高中二年级学生真夏大地在暑假开始前的晚上，在电视上目睹了种子岛上空突如其来的不可思议的圆形虹光。曾经见过这种虹光的大地内心汹涌澎湃，决定一个人向着种子岛进发。“父亲因事故而死亡的谜题”、“幼年时遇到过的不可思议的少女的记忆”等复杂思绪从胸口涌出。到达种子岛的大地因某设施的报警声而与“EarthEngine”相遇。“你就是队长吗…”伴随着询问声，大地看到的是从天王星袭来的谜之完全机械生命体“KILL-T-GANG”，少年的冒险也在这绚烂星空中拉开帷幕。

真夏在未经通报的情况下驾驶机器人“地球号”出动，基地众人惊讶中迎击“KILL-T-GANG"来袭，但是由于没有经过任何训练，遭受到了机械生命体的重创，这时博士紧急调用一神秘黑客侵入导航系统，间接控制住机体，辅助迎击。在黑客神秘声音的配合下，真夏大地终于击退来犯的机械生命体，并回到基地。在基地中，真夏以外的遇到了幼时遇到的神秘少年（岚彻平）与被他唤醒的神秘少女（梦塔花），只是二人的处境似乎并不太妙，而且真夏也将面临同样的处境。在方舟派针对迎击派的阴谋中，真夏将如何面对呢？

神秘黑客登场，居然是基地司令5年未见的女儿——夜祭明，并且似乎暴露了一段司令的糟糕私生活？自由了的彻平和花与夜祭明真夏一起住进了司令家中。几天后新的敌人来犯，方舟派的salty dog为了陷害真夏而向真夏透露来犯者是他的杀父仇人。本应被禁止出击的真夏在方舟派的怂恿下出击，然后还未维修的破败机体几乎导致全败的局面，就在真夏危机的时刻，彻平和花联手出动了，他们的真实身份到底是什么呢？