由折原带路,藤丸、加纳、宝生被带到了一个无人的仓库。尽管藤丸将枪口对准了背叛者宝生，但他无论如何也无法扣动扳机。突然，宝生对加纳开了枪。受伤无法移动的加纳让藤丸去追击恐怖分子折原和宝生。藤丸的U盘被夺走并被迫向THIRD-i本部发送"间谍是加纳"的假情报。

混乱中的THIRD-i本部受到了雪上加霜得攻击。本部地下室的监视照相机有迹象显示有人侵入了。感到怀疑的雾岛(吉泽悠)的未婚妻纱织(原田加奈)为了确认而到地下时候发现。

此外，藤丸终于在折原的引路下，能够与恐怖分子得主谋"J"(成宫宽贵)面对面了。

被蒙着眼睛的藤丸在折原的陪伴下来到了一家餐厅。在那里，恐怖集团的主谋J也出现了。J（成宫宽贵）亲切地告诉藤丸，他的父亲龙之介也是恐怖分子的同伙，并且引诱藤丸希望他也能成为自己的同伙。

露出「自己会变成神」的笑容的J让藤丸动摇了。但是局势发生了突变。突然，餐厅的客人相继的倒下来。这和购物中心时一样是恐怖分子的圈套，还是真的病毒恐怖行动……

变得混乱的店内，THIRD-i的突入部队和恐怖集团在枪战。藤丸和J的头脑战，THIRD-i和恐怖分子们的攻防将会向什么方向发展呢？此外，在感染病毒迅速变得衰弱的纱织面前，婚约者雾岛下的决断是……

藤丸根据父亲龙之介（田中哲司）使用过的电脑留下来的浏览履历，为了彻底查明“抗病毒制剂”前往某生物科学研所。得知藤丸所处状况，并想助他一臂之力的同学音弥、葵（藤井美菜）和藤丸一起来到研究所，然而恐怖组织成员出门已经先他们一步进入了研究所。三人被出门穷追不舍，到处躲藏。这时，藤丸成功完成对建筑物内的系统进行监视。在监视录像中找到了抗病毒制剂的研究人员敷村教授（神保悟志），并努力想办法将他救出。

救出敷村教授的藤丸一行人，为了帮助被感染的沙织（原田佳奈），急于赶往医院。然而，突然，一个男人挡住了藤丸他们的去路。