五年前，九十九龙介还在夜店工作，某天回家途中遭遇突发事故，脑部受伤被送进医院，医生马上打开他的头盖骨为其手术，但他的大脑却发生了让人意想不到的变化。如今，九十九在科学警察研究所工作，他帮助刑警侦破了市内发生的一起炸弹事件，但是刑警丹原却很讨厌他。当天夜里，市内又发生了连续杀人案件……

刑警津村修介遭人残忍杀害，被砍断双手和左脚，警方核对犯人的指纹，发觉竟然是三年前凶杀案的罪犯竹神贞次郎，但是他早在一年前就去世了。津村正是当时逮捕竹神的人，搜查一课认为他真的复活了，与这起案件相关的高田英一也被杀害了，现场九也有竹神的指纹，但九十九却认为可能是据说是最后一个被竹神杀害的后藤的未婚妻宫濑久美子为他报仇……

某大学医院内发生了杀人事件，负责调查的丹原和林田查看了院内的监控器，但是犯罪现场却没能留下疑犯的身影。正当他们困惑的时候，九十九来到医院，他对这起透明人事件非常感兴趣。案发时，医生和久井等不少相关人员都在现场，九十九开始从科学视点验证此事，此时，透明人再次出手，袭击了和久井的未婚妻后藤……