个戏子从来不贞，收授男人之物。于是罢免了陈圆圆的女官之职。陈圆圆摇着纺车，在紫竹宫苦度时光。三关将士联名上书，逼崇祯赦免袁崇焕，崇祯这时又悔了，去张嫣皇后宫中，叙说孤寂之情。但张嫣不以为错杀一个袁崇焕，大明朝就要灭亡了。崇祯深情地把皇嫂张嫣当了自己的新相知。张嫣尽力克制住自己对这个皇叔的爱意，把悲声吞咽。岁月在纺车声中流逝。田妃己故，但生下的长平公主，己是娉婷玉立了。那天漫天风雪，长平来见陈圆圆。长平说起母妃临终时让我将来跟你回江南去看看。长平又知陈圆圆与吴三桂之事，又见陈圆圆还惦记着吴三桂，于是跑去找崇祯，要父皇把陈圆圆嫁他吴三桂，召吴三桂入京保卫京畿。此时，李自成的义军直向北京逼来。吴三桂召入京都，答应驰援京都，但有个条件，皇上将陈圆圆下嫁末将。

崇祯无奈答应了吴三桂的条件，要用全副銮驾，把陈圆圆送往吴府成亲，但内心依依不舍。陈圆圆要告别皇城，回想往事，苦甜酸辣，一齐涌上心头。这夜，她又走进了乾清宫，见满院素幡白幛，正殿停一棺木，疑在梦中。她与崇祯在这白色的氛围中再次相逢了。崇祯告诉她，他誓死与李贼决战，己准备了棺木了。陈圆圆叙说自己与皇上相处多年，己知足了。陈圆圆不要宫中的凤冠霞披、全副銮驾，只带自己从江南带来的小包囊走，并留下一封信，告诉崇祯，自比清莲，出污泥而不染。崇祯大恸，想再留住她已不能了！陈圆圆被一辆小马车接入吴府，受到吴府十三个姨太太的奚落。洞房夜，陈圆圆向吴三桂说明自己是处之身，使得吴三桂分外感动，发誓一生不负陈圆圆。崇祯沮丧万分，来到张嫣宫中，酒醉后拥抱、亲吻皇嫂，要留宿宫中。此事被袁妃探知，去坤宁后向周皇后告了一状。但张嫣终于清醒了，为了社稷江山，为了皇上的声名，拒绝了崇祯的柔情，让太监接走崇祯回乾清宫。陈圆圆料知崇祯有变，第二天一早，就与吴三桂乘车奔往宁远。但途中被崇祯召回，作为人质，押在宫中，逼吴三桂尽快驰援北京。陈圆圆又回到紫竹宫住下，万种感慨，无可诉说。

周皇后与袁妃抓住张嫣与崇祯有染的把柄，煽动内阁大臣，逼张嫣同意并劝说皇上南迁，以保持大明龙脉不衰。张嫣处于为难境地。 张嫣铁拒绝两宫及内阁的请求，要大臣们学习于谦的忠勇精神，打好北京保卫战。打不好北京保卫战，也就不可能打好金陵的保卫战。让皇上逋逃，就是误了皇上。崇祯听了非常感动，决心决战京城。但是，朝中再没有出现于谦这样的忠臣了。太监曹化淳开了彰义门。李自成的大军拥入外城，大明朝己摇摇欲坠了。崇祯不得不将太子和其他两个皇子送出皇城。太子慈烺要让陈圆圆带他去关宁军中，逃入紫竹宫。内城也被义军所破，崇祯见大势已去，逼周皇后与袁妃自尽。袁妃悬吊上梁，帛断，就不愿死了，也逃出了翊坤宫。崇祯还要杀了长平和昭平公主，长平有幸避开剑锋，也逃往紫竹宫，被陈圆圆救下。崇祯言说他爱女儿所以要杀了女儿。